More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1486 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1486  BCCT transporter  100 
 
 		 621 aa  1225    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.352769 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1593  BCCT transporter  69.77 
 
 		 601 aa  794    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00794806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0422  BCCT transporter  63.37 
 
 		 651 aa  766    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0280485  normal  0.480367 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  36.08 
 
 		 550 aa  310  5e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  34.35 
 
 		 545 aa  294  4e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  35.53 
 
 		 524 aa  293  7e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  35.93 
 
 		 516 aa  291  3e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  35.93 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  35.93 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  35.93 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  35.93 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  34.66 
 
 		 606 aa  290  5.0000000000000004e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  35.93 
 
 		 516 aa  290  6e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  35.62 
 
 		 516 aa  290  7e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  35.93 
 
 		 516 aa  290  7e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  33.28 
 
 		 532 aa  288  1e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  34.45 
 
 		 516 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  32.53 
 
 		 504 aa  282  2e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  32.88 
 
 		 505 aa  280  5e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  32.36 
 
 		 504 aa  280  5e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  34.2 
 
 		 646 aa  279  8e-74  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  33.75 
 
 		 505 aa  278  2e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  34.95 
 
 		 505 aa  278  2e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  33.75 
 
 		 505 aa  278  2e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  33.75 
 
 		 505 aa  278  2e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  33.57 
 
 		 681 aa  278  2e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  33.63 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  33.75 
 
 		 505 aa  278  2e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  34.95 
 
 		 505 aa  278  2e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  33.51 
 
 		 503 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  32.55 
 
 		 505 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  33.1 
 
 		 664 aa  273  6e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  32.97 
 
 		 573 aa  271  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  32.48 
 
 		 573 aa  271  2.9999999999999997e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  33.96 
 
 		 549 aa  270  7e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  32.8 
 
 		 666 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  32.77 
 
 		 558 aa  267  5e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  31.63 
 
 		 582 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  32.2 
 
 		 580 aa  265  1e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  31.93 
 
 		 585 aa  264  4e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  34.81 
 
 		 541 aa  262  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  32.86 
 
 		 681 aa  261  2e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  30.83 
 
 		 582 aa  261  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  32.73 
 
 		 694 aa  260  4e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  32.55 
 
 		 682 aa  259  9e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  30.84 
 
 		 498 aa  259  9e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  31.93 
 
 		 583 aa  259  1e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  33.63 
 
 		 525 aa  259  1e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  32.34 
 
 		 535 aa  258  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  32.19 
 
 		 629 aa  258  3e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  32.21 
 
 		 553 aa  257  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  30.95 
 
 		 568 aa  253  6e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  31.28 
 
 		 523 aa  249  8e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  33.08 
 
 		 539 aa  249  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  31.39 
 
 		 695 aa  247  4e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  31.52 
 
 		 555 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  32.39 
 
 		 682 aa  245  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  31.16 
 
 		 671 aa  243  9e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1919  choline/carnitine/betaine transporter  29.23 
 
 		 750 aa  243  1e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  31.1 
 
 		 558 aa  241  2e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  29.51 
 
 		 574 aa  237  4e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  33.22 
 
 		 551 aa  236  8e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  30.78 
 
 		 548 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  29.97 
 
 		 663 aa  233  6e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  41.25 
 
 		 530 aa  231  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  31.12 
 
 		 551 aa  229  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  38.54 
 
 		 526 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  29.01 
 
 		 639 aa  212  2e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1055  BCCT transporter  32.7 
 
 		 565 aa  212  2e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  39.3 
 
 		 524 aa  210  6e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  29.33 
 
 		 586 aa  208  2e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  39.73 
 
 		 659 aa  207  5e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  39.73 
 
 		 659 aa  207  6e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  37.26 
 
 		 538 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  36.45 
 
 		 543 aa  202  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1159  BCCT transporter  29.64 
 
 		 602 aa  201  3e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  37.01 
 
 		 603 aa  199  1.0000000000000001e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  37.58 
 
 		 657 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  38.05 
 
 		 660 aa  196  7e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  38.28 
 
 		 580 aa  197  7e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  38.56 
 
 		 667 aa  195  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  39.79 
 
 		 724 aa  194  4e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  38.17 
 
 		 661 aa  192  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  37.81 
 
 		 567 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1835  choline/carnitine/betaine transporter  37.09 
 
 		 671 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.314511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  36.07 
 
 		 494 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  29.51 
 
 		 662 aa  190  5.999999999999999e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  40.94 
 
 		 539 aa  187  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  36.64 
 
 		 578 aa  187  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  38.98 
 
 		 724 aa  187  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1351  BCCT transporter  28.27 
 
 		 507 aa  187  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000646817 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  38.61 
 
 		 637 aa  187  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  38.46 
 
 		 656 aa  186  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  37.42 
 
 		 676 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  38.28 
 
 		 677 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  38.28 
 
 		 677 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  38.28 
 
 		 677 aa  184  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  38.28 
 
 		 677 aa  184  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  38.28 
 
 		 677 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  38.28 
 
 		 677 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>