More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1955 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1124  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.94 
 
 		 724 aa  806    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0235  S1 RNA-binding domain-containing protein  50.35 
 
 		 761 aa  703    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.707301  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0267  S1 RNA binding domain protein  56.3 
 
 		 722 aa  783    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1676  S1 RNA-binding domain-containing protein  52.57 
 
 		 716 aa  757    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2137  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.56 
 
 		 716 aa  753    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.580609  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  48.51 
 
 		 779 aa  665    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0275  S1 RNA-binding domain-containing protein  56.35 
 
 		 722 aa  783    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.302481  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1181  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.85 
 
 		 720 aa  674    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0732  transcriptional accessory protein Tex, putative  49.45 
 
 		 720 aa  654    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  47.51 
 
 		 767 aa  648    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  46.77 
 
 		 773 aa  637    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0241  S1 RNA-binding domain-containing protein  56.3 
 
 		 724 aa  784    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0227  transcription accessory protein  56.3 
 
 		 724 aa  784    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.409701  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0229  transcription accessory protein  56.16 
 
 		 724 aa  784    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1329  transcription accessory protein, TEX  48.15 
 
 		 774 aa  641    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.279069  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2430  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.82 
 
 		 773 aa  636    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.388315  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1955  RNA binding S1  100 
 
 		 718 aa  1443    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4627  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.91 
 
 		 777 aa  641    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2174  putative tex protein  48.15 
 
 		 774 aa  641    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0747  RNA binding S1 domain protein  48.27 
 
 		 699 aa  646    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.338297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1091  putative tex protein  48.15 
 
 		 774 aa  641    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1339  RNA binding S1  49.38 
 
 		 802 aa  673    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0270  S1 RNA binding domain protein  56.21 
 
 		 722 aa  790    Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00390714  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3940  RNA binding S1 domain protein  51.17 
 
 		 721 aa  689    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2339  transcription accessory protein, TEX  48.15 
 
 		 821 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1303  RNA binding S1  47.92 
 
 		 765 aa  660    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.493241  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1223  RNA binding S1 domain protein  50.56 
 
 		 756 aa  659    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.572551 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0774  RNA binding protein  48.56 
 
 		 773 aa  636    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394483  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  50.35 
 
 		 759 aa  680    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0320  RNA binding S1 domain protein  47.2 
 
 		 775 aa  637    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  50.56 
 
 		 757 aa  699    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000267713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0286  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.3 
 
 		 726 aa  674    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000736156  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0255  s1 RNA-binding domain-containing protein  56.16 
 
 		 722 aa  782    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.914514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3881  protein yhgF  46.31 
 
 		 773 aa  635    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0379  RNA-binding S1 domain-containing protein  64.29 
 
 		 713 aa  933    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0908299 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2248  transcription accessory protein, TEX  47.95 
 
 		 775 aa  635    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.673592  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0405  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.17 
 
 		 772 aa  635    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1469  RNA binding S1 domain protein  52.93 
 
 		 717 aa  741    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3345  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.91 
 
 		 706 aa  667    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  47.48 
 
 		 772 aa  644    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0259  RNA binding S1  46.93 
 
 		 782 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0354  RNA binding S1 domain protein  74.23 
 
 		 718 aa  1098    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1609  S1 RNA-binding domain-containing protein  48.29 
 
 		 781 aa  652    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217486  normal  0.534196 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0450  RNA-binding S1 domain-containing protein  61.84 
 
 		 722 aa  894    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.806006  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0213  RNA binding S1 domain protein  57.14 
 
 		 728 aa  774    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.231146  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3028  RNA binding S1 domain protein  50.7 
 
 		 754 aa  671    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1770  RNA binding S1 domain protein  58.88 
 
 		 718 aa  836    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.133357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0610  RNA binding S1 domain protein  49.58 
 
 		 727 aa  670    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  48.63 
 
 		 787 aa  671    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1094  Tex-like protein protein-like protein  58.12 
 
 		 721 aa  776    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0457  RNA-binding S1 domain-containing protein  64.01 
 
 		 713 aa  912    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2288  hypothetical protein  47.34 
 
