More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0135 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0109  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  86.34 
 
 		 513 aa  872    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.290721  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0135  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 527 aa  1075    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4755  transcriptional regulator  55.14 
 
 		 501 aa  496  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3752  GntR family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 513 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.840218  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4514  transcriptional regulator  50.61 
 
 		 509 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0695  GntR family transcriptional regulator  48.69 
 
 		 508 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0519778  hitchhiker  0.00612564 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4374  putative transcriptional regulator, GntR family  49.49 
 
 		 508 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6226  transcriptional regulator  48.8 
 
 		 509 aa  452  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1990  GntR family transcriptional regulator  49.6 
 
 		 508 aa  450  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2022  transcriptional regulator  47.17 
 
 		 509 aa  433  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.190123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0071  GntR family transcriptional regulator  46.65 
 
 		 496 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5672  transcriptional regulator  43.79 
 
 		 508 aa  381  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3848  transcriptional regulator, GntR family  41.53 
 
 		 506 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0046  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 490 aa  357  3.9999999999999996e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0170475 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0157  GntR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 486 aa  356  5e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4287  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 512 aa  355  1e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00564262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0025  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.29 
 
 		 494 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3508  GntR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 489 aa  335  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2044  HTH-type transcriptional regulator  40 
 
 		 488 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1493  GntR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 497 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.40552 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4858  GntR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 491 aa  325  9e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0612909 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1648  GntR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 495 aa  325  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1835  putative transcriptional regulator  40.34 
 
 		 491 aa  323  5e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.752029  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4017  GntR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 489 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2850  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 495 aa  320  6e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.107434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4274  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 499 aa  317  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0156  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 488 aa  312  9e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.21 
 
 		 488 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.38 
 
 		 488 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 488 aa  213  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  31.88 
 
 		 520 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  30.34 
 
 		 520 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 504 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  33.4 
 
 		 509 aa  195  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 509 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 494 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 494 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 494 aa  193  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 494 aa  193  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2224  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 510 aa  193  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0182275 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  33.61 
 
 		 494 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 517 aa  192  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 509 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7128  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.5 
 
 		 507 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 504 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0439  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.2 
 
 		 517 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  31.3 
 
 		 508 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 477 aa  188  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0415  GntR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 520 aa  188  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2685  transcriptional regulator, GntR family  28.4 
 
 		 477 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000116915 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 488 aa  186  6e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2708  GntR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 477 aa  186  7e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0205476  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 493 aa  186  9e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  36.58 
 
 		 570 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  33.58 
 
 		 509 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71680  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 491 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.78 
 
 		 485 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6219  putative transcriptional regulator  37.07 
 
 		 491 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  36.58 
 
 		 493 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 490 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0609  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.7 
 
 		 514 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0881  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 478 aa  184  3e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0891  transcriptional regulator  29.77 
 
 		 504 aa  184  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2738  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 477 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000175529  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2617  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 477 aa  183  7e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000489907 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2449  transcription regulator GntR  28.19 
 
 		 485 aa  182  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000025048  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1071  GntR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 511 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.030835  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2419  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 478 aa  182  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.926339  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0515  GntR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 498 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 489 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  32.19 
 
 		 485 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1398  GntR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 502 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.309369  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0988  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 502 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0133  GntR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 502 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.98 
 
 		 497 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1480  GntR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 502 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 495 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.94 
 
 		 515 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.02 
 
 		 497 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3030  transcriptional regulator  32.29 
 
 		 537 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.640152  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1916  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 500 aa  179  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0246  GntR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 507 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 473 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 574 aa  178  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 475 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.24 
 
 		 472 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4138  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 470 aa  178  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 492 aa  177  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 490 aa  177  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2693  transcriptional regulator, GntR family  27.46 
 
 		 461 aa  177  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.686412  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0621  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 547 aa  177  6e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 513 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 476 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0205  transcriptional regulator, GntR family  28.66 
 
 		 463 aa  176  9e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000146418 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.1 
 
 		 490 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 492 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 503 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0090  aminotransferase, MocR-like  25.85 
 
 		 463 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  32.02 
 
 		 481 aa  175  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1693  GntR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 502 aa  173  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>