More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2338 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3982  hypothetical protein  47.94 
 
 		 791 aa  670    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03259  predicted transcriptional accessory protein  49.32 
 
 		 772 aa  665    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0306  RNA binding S1 domain protein  49.65 
 
 		 773 aa  662    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0235  S1 RNA-binding domain-containing protein  53.84 
 
 		 761 aa  728    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.707301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0245  S1 RNA-binding domain-containing protein  50.91 
 
 		 861 aa  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409954  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2212  putative tex protein  48.94 
 
 		 774 aa  690    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3820  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.86 
 
 		 776 aa  676    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.39 
 
 		 757 aa  722    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000694259  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1032  S1 RNA-binding domain-containing protein  50.43 
 
 		 735 aa  669    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.013008  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  48.93 
 
 		 779 aa  688    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0163  RNA-binding S1 domain-containing protein  62.27 
 
 		 759 aa  904    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0161736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4965  putative transcription accessory protein  46.39 
 
 		 796 aa  639    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1222  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.24 
 
 		 784 aa  664    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.923017  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  49.37 
 
 		 767 aa  658    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4629  hypothetical protein  49.72 
 
 		 784 aa  675    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  51.92 
 
 		 773 aa  729    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2166  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.86 
 
 		 780 aa  649    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.897398  normal  0.40683 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4334  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.61 
 
 		 787 aa  673    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.515985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1466  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.96 
 
 		 769 aa  643    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1329  transcription accessory protein, TEX  48.94 
 
 		 774 aa  690    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.279069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2891  hypothetical protein  49.03 
 
 		 789 aa  666    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2746  hypothetical protein  49.03 
 
 		 789 aa  667    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0173  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.82 
 
 		 804 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  51.52 
 
 		 772 aa  720    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1706  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.19 
 
 		 803 aa  649    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.96157 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  49.93 
 
 		 772 aa  689    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0100  RNA binding S1:resolvase, RNase H-like fold  48.03 
 
 		 777 aa  680    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2174  putative tex protein  48.94 
 
 		 774 aa  690    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1339  RNA binding S1  49.73 
 
 		 802 aa  702    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0260  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.91 
 
 		 774 aa  709    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1534  RNA binding S1  53.43 
 
 		 719 aa  706    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.264491  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2339  transcription accessory protein, TEX  49 
 
 		 821 aa  689    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1303  RNA binding S1  48.74 
 
 		 765 aa  680    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.493241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  50.67 
 
 		 774 aa  713    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0774  RNA binding protein  48.96 
 
 		 773 aa  655    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.394483  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  53.48 
 
 		 759 aa  729    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5099  RNA binding S1  48.54 
 
 		 774 aa  669    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  52.8 
 
 		 757 aa  719    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000267713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2316  RNA-binding domain-containing protein  57.98 
 
 		 740 aa  818    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5945  hypothetical protein  50.47 
 
 		 779 aa  711    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4202  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.75 
 
 		 787 aa  675    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0326222  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1585  RNA binding S1  47.78 
 
 		 790 aa  640    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2248  transcription accessory protein, TEX  48.94 
 
 		 775 aa  675    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.673592  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3881  protein yhgF  49.79 
 
 		 773 aa  667    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3277  RNA binding S1  48.54 
 
 		 799 aa  677    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2288  hypothetical protein  52.73 
 
 		 773 aa  727    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  50.28 
 
 		 772 aa  691    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0259  RNA binding S1  49.51 
 
 		 782 aa  691    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2537  RNA binding S1  44.15 
 
 		 803 aa  637    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1609  S1 RNA-binding domain-containing protein  49.66 
 
 		 781 aa  702    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217486  normal  0.534196 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0243  RNA binding S1  48.68 
 
 		 799 aa  663    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2189  RNA binding S1  47.97 
 
 		 798 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2655  RNA binding S1  50.34 
 
 		 804 aa  678    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.047572  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1037  RNA binding S1  49.51 
 
 		 778 aa  681    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255171  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0405  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.34 
 
 		 772 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  49.14 
 
 		 787 aa  702    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0703  RNA binding S1  47.96 
 
 		 814 aa  655    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.509283  normal  0.104907 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6281  RNA binding S1  48.81 
 
 		 815 aa  668    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.319798  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3634  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.99 
 
 		 787 aa  685    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.557462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6672  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.61 
 
 		 901 aa  668    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4226  RNA binding S1  47.81 
 
 		 775 aa  666    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0317  RNA binding S1  49.16 
 
 		 772 aa  663    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499934  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1091  putative tex protein  48.94 
 
 		 774 aa  690    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 754 aa  1534    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2426  RNA-binding protein  48.25 
 
 		 720 aa  672    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2136  transcription accessory protein  48.25 
 
 		 720 aa  672    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  49.86 
 
 		 767 aa  673    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3809  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.72 
 
 		 779 aa  680    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3885  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.46 
 
 		 779 aa  678    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0137  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.75 
 
 		 787 aa  674    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.233986  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1472  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.61 
 
 		 782 aa  673    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0235  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.21 
 
 		 790 aa  652    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1736  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.07 
 
 		 774 aa  667    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.605663  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68710  hypothetical protein  50 
 
 		 779 aa  706    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3804  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.48 
 
 		 813 aa  661    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1021  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.19 
 
 		 707 aa  757    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.974178  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.6 
 
 		 774 aa  712    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1875  Tex-like protein protein-like protein  51.62 
 
 		 719 aa  689    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4627  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.7 
 
 		 777 aa  659    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1798  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.81 
 
 		 774 aa  668    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1838  RNA-binding S1 domain-containing protein  64.11 
 
 		 788 aa  915    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.225923  normal  0.149327 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1460  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.85 
 
 		 773 aa  661    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0675238  normal  0.590936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4013  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.46 
 
 		 779 aa  676    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1685  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.87 
 
 		 723 aa  721    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4458  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.7 
 
 		 770 aa  654    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.135865  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3508  hypothetical protein  49.44 
 
 		 778 aa  673    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1955  RNA binding S1  47.55 
 
 		 718 aa  655    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3604  protein yhgF  49.65 
 
 		 773 aa  665    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1810  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.91 
 
 		 728 aa  649    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.547595  normal  0.164556 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  50.77 
 
 		 766 aa  706    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.67 
 
 		 774 aa  701    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0995  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.3 
 
 		 723 aa  823    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3374  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.34 
 
 		 786 aa  644    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1942  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.9 
 
 		 778 aa  637    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0410513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1703  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.89 
 
 		 797 aa  646    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.247477  hitchhiker  0.00353536 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1819  putative tex protein  48.94 
 
 		 774 aa  690    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7512  transcriptional accessory protein  49.09 
 
 		 771 aa  666    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2430  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.75 
 
 		 773 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.388315  normal  0.0422366 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2245  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.93 
 
 		 798 aa  644    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.659597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4015  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.68 
 
 		 803 aa  653    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>