More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2136 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1124  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.27 
 
 		 724 aa  762    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1181  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.8 
 
 		 720 aa  659    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03259  predicted transcriptional accessory protein  46.1 
 
 		 772 aa  636    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0289  S1 RNA binding domain protein  54.34 
 
 		 724 aa  754    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.032333  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0450  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.28 
 
 		 722 aa  799    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.806006  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0235  S1 RNA-binding domain-containing protein  48.27 
 
 		 761 aa  681    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.707301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0245  S1 RNA-binding domain-containing protein  46.96 
 
 		 861 aa  668    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409954  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0338  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.56 
 
 		 722 aa  843    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0379  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.27 
 
 		 713 aa  850    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0908299 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1676  S1 RNA-binding domain-containing protein  49.24 
 
 		 716 aa  699    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3881  protein yhgF  46.24 
 
 		 773 aa  637    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  46.51 
 
 		 779 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0275  S1 RNA-binding domain-containing protein  54.2 
 
 		 722 aa  740    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.302481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3688  putative transcriptional accessory protein  46.37 
 
 		 773 aa  636    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.913461 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1388  RNA binding S1 domain protein  54.24 
 
 		 721 aa  783    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000247935  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  47.6 
 
 		 767 aa  654    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4629  hypothetical protein  46.55 
 
 		 784 aa  658    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  46.92 
 
 		 773 aa  664    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0241  S1 RNA-binding domain-containing protein  54.2 
 
 		 724 aa  740    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0227  transcription accessory protein  54.2 
 
 		 724 aa  740    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.409701  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0229  transcription accessory protein  54.06 
 
 		 724 aa  740    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4130  RNA binding S1 domain protein  46.68 
 
 		 787 aa  665    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4944  RNA binding S1 domain protein  49.25 
 
 		 718 aa  662    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.840168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03989  Transcriptional accessory protein  46.54 
 
 		 788 aa  652    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0457  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.13 
 
 		 713 aa  837    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  46.79 
 
 		 772 aa  659    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4967  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.75 
 
 		 774 aa  667    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00735813 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  48.09 
 
 		 772 aa  646    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0100  RNA binding S1:resolvase, RNase H-like fold  46.15 
 
 		 777 aa  642    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1339  RNA binding S1  46.53 
 
 		 802 aa  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0306  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.24 
 
 		 773 aa  637    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0742204 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.25 
 
 		 774 aa  659    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1534  RNA binding S1  48.9 
 
 		 719 aa  643    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.264491  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4334  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.08 
 
 		 787 aa  669    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.515985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1303  RNA binding S1  45.78 
 
 		 765 aa  648    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.493241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  46.65 
 
 		 774 aa  654    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0774  RNA binding protein  48.07 
 
 		 773 aa  648    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394483  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  49.09 
 
 		 759 aa  670    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  46.03 
 
 		 766 aa  644    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  48.9 
 
 		 757 aa  672    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000267713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2288  hypothetical protein  46.6 
 
 		 773 aa  664    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0137  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.54 
 
 		 787 aa  665    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.233986  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0255  s1 RNA-binding domain-containing protein  54.06 
 
 		 722 aa  738    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.914514  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0241  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.35 
 
 		 722 aa  744    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0577162  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2544  RNA binding S1 domain protein  48.75 
 
 		 762 aa  678    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.493353  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1924  RNA binding S1 domain protein  46.03 
 
 		 777 aa  637    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0525601 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2137  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.76 
 
 		 716 aa  714    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.580609  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3345  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.75 
 
 		 706 aa  639    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5055  S1 RNA binding domain protein  54.62 
 
 		 722 aa  761    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0346453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3634  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.24 
 
 		 787 aa  662    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.557462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  46.79 
 
 		 772 aa  662    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0259  RNA binding S1  45.44 
 
 		 782 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5945  hypothetical protein  45.7 
 
 		 779 aa  644    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3028  RNA binding S1 domain protein  48.33 
 
 		 754 aa  649    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0243  RNA binding S1  47.2 
 
 		 799 aa  665    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0610  RNA binding S1 domain protein  46.8 
 
 		 727 aa  646    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0267  S1 RNA binding domain protein  54.2 
 
 		 722 aa  740    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0260  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.09 
 
 		 774 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217676 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  45.73 
 
 		 787 aa  641    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0703  RNA binding S1  48.22 
 
 		 814 aa  653    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.509283  normal  0.104907 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1540  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.41 
 
 		 713 aa  837    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0270  S1 RNA binding domain protein  53.5 
 
 		 722 aa  752    Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00390714  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4226  RNA binding S1  46.48 
 
 		 775 aa  644    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0317  RNA binding S1  47.68 
 
 		 772 aa  655    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499934  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  48.25 
 
 		 754 aa  657    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2426  RNA-binding protein  98.89 
 
 		 720 aa  1429    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2136  transcription accessory protein  100 
 
 		 720 aa  1445    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  47.26 
 
 		 767 aa  655    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3809  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.55 
 
 		 779 aa  655    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3885  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.55 
 
 		 779 aa  654    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1472  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.52 
 
 		 782 aa  636    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0235  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.74 
 
 		 790 aa  653    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4015  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.23 
 
 		 803 aa  646    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68710  hypothetical protein  45.92 
 
 		 779 aa  644    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0319  transcriptional accessory protein  48.9 
 
 		 713 aa  646    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1283  transcriptional accessory protein  47.92 
 
 		 730 aa  659    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0716  transcriptional regulator  48.48 
 
 		 710 aa  641    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4202  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.81 
 
 		 787 aa  666    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0326222  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3604  protein yhgF  46.1 
 
 		 773 aa  635    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1466  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.15 
 
 		 769 aa  644    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0197  putative RNA binding protein  46.3 
 
 		 778 aa  648    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364185  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4013  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.55 
 
 		 779 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1685  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.04 
 
 		 723 aa  665    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0767  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.58 
 
 		 720 aa  637    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3508  hypothetical protein  46.91 
 
 		 778 aa  659    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0286  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.96 
 
 		 726 aa  671    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000736156  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0233  RNA-binding S1 domain-containing protein  52.8 
 
 		 722 aa  727    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.712365  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3804  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.5 
 
 		 813 aa  656    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.16 
 
 		 774 aa  653    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0153  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.64 
 
 		 802 aa  660    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.07 
 
 		 757 aa  651    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000694259  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0173  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.91 
 
 		 804 aa  668    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2100  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.76 
 
 		 716 aa  714    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0300977  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0479  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.61 
 
 		 712 aa  872    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00985663  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3820  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.8 
 
 		 776 aa  635    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3786  putative transcriptional accessory protein  46.1 
 
 		 773 aa  635    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2849  RNA binding S1 domain protein  48.83 
 
 		 719 aa  652    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0270  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.92 
 
 		 774 aa  664    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1955  RNA binding S1  59.67 
 
 		 718 aa  885    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2430  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.93 
 
 		 773 aa  647    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.388315  normal  0.0422366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>