 		 773 aa  655    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001874  transcription accessory protein  47.61 
 
 		 773 aa  655    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2527  RNA binding S1 domain protein  48.15 
 
 		 782 aa  651    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197314  hitchhiker  0.0000000921984 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  47.55 
 
 		 754 aa  644    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2426  RNA-binding protein  59.53 
 
 		 720 aa  887    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2136  transcription accessory protein  59.67 
 
 		 720 aa  885    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  46.29 
 
 		 767 aa  643    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1095  RNA binding S1 domain protein  48.69 
 
 		 762 aa  669    Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0241  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.3 
 
 		 722 aa  790    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0577162  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0289  S1 RNA binding domain protein  56.58 
 
 		 724 aa  793    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.032333  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  47.51 
 
 		 766 aa  651    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1596  RNA binding S1 domain protein  48.36 
 
 		 788 aa  662    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.702606  normal  0.0459363 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2650  RNA binding S1 domain protein  46.68 
 
 		 795 aa  645    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00533816  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0319  transcriptional accessory protein  48.8 
 
 		 713 aa  645    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1283  transcriptional accessory protein  48.61 
 
 		 730 aa  661    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0716  transcriptional regulator  49.86 
 
 		 710 aa  655    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.69 
 
 		 757 aa  675    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000694259  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2413  RNA binding S1 domain protein  45.63 
 
 		 736 aa  645    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.746859  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0338  RNA-binding S1 domain-containing protein  63.38 
 
 		 722 aa  904    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0306  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.17 
 
 		 773 aa  636    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0742204 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3247  RNA binding S1 domain protein  47.71 
 
 		 719 aa  652    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.140684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3374  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.31 
 
 		 786 aa  646    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1685  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.75 
 
 		 723 aa  689    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2849  RNA binding S1 domain protein  47.71 
 
 		 719 aa  652    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1924  RNA binding S1 domain protein  49.32 
 
 		 777 aa  667    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0525601 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0479  RNA-binding S1 domain-containing protein  64.2 
 
 		 712 aa  948    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00985663  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0233  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.18 
 
 		 722 aa  772    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.712365  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4944  RNA binding S1 domain protein  47.93 
 
 		 718 aa  660    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.840168 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00510  RNA binding S1 domain protein  61.09 
 
 		 722 aa  875    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000209068  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2100  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.56 
 
 		 716 aa  753    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0300977  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2212  putative tex protein  48.15 
 
 		 774 aa  641    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5055  S1 RNA binding domain protein  55.93 
 
 		 722 aa  788    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0346453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1388  RNA binding S1 domain protein  59.5 
 
 		 721 aa  870    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000247935  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1942  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.54 
 
 		 778 aa  637    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0410513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1406  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.17 
 
 		 780 aa  652    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252881  decreased coverage  0.0000000874326 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1819  putative tex protein  48.15 
 
 		 774 aa  641    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1540  RNA-binding S1 domain-containing protein  63.87 
 
 		 713 aa  910    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2544  RNA binding S1 domain protein  49.16 
 
 		 762 aa  689    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.493353  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0077  putative tex protein  48.15 
 
 		 774 aa  641    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170927  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03259  predicted transcriptional accessory protein  46.17 
 
 		 772 aa  634  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0306  RNA binding S1 domain protein  46.17 
 
 		 773 aa  633  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3688  putative transcriptional accessory protein  46.04 
 
 		 773 aa  633  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.913461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3604  protein yhgF  46.17 
 
 		 773 aa  634  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00795  S1 RNA binding domain protein  46.9 
 
 		 786 aa  632  1e-180  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0660252  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  47.66 
 
 		 772 aa  634  1e-180  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0100  RNA binding S1:resolvase, RNase H-like fold  45.96 
 
 		 777 aa  632  1e-180  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3786  putative transcriptional accessory protein  46.17 
 
 		 773 aa  634  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.66 
 
 		 774 aa  632  1e-180  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1792  putative transcription accessory protein  46.77 
 
 		 793 aa  633  1e-180  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.781108  normal  0.584186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>