More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1351 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1351  BCCT transporter  100 
 
 		 507 aa  1009    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000646817 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  37.76 
 
 		 504 aa  298  1e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  37.55 
 
 		 505 aa  298  2e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  37.34 
 
 		 504 aa  297  3e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  37.13 
 
 		 505 aa  296  5e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  37.13 
 
 		 505 aa  296  5e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  36.92 
 
 		 505 aa  294  3e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  36.92 
 
 		 505 aa  294  3e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  36.92 
 
 		 505 aa  294  3e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  36.92 
 
 		 505 aa  294  3e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  36.74 
 
 		 505 aa  293  5e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  36.7 
 
 		 508 aa  291  2e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  35.37 
 
 		 503 aa  287  2e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  36.08 
 
 		 490 aa  286  5e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  36.75 
 
 		 504 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  35.85 
 
 		 534 aa  280  6e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  38.2 
 
 		 497 aa  278  1e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  34.56 
 
 		 516 aa  279  1e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  34.56 
 
 		 516 aa  278  2e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  34.56 
 
 		 516 aa  278  2e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  34.56 
 
 		 516 aa  278  2e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  35.56 
 
 		 526 aa  277  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  34.76 
 
 		 606 aa  277  4e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  36.03 
 
 		 526 aa  277  4e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  34.05 
 
 		 516 aa  276  5e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  34.05 
 
 		 516 aa  276  5e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  33.91 
 
 		 516 aa  276  8e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  33.11 
 
 		 544 aa  276  8e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  33.53 
 
 		 532 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  34.37 
 
 		 516 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  33.98 
 
 		 516 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  34.33 
 
 		 523 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  34.82 
 
 		 498 aa  272  1e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  33.89 
 
 		 516 aa  271  2e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  35.9 
 
 		 529 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  35.16 
 
 		 523 aa  270  5e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  33.2 
 
 		 646 aa  270  5e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  34.99 
 
 		 698 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  34.11 
 
 		 657 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  29.88 
 
 		 530 aa  268  2e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  36.38 
 
 		 531 aa  268  2e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  33.07 
 
 		 691 aa  266  7e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  36.54 
 
 		 450 aa  265  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000429409  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  34.57 
 
 		 554 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  33.06 
 
 		 673 aa  264  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  34.27 
 
 		 540 aa  263  6.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  36.46 
 
 		 531 aa  262  1e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  31.74 
 
 		 660 aa  262  1e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  31.79 
 
 		 676 aa  262  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  32.6 
 
 		 676 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  34.59 
 
 		 548 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  34.3 
 
 		 661 aa  261  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  32.31 
 
 		 676 aa  259  6e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  31.61 
 
 		 538 aa  259  6e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  31.9 
 
 		 600 aa  259  8e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  32.03 
 
 		 553 aa  258  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  33.33 
 
 		 525 aa  258  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  32.01 
 
 		 529 aa  257  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  32.8 
 
 		 676 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  32.8 
 
 		 676 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  32.37 
 
 		 526 aa  256  7e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  34.3 
 
 		 661 aa  256  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  34.49 
 
 		 585 aa  255  1.0000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  34.87 
 
 		 682 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3326  choline/carnitine/betaine transporter  36.23 
 
 		 525 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188195  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  33.18 
 
 		 637 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  34.45 
 
 		 538 aa  254  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  34.23 
 
 		 664 aa  254  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  30.65 
 
 		 582 aa  254  4.0000000000000004e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  30.94 
 
 		 685 aa  253  5.000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  30.66 
 
 		 541 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  36.28 
 
 		 525 aa  253  6e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  33.67 
 
 		 582 aa  253  6e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  35 
 
 		 698 aa  253  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  33.06 
 
 		 659 aa  253  8.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  32.35 
 
 		 550 aa  252  1e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  33.67 
 
 		 582 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  33.67 
 
 		 582 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  32.62 
 
 		 574 aa  251  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  32.85 
 
 		 659 aa  251  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  31.59 
 
 		 676 aa  250  5e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  31.59 
 
 		 676 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  32.77 
 
 		 535 aa  250  5e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  31.59 
 
 		 676 aa  250  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  31.73 
 
 		 676 aa  249  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  31.73 
 
 		 676 aa  249  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  31.73 
 
 		 716 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  31.73 
 
 		 716 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  34.68 
 
 		 514 aa  249  1e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  32.75 
 
 		 549 aa  248  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  31.36 
 
 		 573 aa  247  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  33.47 
 
 		 567 aa  247  4e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  32.31 
 
 		 592 aa  246  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  33.72 
 
 		 667 aa  246  6e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  33.72 
 
 		 667 aa  246  6e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  33.13 
 
 		 531 aa  246  6e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  31.49 
 
 		 573 aa  246  6e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  33.72 
 
 		 667 aa  246  8e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  33.26 
 
 		 494 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  33.66 
 
 		 534 aa  244  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>