More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1945 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  62.23 
 
 
774 aa  949    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03259  predicted transcriptional accessory protein  61 
 
 
772 aa  891    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0306  RNA binding S1 domain protein  60.87 
 
 
773 aa  890    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0235  S1 RNA-binding domain-containing protein  49.54 
 
 
761 aa  659    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.707301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0245  S1 RNA-binding domain-containing protein  63.47 
 
 
861 aa  926    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409954  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1222  RNA-binding S1 domain-containing protein  72.5 
 
 
784 aa  1164    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.923017  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2288  hypothetical protein  59.69 
 
 
773 aa  890    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1032  S1 RNA-binding domain-containing protein  62 
 
 
735 aa  876    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.013008  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  63.37 
 
 
779 aa  943    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7512  transcriptional accessory protein  62.11 
 
 
771 aa  888    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348288  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4965  putative transcription accessory protein  53.12 
 
 
796 aa  827    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1706  RNA-binding S1 domain-containing protein  63.7 
 
 
803 aa  898    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.96157 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  60.99 
 
 
767 aa  862    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4629  hypothetical protein  56.77 
 
 
784 aa  855    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  61.61 
 
 
773 aa  926    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0260  RNA-binding S1 domain-containing protein  63.47 
 
 
774 aa  928    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217676 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2122  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.59 
 
 
849 aa  670    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00161735  normal  0.0955174 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0686  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.94 
 
 
768 aa  805    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.194488  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1329  transcription accessory protein, TEX  65.1 
 
 
774 aa  942    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.279069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2891  hypothetical protein  61.92 
 
 
789 aa  881    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2746  hypothetical protein  61.64 
 
 
789 aa  881    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5945  hypothetical protein  65.4 
 
 
779 aa  947    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  64.3 
 
 
772 aa  933    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0127  hypothetical protein  46.21 
 
 
840 aa  636    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.294313  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  65.67 
 
 
772 aa  1025    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0100  RNA binding S1:resolvase, RNase H-like fold  65.03 
 
 
777 aa  943    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3634  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.55 
 
 
787 aa  885    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.557462  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1339  RNA binding S1  65 
 
 
802 aa  952    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1945  hypothetical protein  100 
 
 
800 aa  1597    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10863  normal  0.999924 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2339  transcription accessory protein, TEX  64.97 
 
 
821 aa  937    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1303  RNA binding S1  57.93 
 
 
765 aa  885    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.493241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  63.47 
 
 
774 aa  925    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0774  RNA binding protein  58.33 
 
 
773 aa  810    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394483  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  50 
 
 
759 aa  639    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5099  RNA binding S1  65.1 
 
 
774 aa  934    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1466  RNA-binding S1 domain-containing protein  60.16 
 
 
769 aa  829    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  50.26 
 
 
757 aa  666    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000267713  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4202  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.8 
 
 
787 aa  874    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0326222  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3604  protein yhgF  61 
 
 
773 aa  890    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3444  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.62 
 
 
787 aa  786    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.249053 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1585  RNA binding S1  73.37 
 
 
790 aa  1128    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2248  transcription accessory protein, TEX  64.49 
 
 
775 aa  932    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.673592  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0217  RNA binding S1  62.99 
 
 
864 aa  862    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.200236 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2212  putative tex protein  65.1 
 
 
774 aa  942    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3277  RNA binding S1  61.04 
 
 
799 aa  875    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2174  putative tex protein  65.1 
 
 
774 aa  942    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2483  RNA binding S1  57.6 
 
 
807 aa  825    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  61.7 
 
 
772 aa  900    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0259  RNA binding S1  60.43 
 
 
782 aa  915    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2537  RNA binding S1  57.85 
 
 
803 aa  868    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1609  S1 RNA-binding domain-containing protein  64.54 
 
 
781 aa  968    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217486  normal  0.534196 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0243  RNA binding S1  55.68 
 
 
799 aa  850    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2189  RNA binding S1  61.04 
 
 
798 aa  882    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2655  RNA binding S1  61.29 
 
 
804 aa  879    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.047572  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1037  RNA binding S1  62.65 
 
 
778 aa  918    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255171  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4627  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.66 
 
 
777 aa  868    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  63.8 
 
 
787 aa  970    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0703  RNA binding S1  55.63 
 
 
814 aa  802    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.509283  normal  0.104907 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6281  RNA binding S1  64.84 
 
 
815 aa  932    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.319798  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3402  RNA binding S1  57.86 
 
 
777 aa  816    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.702418  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4226  RNA binding S1  56.65 
 
 
775 aa  894    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0317  RNA binding S1  61.55 
 
 
772 aa  863    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499934  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2166  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.87 
 
 
780 aa  834    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.897398  normal  0.40683 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  60.66 
 
 
766 aa  878    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3982  hypothetical protein  58.08 
 
 
791 aa  870    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  58.15 
 
 
767 aa  867    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3809  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.36 
 
 
779 aa  859    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3885  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.93 
 
 
779 aa  851    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0137  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.8 
 
 
787 aa  873    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.233986  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1472  RNA-binding S1 domain-containing protein  60.64 
 
 
782 aa  905    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.528687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0235  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.18 
 
 
790 aa  867    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1091  putative tex protein  65.1 
 
 
774 aa  942    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1736  RNA-binding S1 domain-containing protein  65.23 
 
 
774 aa  935    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.605663  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68710  hypothetical protein  63.39 
 
 
779 aa  944    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329631  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3804  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.7 
 
 
813 aa  860    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2430  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.33 
 
 
773 aa  808    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.388315  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3413  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.86 
 
 
777 aa  816    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.268774 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3820  RNA-binding S1 domain-containing protein  59.31 
 
 
776 aa  869    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0405  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.53 
 
 
772 aa  791    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0895  RNA-binding S1 domain-containing protein  54.7 
 
 
861 aa  782    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1798  RNA-binding S1 domain-containing protein  64.84 
 
 
774 aa  933    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0767  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.92 
 
 
720 aa  639    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1460  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.39 
 
 
773 aa  849    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0675238  normal  0.590936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4013  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.36 
 
 
779 aa  859    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3881  protein yhgF  61 
 
 
773 aa  890    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4458  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.23 
 
 
770 aa  774    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.135865  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3508  hypothetical protein  57.09 
 
 
778 aa  856    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631069  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3465  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.86 
 
 
777 aa  816    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0520742 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1810  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.02 
 
 
728 aa  721    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.547595  normal  0.164556 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3200  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.93 
 
 
785 aa  798    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0648133  normal  0.853857 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.77 
 
 
774 aa  894    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0173  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.02 
 
 
804 aa  878    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3421  RNA-binding S1 domain-containing protein  58.81 
 
 
788 aa  867    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.507063  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1942  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.12 
 
 
778 aa  850    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0410513  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1707  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.13 
 
 
798 aa  843    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.700604 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1819  putative tex protein  65.1 
 
 
774 aa  942    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1042  RNA-binding S1 domain-containing protein  57.44 
 
 
794 aa  832    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.889463  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2245  RNA-binding S1 domain-containing protein  60.85 
 
 
798 aa  875    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.659597  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1792  putative transcription accessory protein  59.46 
 
 
793 aa  864    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.781108  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0077  putative tex protein  65.1 
 
 
774 aa  942    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>