More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1434 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1922  GntR family transcriptional regulator  89.57 
 
 
470 aa  786    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1434  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
480 aa  927    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.515471 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0573  GntR family transcriptional regulator  90.64 
 
 
470 aa  796    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0881  GntR family transcriptional regulator  58.44 
 
 
478 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426216  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1025  GntR family transcriptional regulator  48.37 
 
 
499 aa  343  5.999999999999999e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.684124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4302  GntR family transcriptional regulator  43.82 
 
 
521 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2235  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.22 
 
 
473 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.71743 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6053  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.82 
 
 
472 aa  332  7.000000000000001e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.137627  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4138  GntR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
470 aa  332  1e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0043  GntR family transcriptional regulator  47.79 
 
 
492 aa  325  9e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7471  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
449 aa  323  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0059  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  44.4 
 
 
487 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.869186  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1191  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39 
 
 
489 aa  312  9e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419241  normal  0.290751 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0047  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  44.96 
 
 
482 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.493151  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0559  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.1 
 
 
508 aa  311  1e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3314  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.36 
 
 
494 aa  309  5.9999999999999995e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3547  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.44 
 
 
477 aa  303  5.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224357  normal  0.0204741 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2637  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.26 
 
 
493 aa  293  4e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2912  transcriptional regulator, GntR family  34.09 
 
 
485 aa  290  5.0000000000000004e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.784119  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2642  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
496 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3187  transcriptional regulator  40.52 
 
 
487 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.685376  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4437  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
469 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2148  GntR family transcriptional regulator  39.36 
 
 
498 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4623  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.03 
 
 
489 aa  279  8e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.609617  normal  0.250213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2755  putative transcriptional regulator, GntR family  36.82 
 
 
456 aa  278  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.243959 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 
490 aa  259  6e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3935  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
503 aa  249  6e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.558201  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4822  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
496 aa  249  7e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.364543  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3373  transcriptional regulator  31.21 
 
 
484 aa  236  8e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.98747  normal  0.499869 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8097  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  39.15 
 
 
471 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  36.25 
 
 
490 aa  232  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.82 
 
 
488 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  42.49 
 
 
488 aa  229  6e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
492 aa  229  7e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
504 aa  229  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  37.53 
 
 
495 aa  228  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
494 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
494 aa  227  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1925  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
488 aa  227  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
494 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  36.01 
 
 
492 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
491 aa  226  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6846  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  37.22 
 
 
476 aa  224  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
496 aa  224  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  35.99 
 
 
494 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0346  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
476 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
473 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  36.2 
 
 
494 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
503 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3364  transcriptional regulator  32.64 
 
 
498 aa  220  5e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4617  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
480 aa  220  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  35.99 
 
 
509 aa  220  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
475 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  37.87 
 
 
493 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
488 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  33.98 
 
 
485 aa  217  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  34.38 
 
 
475 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
504 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0891  transcriptional regulator  32.92 
 
 
504 aa  216  5e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  34.22 
 
 
501 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  32.43 
 
 
488 aa  216  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.94 
 
 
465 aa  216  8e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  37.66 
 
 
570 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.4 
 
 
485 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
490 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  37.66 
 
 
493 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  35.95 
 
 
508 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  36.27 
 
 
496 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4020  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  32.43 
 
 
499 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.703474  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
569 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  31.51 
 
 
499 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 
501 aa  214  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000463  transcriptional regulator  28.84 
 
 
467 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.566945  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  33.9 
 
 
489 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 
496 aa  212  9e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05334  transcriptional regulator  32.48 
 
 
470 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
501 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.72 
 
 
472 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3136  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.65 
 
 
496 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000554  transcriptional regulator GntR family/aminotransferase class-i  32.68 
 
 
481 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.93 
 
 
497 aa  212  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  33.2 
 
 
503 aa  211  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
501 aa  211  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
503 aa  210  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 
520 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6494  GntR family transcriptional regulator  41.19 
 
 
482 aa  209  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  33.2 
 
 
502 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3840  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.61 
 
 
499 aa  209  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.64 
 
 
497 aa  209  9e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  33.99 
 
 
502 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  34.02 
 
 
476 aa  209  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  36.23 
 
 
520 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
502 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.27 
 
 
501 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
502 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
502 aa  209  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6316  GntR family transcriptional regulator  33.4 
 
 
493 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910059  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
509 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
574 aa  207  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
509 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.519291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>