More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0235 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0686  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.54 
 
 		 768 aa  795    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.194488  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03259  predicted transcriptional accessory protein  64.63 
 
 		 772 aa  963    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0306  RNA binding S1 domain protein  64.76 
 
 		 773 aa  965    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0235  S1 RNA-binding domain-containing protein  48.14 
 
 		 761 aa  665    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.707301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0245  S1 RNA-binding domain-containing protein  62.67 
 
 		 861 aa  927    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409954  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1222  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.05 
 
 		 784 aa  891    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.923017  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3820  RNA-binding S1 domain-containing protein  64.67 
 
 		 776 aa  967    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1032  S1 RNA-binding domain-containing protein  60.66 
 
 		 735 aa  856    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.013008  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  56.9 
 
 		 779 aa  876    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2288  hypothetical protein  64.32 
 
 		 773 aa  974    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4965  putative transcription accessory protein  61.2 
 
 		 796 aa  951    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1706  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.85 
 
 		 803 aa  839    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.96157 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  57.67 
 
 		 767 aa  841    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4629  hypothetical protein  78.86 
 
 		 784 aa  1261    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  59.89 
 
 		 773 aa  910    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.24 
 
 		 757 aa  655    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000694259  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0260  RNA-binding S1 domain-containing protein  62.53 
 
 		 774 aa  927    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7512  transcriptional accessory protein  55.87 
 
 		 771 aa  807    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348288  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1329  transcription accessory protein, TEX  60.5 
 
 		 774 aa  869    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.279069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2891  hypothetical protein  58.35 
 
 		 789 aa  870    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2746  hypothetical protein  58.23 
 
 		 789 aa  869    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0767  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.69 
 
 		 720 aa  651    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  60.24 
 
 		 772 aa  916    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2166  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.94 
 
 		 780 aa  821    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.897398  normal  0.40683 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  58.15 
 
 		 772 aa  892    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0100  RNA binding S1:resolvase, RNase H-like fold  58.38 
 
 		 777 aa  864    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2174  putative tex protein  60.5 
 
 		 774 aa  869    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1339  RNA binding S1  58.57 
 
 		 802 aa  873    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1945  hypothetical protein  57.42 
 
 		 800 aa  827    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10863  normal  0.999924 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1534  RNA binding S1  48.69 
 
 		 719 aa  649    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.264491  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2339  transcription accessory protein, TEX  60.41 
 
 		 821 aa  867    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1303  RNA binding S1  54.33 
 
 		 765 aa  852    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.493241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  61.15 
 
 		 774 aa  917    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0774  RNA binding protein  54.3 
 
 		 773 aa  802    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394483  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1875  Tex-like protein protein-like protein  46.63 
 
 		 719 aa  645    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5099  RNA binding S1  60.77 
 
 		 774 aa  851    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  49.72 
 
 		 757 aa  677    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000267713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3982  hypothetical protein  62.42 
 
 		 791 aa  977    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2122  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.51 
 
 		 849 aa  655    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00161735  normal  0.0955174 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3444  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.32 
 
 		 787 aa  793    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.249053 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1585  RNA binding S1  57.43 
 
 		 790 aa  829    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0137  RNA-binding S1 domain-containing protein  80.23 
 
 		 787 aa  1313    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.233986  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2248  transcription accessory protein, TEX  58.97 
 
 		 775 aa  856    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.673592  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0217  RNA binding S1  57.75 
 
 		 864 aa  800    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.200236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4202  RNA-binding S1 domain-containing protein  79.97 
 
 		 787 aa  1310    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0326222  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3277  RNA binding S1  55.59 
 
 		 799 aa  818    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2483  RNA binding S1  54.91 
 
 		 807 aa  785    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  60.14 
 
 		 772 aa  900    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0259  RNA binding S1  54.61 
 
 		 782 aa  842    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2537  RNA binding S1  53.22 
 
 		 803 aa  815    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1609  S1 RNA-binding domain-containing protein  56.96 
 
