211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1056 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1056  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2944  polysaccharide deacetylase  41.81 
 
 		 295 aa  235  6e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000229991  decreased coverage  0.00000886209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0399  polysaccharide deacetylase  45.49 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.763005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4566  polysaccharide deacetylase  42.41 
 
 		 304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3154  polysaccharide deacetylase  39.44 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0562684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1053  hypothetical protein  34.29 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8430  polysaccharide deacetylase  34.13 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5337  polysaccharide deacetylase  34.35 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.135454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1969  polysaccharide deacetylase  34.35 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.25912  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4850  polysaccharide deacetylase  33.92 
 
 		 312 aa  142  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5255  polysaccharide deacetylase  32.75 
 
 		 321 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.339328 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5904  polysaccharide deacetylase  33.71 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5147  polysaccharide deacetylase  32.95 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.472101 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0601  putative polysaccharide deacetylase  32.58 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1363  hypothetical protein  32.58 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0722651 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0429  polysaccharide deacetylase  35.23 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3554  hypothetical protein  31.44 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3306  polysaccharide deacetylase  33.67 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2734  polysaccharide deacetylase  24.91 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.562399  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2733  polysaccharide deacetylase  26.16 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.437035  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4195  polysaccharide deacetylase  27.65 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5068  urate catabolism protein  32.92 
 
 		 478 aa  102  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5365  urate catabolism protein  28.25 
 
 		 478 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.805332  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0799  polysaccharide deacetylase  27.01 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2608  polysaccharide deacetylase  30.9 
 
 		 470 aa  97.1  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.234618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3692  polysaccharide deacetylase  24.54 
 
 		 334 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4092  polysaccharide deacetylase  25.68 
 
 		 312 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  hitchhiker  0.00263168 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7199  hypothetical protein  31.14 
 
 		 475 aa  92.4  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3290  chitin deacetylase  28.23 
 
 		 482 aa  92  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187371  normal  0.839044 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3204  polysaccharide deacetylase  27.53 
 
 		 470 aa  92  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.933502  normal  0.3249 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2758  chitin deacetylase  29.58 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.373365  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21130  polysaccharide deacetylase  27.85 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3707  urate catabolism protein  29.96 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.482899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1477  polysaccharide deacetylase  25.28 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1744  urate catabolism protein  29.65 
 
 		 470 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3475  polysaccharide deacetylase  31.28 
 
 		 471 aa  87.8  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.40619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3151  polysaccharide deacetylase  28.1 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal  0.0334716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3612  urate catabolism protein  26.91 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2063  urate catabolism protein  29.2 
 
 		 470 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00890496 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6198  urate catabolism protein  27.31 
 
 		 318 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.21491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1582  chitin deacetylase  27.65 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.297708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0355  polysaccharide deacetylase  27.06 
 
 		 317 aa  85.9  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.949726  normal  0.0556603 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4286  polysaccharide deacetylase family protein  28.11 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4151  polysaccharide deacetylase family protein  23.16 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4618  chitin deacetylase  28.77 
 
 		 471 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.253154 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2718  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0475  polysaccharide deacetylase  22.79 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1069  urate catabolism protein  28.71 
 
 		 470 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0248428 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0456  polysaccharide deacetylase  22.79 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4489  chitin deacetylase  29.44 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.785698 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4846  polysaccharide deacetylase  27.08 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3850  urate catabolism protein  27.19 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387177  normal  0.686624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3927  urate catabolism protein  25.6 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1706  polysaccharide deacetylase  30.1 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4268  chitin deacetylase  28.22 
 
 		 220 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1100  urate catabolism protein  26.48 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270076 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44830  hypothetical protein  29.44 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0836  urate catabolism protein  26.34 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.391521  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0206  polysaccharide deacetylase  29.23 
 
 		 471 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1554  polysaccharide deacetylase  29.23 
 
 		 471 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.442375  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1937  urate catabolism protein  25 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39074  normal  0.0426903 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3666  polysaccharide deacetylase family protein  26.16 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2260  urate catabolism protein  25 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0671776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6168  polysaccharide deacetylase  28.93 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1446  polysaccharide deacetylase  25.83 
 
 		 336 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.180277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3035  chitin deacetylase  27.78 
 
 		 471 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1809  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3818  hypothetical protein  28.57 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5844  urate catabolism protein  27.27 
 
 		 387 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306631 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1353  polysaccharide deacetylase  27.09 
 
 		 341 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1393  polysaccharide deacetylase  26.7 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0934  polysaccharide deacetylase  27.32 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2888  urate catabolism protein  25.57 
 
 		 307 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.558847  normal  0.0871438 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0901  urate catabolism protein  25.74 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1163  chitin deacetylase  28.19 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.425036  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3355  hypothetical protein  28.3 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3795  polysaccharide deacetylase  31.44 
 
 		 470 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0520356 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2437  polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3184  putative polysaccharide deacetylase  29.46 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0986  twin-arginine translocation pathway signal  25.42 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.649552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1468  polysaccharide deacetylase  25.42 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0449  chitin deacetylase  27.01 
 
 		 475 aa  76.6  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0216  urate catabolism protein  30.19 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.668034  normal  0.0222485 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6461  polysaccharide deacetylase  28.1 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09327  conserved hypothetical protein  23.21 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.598208 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2120  hypothetical protein  24.55 
 
 		 328 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.269264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2605  polysaccharide deacetylase family protein  25.83 
 
 		 364 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1424  polysaccharide deacetylase  26.61 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.185486 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3152  urate catabolism protein  25.83 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690582  normal  0.466544 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1111  polysaccharide deacetylase  26.96 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0659  urate catabolism protein  25.58 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1058  polysaccharide deacetylase family protein  25.22 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1111  urate catabolism protein  25.22 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.808218  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0916  chitin deacetylase  25.23 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3533  chitin deacetylase 1  24.69 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0673867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0469  chitin deacetylase  24.32 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1389  hypothetical protein  26.07 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3477  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  27.73 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3310  polysaccharide deacetylase domain protein  27.73 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1607  hypothetical protein  25.98 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>