More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3028 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009135  MmarC5_0457  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.01 
 
 		 713 aa  659    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03259  predicted transcriptional accessory protein  49.86 
 
 		 772 aa  672    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0306  RNA binding S1 domain protein  50 
 
 		 773 aa  672    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0235  S1 RNA-binding domain-containing protein  68.74 
 
 		 761 aa  1014    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.707301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0245  S1 RNA-binding domain-containing protein  49.51 
 
 		 861 aa  667    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409954  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2137  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.1 
 
 		 716 aa  644    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.580609  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1466  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.03 
 
 		 769 aa  642    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1032  S1 RNA-binding domain-containing protein  49.79 
 
 		 735 aa  639    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.013008  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  49.45 
 
 		 779 aa  673    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0275  S1 RNA-binding domain-containing protein  48.82 
 
 		 722 aa  643    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.302481  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2212  putative tex protein  50.55 
 
 		 774 aa  673    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4202  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.2 
 
 		 787 aa  652    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0326222  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1222  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.33 
 
 		 784 aa  659    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.923017  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  49.86 
 
 		 767 aa  667    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4629  hypothetical protein  47.58 
 
 		 784 aa  655    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  49.6 
 
 		 773 aa  681    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0241  S1 RNA-binding domain-containing protein  48.82 
 
 		 724 aa  642    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0137  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.2 
 
 		 787 aa  654    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.233986  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0227  transcription accessory protein  48.82 
 
 		 724 aa  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.409701  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2174  putative tex protein  50.55 
 
 		 774 aa  673    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0229  transcription accessory protein  48.68 
 
 		 724 aa  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2430  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.8 
 
 		 773 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.388315  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1329  transcription accessory protein, TEX  50.55 
 
 		 774 aa  673    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.279069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2891  hypothetical protein  49.04 
 
 		 789 aa  660    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2746  hypothetical protein  49.52 
 
 		 789 aa  662    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0241  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.4 
 
 		 722 aa  648    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0577162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  50.14 
 
 		 772 aa  673    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.42 
 
 		 774 aa  666    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  48.43 
 
 		 772 aa  671    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0100  RNA binding S1:resolvase, RNase H-like fold  49.79 
 
 		 777 aa  657    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1339  RNA binding S1  48.97 
 
 		 802 aa  672    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0450  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.47 
 
 		 722 aa  645    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.806006  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1534  RNA binding S1  53.76 
 
 		 719 aa  730    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.264491  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2339  transcription accessory protein, TEX  50.55 
 
 		 821 aa  671    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1303  RNA binding S1  48.43 
 
 		 765 aa  677    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.493241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  51.11 
 
 		 774 aa  684    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0774  RNA binding protein  49.8 
 
 		 773 aa  644    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394483  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  68.04 
 
 		 759 aa  1010    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5099  RNA binding S1  50.63 
 
 		 774 aa  657    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  68.67 
 
 		 757 aa  1001    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000267713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2316  RNA-binding domain-containing protein  51.71 
 
 		 740 aa  673    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0255  s1 RNA-binding domain-containing protein  48.68 
 
 		 722 aa  639    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.914514  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1955  RNA binding S1  50.7 
 
 		 718 aa  699    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3444  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.48 
 
 		 787 aa  657    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.249053 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1585  RNA binding S1  48.72 
 
 		 790 aa  649    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0077  putative tex protein  50.55 
 
 		 774 aa  673    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170927  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2248  transcription accessory protein, TEX  50.41 
 
 		 775 aa  665    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.673592  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0260  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.37 
 
 		 774 aa  666    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217676 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3277  RNA binding S1  47.53 
 
 		 799 aa  648    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  71.12 
 
 		 757 aa  1054    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000694259  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2100  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.1 
 
 		 716 aa  644    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0300977  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  51.04 
 
 		 772 aa  679    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0259  RNA binding S1  48.96 
 
 		 782 aa  643    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2537  RNA binding S1  49.66 
 
 		 803 aa  643    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1609  S1 RNA-binding domain-containing protein  50.28 
 
 		 781 aa  666    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217486  normal  0.534196 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0243  RNA binding S1  49.59 
 
 		 799 aa  675    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2189  RNA binding S1  47.52 
 
 		 798 aa  648    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2655  RNA binding S1  49.72 
 
 		 804 aa  647    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.047572  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1037  RNA binding S1  49.23 
 
 		 778 aa  654    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255171  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3804  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.24 
 
 		 813 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  49.39 
 
 		 787 aa  672    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0703  RNA binding S1  50.98 
 
 		 814 aa  652    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.509283  normal  0.104907 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6281  RNA binding S1  50.21 
 
 		 815 aa  654    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.319798  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3402  RNA binding S1  48.54 
 
 		 777 aa  642    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.702418  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4226  RNA binding S1  46.72 
 
 		 775 aa  655    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0317  RNA binding S1  49.34 
 
 		 772 aa  662    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499934  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  52.05 
 
 		 754 aa  695    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2426  RNA-binding protein  48.05 
 
 		 720 aa  663    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2136  transcription accessory protein  48.33 
 
 		 720 aa  667    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  48.66 
 
 		 767 aa  670    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3809  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.03 
 
 		 779 aa  654    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3885  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.18 
 
 		 779 aa  649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1875  Tex-like protein protein-like protein  50.84 
 
 		 719 aa  694    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1472  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.75 
 
 		 782 aa  664    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0235  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.91 
 
 		 790 aa  653    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3413  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.54 
 
 		 777 aa  642    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.268774 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1736  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.41 
 
 		 774 aa  659    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.605663  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68710  hypothetical protein  50.21 
 
 		 779 aa  655    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3820  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.5 
 
 		 776 aa  654    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3634  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.79 
 
 		 787 aa  662    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.557462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1091  putative tex protein  50.55 
 
 		 774 aa  673    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  50.21 
 
 		 766 aa  681    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2245  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.28 
 
 		 798 aa  654    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.659597  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0405  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.8 
 
 		 772 aa  643    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2288  hypothetical protein  50.95 
 
 		 773 aa  694    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1798  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.21 
 
 		 774 aa  654    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1838  RNA-binding S1 domain-containing protein  52.85 
 
 		 788 aa  694    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.225923  normal  0.149327 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0379  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.78 
 
 		 713 aa  664    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0908299 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4013  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.36 
 
 		 779 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1685  RNA-binding S1 domain-containing protein  68.25 
 
 		 723 aa  988    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3982  hypothetical protein  50.49 
 
 		 791 aa  661    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3508  hypothetical protein  48.1 
 
 		 778 aa  667    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3465  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.54 
 
 		 777 aa  642    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0520742 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1810  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.31 
 
 		 728 aa  646    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.547595  normal  0.164556 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3200  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.79 
 
 		 785 aa  635    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0648133  normal  0.853857 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.82 
 
 		 774 aa  683    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0995  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.63 
 
 		 723 aa  638    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5301 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3604  protein yhgF  50 
 
 		 773 aa  673    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1942  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.29 
 
 		 778 aa  646    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0410513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5945  hypothetical protein  50.35 
 
 		 779 aa  660    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>