More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3848 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5672  transcriptional regulator  71.91 
 
 		 508 aa  702    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3848  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 506 aa  1022    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4287  GntR family transcriptional regulator  87.05 
 
 		 512 aa  881    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00564262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3752  GntR family transcriptional regulator  49.39 
 
 		 513 aa  462  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.840218  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4374  putative transcriptional regulator, GntR family  48.48 
 
 		 508 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6226  transcriptional regulator  47.59 
 
 		 509 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0695  GntR family transcriptional regulator  47.38 
 
 		 508 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0519778  hitchhiker  0.00612564 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1990  GntR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 508 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2022  transcriptional regulator  46.61 
 
 		 509 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.190123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4514  transcriptional regulator  47.5 
 
 		 509 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0071  GntR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 496 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4755  transcriptional regulator  43.06 
 
 		 501 aa  362  1e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0135  GntR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 527 aa  361  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.868038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0109  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  42.01 
 
 		 513 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.290721  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1648  GntR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 495 aa  353  5.9999999999999994e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0046  transcriptional regulator  38.74 
 
 		 490 aa  344  2.9999999999999997e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0170475 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4858  GntR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 491 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0612909 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3508  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 489 aa  334  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0156  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 488 aa  329  8e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0157  GntR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 486 aa  326  6e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4017  GntR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 489 aa  323  5e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0025  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.59 
 
 		 494 aa  323  6e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2044  HTH-type transcriptional regulator  40.84 
 
 		 488 aa  322  9.000000000000001e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1493  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 497 aa  317  4e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.40552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2850  GntR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 495 aa  314  1.9999999999999998e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.107434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1835  putative transcriptional regulator  38.05 
 
 		 491 aa  311  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.752029  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4274  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 499 aa  305  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.21 
 
 		 488 aa  220  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.29 
 
 		 488 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 504 aa  204  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.83 
 
 		 485 aa  204  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 504 aa  202  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0439  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  30.85 
 
 		 517 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 496 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 574 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4510  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 493 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.670433 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  36.34 
 
 		 488 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  34.13 
 
 		 475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  37.09 
 
 		 493 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  33.41 
 
 		 503 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 490 aa  197  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 496 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3136  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.83 
 
 		 496 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.82 
 
 		 495 aa  196  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 494 aa  196  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 494 aa  196  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 489 aa  196  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3840  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.27 
 
 		 499 aa  195  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  32.98 
 
 		 485 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 494 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 494 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  37.06 
 
 		 508 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.35 
 
 		 465 aa  193  5e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0565  GntR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 493 aa  193  7e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.41207 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  36.62 
 
 		 570 aa  192  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  34.87 
 
 		 488 aa  192  9e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 495 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 473 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  36.62 
 
 		 493 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 494 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  34.28 
 
 		 509 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4020  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  33.8 
 
 		 499 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.703474  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.83 
 
 		 490 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.89 
 
 		 472 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 476 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 509 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 490 aa  188  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 491 aa  187  4e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  33.91 
 
 		 496 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 492 aa  186  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  31.63 
 
 		 508 aa  186  9e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 517 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 490 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0891  transcriptional regulator  32.25 
 
 		 504 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00132013  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 492 aa  185  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.71 
 
 		 497 aa  184  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 509 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 509 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.36 
 
 		 495 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2224  transcriptional regulator  33.06 
 
 		 510 aa  184  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0182275 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 477 aa  184  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3347  transcriptional regulator  29 
 
 		 500 aa  183  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  32.69 
 
 		 520 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4072  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 458 aa  183  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3935  GntR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 503 aa  182  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.558201  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0881  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 478 aa  182  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  33.83 
 
 		 485 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0077  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 484 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.994833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2153  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 502 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387109 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  34.99 
 
 		 475 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1434  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 480 aa  181  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.515471 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1925  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 488 aa  180  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3750  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 477 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1580  GntR family transcriptional regulator  34.99 
 
 		 505 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 501 aa  180  4.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3492  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 473 aa  180  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249903  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.79 
 
 		 497 aa  180  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.82 
 
 		 485 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.84 
 
 		 503 aa  179  9e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 485 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>