214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2734 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2734  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 307 aa  647    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.562399  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4195  polysaccharide deacetylase  48.05 
 
 		 318 aa  302  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8430  polysaccharide deacetylase  32.53 
 
 		 298 aa  164  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2733  polysaccharide deacetylase  32.3 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.437035  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3554  hypothetical protein  32.46 
 
 		 313 aa  159  8e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1053  hypothetical protein  31.62 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4566  polysaccharide deacetylase  31.51 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5255  polysaccharide deacetylase  30.74 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.339328 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1363  hypothetical protein  32.23 
 
 		 321 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0722651 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4850  polysaccharide deacetylase  29.9 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5337  polysaccharide deacetylase  30.97 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.135454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0429  polysaccharide deacetylase  30.97 
 
 		 307 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1969  polysaccharide deacetylase  30.63 
 
 		 290 aa  149  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.25912  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5904  polysaccharide deacetylase  31.37 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0601  putative polysaccharide deacetylase  30.47 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5147  polysaccharide deacetylase  30 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.472101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3306  polysaccharide deacetylase  31.23 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0399  polysaccharide deacetylase  29.2 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.763005 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2944  polysaccharide deacetylase  30.34 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000229991  decreased coverage  0.00000886209 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5684  Chitin deacetylase  27.99 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.260048  normal  0.439054 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2120  hypothetical protein  27.8 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.269264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2437  polysaccharide deacetylase  28.16 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0934  polysaccharide deacetylase  25.61 
 
 		 308 aa  105  9e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0882  polysaccharide deacetylase  26.87 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1937  urate catabolism protein  27.8 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39074  normal  0.0426903 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2260  urate catabolism protein  27.8 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0671776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3927  urate catabolism protein  29.19 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2039  polysaccharide deacetylase  28.78 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2085  polysaccharide deacetylase  28.78 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.793939  normal  0.404703 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3154  polysaccharide deacetylase  25.81 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0562684 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2022  polysaccharide deacetylase  28.78 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.664089  normal  0.0722696 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2063  urate catabolism protein  27.78 
 
 		 470 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00890496 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1111  polysaccharide deacetylase  29.23 
 
 		 322 aa  99.8  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1744  urate catabolism protein  28.15 
 
 		 470 aa  100  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1056  polysaccharide deacetylase  23.93 
 
 		 302 aa  99.8  6e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5844  urate catabolism protein  26.69 
 
 		 387 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1706  polysaccharide deacetylase  26.91 
 
 		 308 aa  99  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3666  polysaccharide deacetylase family protein  25.82 
 
 		 309 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2116  urate catabolism protein  27.21 
 
 		 322 aa  98.2  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.126861  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1069  urate catabolism protein  27.21 
 
 		 470 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0248428 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3818  hypothetical protein  26.84 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3850  urate catabolism protein  27.3 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387177  normal  0.686624 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0499  putative polysaccharide deacetylase family protein  26.39 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2758  chitin deacetylase  26.6 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.373365  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3612  urate catabolism protein  27.3 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1343  urate catabolism protein  28.26 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0882664  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1582  chitin deacetylase  27.3 
 
 		 308 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.297708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44830  hypothetical protein  26.84 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30682  predicted protein  24.91 
 
 		 339 aa  96.3  6e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.673385  normal  0.0672265 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0777  hypothetical protein  30.85 
 
 		 314 aa  95.9  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1809  polysaccharide deacetylase  25.53 
 
 		 309 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4286  polysaccharide deacetylase family protein  26.95 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2422  polysaccharide deacetylase  28.07 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4388  polysaccharide deacetylase  26.42 
 
 		 323 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.677693  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1058  polysaccharide deacetylase family protein  28 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1111  urate catabolism protein  28 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.808218  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0078  polysaccharide deacetylase  26.91 
 
 		 313 aa  92.8  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0469  chitin deacetylase  29.18 
 
 		 308 aa  92.8  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0916  chitin deacetylase  27.64 
 
 		 312 aa  91.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3450  polysaccharide deacetylase  26.89 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.231432 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21130  polysaccharide deacetylase  25.74 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1919  polysaccharide deacetylase  27.08 
 
 		 326 aa  90.5  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2533  polysaccharide deacetylase family protein  26.04 
 
 		 317 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3290  chitin deacetylase  25.71 
 
 		 482 aa  90.1  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187371  normal  0.839044 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3533  chitin deacetylase 1  30 
 
 		 255 aa  89.7  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0673867 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1279  polysaccharide deacetylase family protein  26.04 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.414457  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0355  polysaccharide deacetylase  26.71 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.949726  normal  0.0556603 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3303  polysaccharide deacetylase family protein  26.04 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248766  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2388  polysaccharide deacetylase  26.04 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2432  polysaccharide deacetylase  26.04 
 
 		 317 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02512  hypothetical protein  27.04 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4618  chitin deacetylase  25.19 
 
 		 471 aa  89.7  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.253154 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3204  polysaccharide deacetylase  27.55 
 
 		 470 aa  89.4  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.933502  normal  0.3249 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1508  polysaccharide deacetylase family protein  26.04 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324299  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2007  polysaccharide deacetylase family protein  26.04 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0799  polysaccharide deacetylase  25.37 
 
 		 290 aa  89  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2067  polysaccharide deacetylase family protein  25.61 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6198  urate catabolism protein  27.14 
 
 		 318 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.21491 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1926  putative polysaccharide deacetylase  26.64 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.644925 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0449  chitin deacetylase  25.61 
 
 		 475 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4489  chitin deacetylase  25.99 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.785698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7199  hypothetical protein  26.43 
 
 		 475 aa  87.8  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3707  urate catabolism protein  25 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.482899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0659  urate catabolism protein  31.22 
 
 		 319 aa  87.4  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1100  urate catabolism protein  27.24 
 
 		 336 aa  87.4  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270076 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1307  urate catabolism protein  26.28 
 
 		 317 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.018658 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0901  urate catabolism protein  27.27 
 
 		 316 aa  86.7  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2329  urate catabolism protein  26.28 
 
 		 316 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2718  polysaccharide deacetylase  26.88 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5278  polysaccharide deacetylase  26.28 
 
 		 359 aa  85.9  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0440872 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2608  polysaccharide deacetylase  27.94 
 
 		 470 aa  85.9  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.234618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1987  urate catabolism protein  26.28 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.567399 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5068  urate catabolism protein  26.95 
 
 		 478 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1424  polysaccharide deacetylase  28.89 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.185486 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6114  polysaccharide deacetylase  26.28 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1963  polysaccharide deacetylase  26.28 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1300  urate catabolism protein  26.02 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.540933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0206  polysaccharide deacetylase  24.72 
 
 		 471 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1554  polysaccharide deacetylase  24.72 
 
 		 471 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.442375  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1163  chitin deacetylase  24.31 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.425036  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>