More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_25390 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 
514 aa  1013    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  50 
 
 
503 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  49.24 
 
 
523 aa  427  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  44.89 
 
 
506 aa  427  1e-118  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  46.79 
 
 
498 aa  424  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  45.29 
 
 
494 aa  419  1e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  42.54 
 
 
490 aa  416  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  44.15 
 
 
548 aa  412  1e-114  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  43.26 
 
 
546 aa  413  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  43.74 
 
 
505 aa  413  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  43.02 
 
 
520 aa  414  1e-114  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  43.54 
 
 
505 aa  412  1e-114  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  43.34 
 
 
505 aa  412  1e-114  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  43.34 
 
 
505 aa  412  1e-114  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  43.54 
 
 
505 aa  412  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  44.15 
 
 
548 aa  412  1e-114  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  43.02 
 
 
520 aa  414  1e-114  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  43.34 
 
 
505 aa  412  1e-114  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  43.34 
 
 
505 aa  412  1e-114  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  43.34 
 
 
504 aa  410  1e-113  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  42.69 
 
 
508 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  43.14 
 
 
504 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  40.53 
 
 
544 aa  405  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  45.06 
 
 
525 aa  403  1e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  42.26 
 
 
504 aa  402  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  42.8 
 
 
505 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  43.58 
 
 
659 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  43.58 
 
 
659 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  42.77 
 
 
497 aa  402  9.999999999999999e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  40.93 
 
 
657 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.83 
 
 
550 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  42.24 
 
 
531 aa  394  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  39.92 
 
 
551 aa  394  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  42.2 
 
 
516 aa  393  1e-108  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  40.16 
 
 
577 aa  390  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  43.93 
 
 
637 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  42.32 
 
 
531 aa  385  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  40.2 
 
 
685 aa  388  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  40.2 
 
 
667 aa  385  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2025  choline/carnitine/betaine transporter  45.48 
 
 
533 aa  384  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  39.96 
 
 
516 aa  379  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  40.15 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  40.15 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  39.65 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  40.48 
 
 
532 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  39.39 
 
 
516 aa  381  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  39.96 
 
 
516 aa  379  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  39.8 
 
 
661 aa  382  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  40.34 
 
 
516 aa  379  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  40.62 
 
 
542 aa  381  1e-104  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  40.15 
 
 
516 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  38.88 
 
 
530 aa  376  1e-103  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  39.85 
 
 
516 aa  377  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  41.57 
 
 
567 aa  375  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  40.45 
 
 
573 aa  375  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  40.12 
 
 
582 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  41.24 
 
 
583 aa  373  1e-102  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  39.39 
 
 
661 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  41.41 
 
 
600 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  42.31 
 
 
530 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  41.1 
 
 
682 aa  371  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  40.24 
 
 
610 aa  370  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  40.63 
 
 
573 aa  370  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  43.37 
 
 
661 aa  371  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  41.33 
 
 
660 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  40.64 
 
 
611 aa  370  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1122  transporter, BCCT family protein  44.94 
 
 
515 aa  367  1e-100  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  39.53 
 
 
582 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  40.96 
 
 
573 aa  368  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  39.53 
 
 
582 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  37.92 
 
 
681 aa  365  1e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  42.32 
 
 
545 aa  365  2e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  40.73 
 
 
668 aa  363  3e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  37.35 
 
 
646 aa  363  3e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  39.33 
 
 
592 aa  363  5.0000000000000005e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  40.62 
 
 
606 aa  361  2e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  41.13 
 
 
661 aa  361  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  38.78 
 
 
682 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  37.13 
 
 
681 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  40.3 
 
 
660 aa  357  3.9999999999999996e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  36.5 
 
 
574 aa  357  3.9999999999999996e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  39.5 
 
 
603 aa  356  5e-97  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3326  choline/carnitine/betaine transporter  41.29 
 
 
525 aa  356  5.999999999999999e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188195  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  40.72 
 
 
585 aa  355  7.999999999999999e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  39.66 
 
 
581 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  40 
 
 
580 aa  355  2e-96  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  40.52 
 
 
538 aa  354  2e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  39.66 
 
 
581 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  39.44 
 
 
582 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  41.63 
 
 
580 aa  353  5e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4319  choline/carnitine/betaine transporter  40.44 
 
 
534 aa  352  5.9999999999999994e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  40.55 
 
 
664 aa  352  7e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  37.09 
 
 
656 aa  352  8.999999999999999e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  40.91 
 
 
644 aa  352  1e-95  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  39.8 
 
 
606 aa  351  1e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  39 
 
 
548 aa  351  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  41.31 
 
 
574 aa  351  2e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  39.23 
 
 
582 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  37.55 
 
 
534 aa  350  5e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  38.52 
 
 
567 aa  349  6e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>