 		 781 aa  890    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217486  normal  0.534196 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0243  RNA binding S1  79.72 
 
 		 799 aa  1269    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2189  RNA binding S1  55.63 
 
 		 798 aa  820    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2655  RNA binding S1  61.46 
 
 		 804 aa  904    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.047572  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1037  RNA binding S1  55.39 
 
 		 778 aa  850    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255171  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1466  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.75 
 
 		 769 aa  818    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  58.63 
 
 		 787 aa  875    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0703  RNA binding S1  54.89 
 
 		 814 aa  818    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.509283  normal  0.104907 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6281  RNA binding S1  61.05 
 
 		 815 aa  857    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.319798  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1091  putative tex protein  60.5 
 
 		 774 aa  869    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3402  RNA binding S1  55.9 
 
 		 777 aa  786    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.702418  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4226  RNA binding S1  62.93 
 
 		 775 aa  995    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0317  RNA binding S1  56.59 
 
 		 772 aa  821    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499934  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  47.29 
 
 		 754 aa  638    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2426  RNA-binding protein  46.01 
 
 		 720 aa  657    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2136  transcription accessory protein  45.74 
 
 		 720 aa  653    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  61.27 
 
 		 767 aa  970    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3809  RNA-binding S1 domain-containing protein  78.73 
 
 		 779 aa  1258    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3885  RNA-binding S1 domain-containing protein  78.1 
 
 		 779 aa  1239    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1472  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.49 
 
 		 782 aa  900    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0235  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 		 790 aa  1616    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1736  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.38 
 
 		 774 aa  852    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.605663  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68710  hypothetical protein  61.38 
 
 		 779 aa  922    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0405  RNA-binding S1 domain-containing protein  54.81 
 
 		 772 aa  806    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0077  putative tex protein  60.5 
 
 		 774 aa  869    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170927  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3804  RNA-binding S1 domain-containing protein  80.63 
 
 		 813 aa  1273    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  63.16 
 
 		 774 aa  921    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0895  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.32 
 
 		 861 aa  768    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2430  RNA-binding S1 domain-containing protein  54.3 
 
 		 773 aa  801    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.388315  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1798  RNA-binding S1 domain-containing protein  61.05 
 
 		 774 aa  857    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1838  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.25 
 
 		 788 aa  638    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.225923  normal  0.149327 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1460  RNA-binding S1 domain-containing protein  54.79 
 
 		 773 aa  852    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0675238  normal  0.590936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4013  RNA-binding S1 domain-containing protein  79.24 
 
 		 779 aa  1259    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1792  putative transcription accessory protein  55.03 
 
 		 793 aa  826    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.781108  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1685  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.23 
 
 		 723 aa  669    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4458  RNA-binding S1 domain-containing protein  54.35 
 
 		 770 aa  764    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.135865  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2212  putative tex protein  60.5 
 
 		 774 aa  869    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3508  hypothetical protein  76.58 
 
 		 778 aa  1232    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3413  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.9 
 
 		 777 aa  786    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.268774 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3465  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.9 
 
 		 777 aa  786    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0520742 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1810  RNA-binding S1 domain-containing protein  54.44 
 
 		 728 aa  796    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.547595  normal  0.164556 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3200  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.89 
 
 		 785 aa  786    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0648133  normal  0.853857 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3634  RNA-binding S1 domain-containing protein  79.39 
 
 		 787 aa  1281    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.557462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.91 
 
 		 774 aa  933    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5945  hypothetical protein  61.38 
 
 		 779 aa  923    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3421  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.53 
 
 		 788 aa  818    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.507063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1942  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.81 
 
 		 778 aa  820    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0410513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1707  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.13 
 
 		 798 aa  813    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.700604 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1819  putative tex protein  60.5 
 
 		 774 aa  869    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1042  RNA-binding S1 domain-containing protein  52.24 
 
 		 794 aa  793    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.889463  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>