More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0422 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1593  BCCT transporter  65.3 
 
 		 601 aa  724    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00794806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0422  BCCT transporter  100 
 
 		 651 aa  1295    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0280485  normal  0.480367 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1486  BCCT transporter  63.37 
 
 		 621 aa  728    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.352769 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  40.8 
 
 		 526 aa  363  4e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  40.56 
 
 		 530 aa  358  9.999999999999999e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  41.21 
 
 		 524 aa  346  7e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  38.2 
 
 		 538 aa  346  8.999999999999999e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  41.12 
 
 		 659 aa  342  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  41.19 
 
 		 659 aa  342  2e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  38.55 
 
 		 543 aa  341  2.9999999999999998e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  38.66 
 
 		 573 aa  338  1.9999999999999998e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  37.27 
 
 		 551 aa  330  4e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  41.88 
 
 		 538 aa  330  7e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  38.95 
 
 		 646 aa  328  2.0000000000000001e-88  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  41.04 
 
 		 660 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  39.31 
 
 		 657 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  39.4 
 
 		 686 aa  325  2e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  39.02 
 
 		 664 aa  323  5e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  38.61 
 
 		 671 aa  323  7e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  39.01 
 
 		 664 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  38.34 
 
 		 653 aa  320  6e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  36.59 
 
 		 656 aa  320  7e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  41.68 
 
 		 526 aa  320  7e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  39.96 
 
 		 552 aa  319  1e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  38.1 
 
 		 578 aa  319  1e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  38 
 
 		 585 aa  318  3e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  39.54 
 
 		 684 aa  317  4e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  37.57 
 
 		 494 aa  317  6e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.01 
 
 		 550 aa  316  7e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  40.27 
 
 		 545 aa  316  9e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  35.17 
 
 		 681 aa  315  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  38.94 
 
 		 666 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  36.38 
 
 		 606 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  39.18 
 
 		 661 aa  314  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  37.88 
 
 		 637 aa  312  1e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  37.77 
 
 		 600 aa  311  2e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  36.62 
 
 		 558 aa  312  2e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  39.53 
 
 		 606 aa  311  2.9999999999999997e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  37.71 
 
 		 504 aa  310  5e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  37.52 
 
 		 504 aa  309  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  36.65 
 
 		 681 aa  309  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  40.87 
 
 		 541 aa  308  3e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  37.8 
 
 		 546 aa  308  3e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  37.24 
 
 		 580 aa  307  4.0000000000000004e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  38.37 
 
 		 667 aa  307  4.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  38.59 
 
 		 610 aa  307  5.0000000000000004e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  37.07 
 
 		 582 aa  307  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  37.07 
 
 		 582 aa  307  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  38.76 
 
 		 661 aa  306  7e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  37.48 
 
 		 516 aa  306  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  37.33 
 
 		 505 aa  306  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  36.78 
 
 		 516 aa  306  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1835  choline/carnitine/betaine transporter  36.14 
 
 		 671 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.314511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  38.88 
 
 		 573 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  36.35 
 
 		 567 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  36.56 
 
 		 523 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  36.89 
 
 		 582 aa  305  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  38.51 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  38.59 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  38.59 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  38.51 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  38.59 
 
 		 516 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  37.33 
 
 		 505 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  38.79 
 
 		 505 aa  304  4.0000000000000003e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  38.79 
 
 		 505 aa  304  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  38.59 
 
 		 516 aa  304  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  37.12 
 
 		 504 aa  304  4.0000000000000003e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  38.79 
 
 		 505 aa  304  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  38.79 
 
 		 505 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  38.79 
 
 		 505 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  37.64 
 
 		 516 aa  303  7.000000000000001e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  38.72 
 
 		 685 aa  303  8.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  36.71 
 
 		 724 aa  302  1e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  35.48 
 
 		 644 aa  302  1e-80  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  36.74 
 
 		 724 aa  302  1e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  37.5 
 
 		 508 aa  301  2e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  37.5 
 
 		 685 aa  301  2e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  36.13 
 
 		 603 aa  301  3e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  35.29 
 
 		 573 aa  301  3e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  38.74 
 
 		 549 aa  300  5e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  36.67 
 
 		 583 aa  300  7e-80  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  38.16 
 
 		 516 aa  299  1e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  37.48 
 
 		 532 aa  299  1e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  37.74 
 
 		 592 aa  299  1e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2119  betaine/carnitine/choline transporter family protein  37.09 
 
 		 524 aa  298  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  36.41 
 
 		 711 aa  298  2e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  37.9 
 
 		 661 aa  298  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  36.58 
 
 		 503 aa  298  2e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  36.67 
 
 		 540 aa  298  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  36.29 
 
 		 505 aa  298  2e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  39.88 
 
 		 525 aa  298  3e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  35.92 
 
 		 542 aa  298  3e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  35.23 
 
 		 506 aa  297  4e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  36.23 
 
 		 584 aa  296  6e-79  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  37.94 
 
 		 574 aa  296  7e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  37.6 
 
 		 665 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  35.92 
 
 		 490 aa  295  2e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  37.68 
 
 		 581 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  37.47 
 
 		 582 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  37.04 
 
 		 581 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>