135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3487 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3487  hypothetical protein  100 
 
 		 332 aa  687    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3488  hypothetical protein  40.89 
 
 		 447 aa  273  3e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5085  polyhydroxybutyrate depolymerase  30.43 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474117  normal  0.355318 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2408  carbohydrate esterase family 1 protein  25.55 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.211104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1493  phospholipase/Carboxylesterase  27.43 
 
 		 317 aa  105  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.030471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1590  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  28.48 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255211  normal  0.12664 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3966  phospholipase/carboxylesterase  27.46 
 
 		 795 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1400  phospholipase/Carboxylesterase  24.78 
 
 		 325 aa  97.4  3e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4460  polyhydroxybutyrate depolymerase  28.1 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.403398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2261  putative esterase/lipase/thioesterase  25.9 
 
 		 361 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.556081  normal  0.0820217 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1385  putative Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  24.64 
 
 		 464 aa  90.9  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.516849  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10685  lipoprotein lpqP  27.98 
 
 		 280 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.132448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1167  hypothetical protein  27.42 
 
 		 471 aa  90.5  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.428408  normal  0.287821 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  25.07 
 
 		 334 aa  88.2  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1240  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  25.91 
 
 		 370 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.194401 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3576  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  26.76 
 
 		 451 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.875939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3106  putative lipoprotein  27.73 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0967  putative esterase  29.44 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0726  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  27.61 
 
 		 462 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.401494  normal  0.100919 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1204  phospholipase/carboxylesterase  24.68 
 
 		 335 aa  81.6  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.299935  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07050  hypothetical protein  25.33 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1573  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  27.83 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  26.17 
 
 		 372 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3854  putative lipoprotein  26.59 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.496382  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13327  esterase lipoprotein lpqC  24.38 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000167103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1651  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  27.3 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0627752  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  26.17 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0646  hypothetical protein  25.41 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.399454  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  27.02 
 
 		 406 aa  72  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0080  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  26.21 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00180  conserved hypothetical protein  25.42 
 
 		 340 aa  69.7  0.00000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  25.09 
 
 		 429 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1969  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  24.04 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0935555 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1953  putative hydrolase  24.31 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0001445  hitchhiker  0.00199711 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2040  esterase-like protein  24.48 
 
 		 1002 aa  66.2  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.400928  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0242  cellulose-binding family II  23.83 
 
 		 447 aa  65.9  0.0000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2301  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like  28.5 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0579  esterase, putative  23.89 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3303  glycoside hydrolase family 62  25.77 
 
 		 436 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000382833  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3949  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  25.6 
 
 		 357 aa  63.5  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.994388 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  30 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  28.4 
 
 		 392 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  29.01 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2752  phospholipase/carboxylesterase  23.05 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  27.05 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3566  phospholipase/carboxylesterase  24.22 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  24.16 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  25.55 
 
 		 414 aa  60.1  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  28.38 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1984  esterase, PHB depolymerase family  24.08 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000502853  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3217  hypothetical protein  23.73 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  22.15 
 
 		 544 aa  58.5  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  24.5 
 
 		 378 aa  58.5  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  29.5 
 
 		 392 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  25.33 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  28.91 
 
 		 417 aa  57  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  23.23 
 
 		 429 aa  57  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  24.08 
 
 		 369 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4301  PHB depolymerase family esterase  28.86 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  25.81 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  24.42 
 
 		 396 aa  56.2  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3660  PHB depolymerase family esterase  28.57 
 
 		 381 aa  56.2  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.741995  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  22.65 
 
 		 398 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1536  putative polyhydroxybutyrate depolymerase  24.4 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.26582  normal  0.221996 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  25.83 
 
 		 414 aa  55.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0373  polyhydroxybutyrate depolymerase  24.47 
 
 		 357 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0880654  hitchhiker  0.00622899 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  23.79 
 
 		 365 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  23.79 
 
 		 365 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 382 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 382 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  24.32 
 
 		 382 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  24.32 
 
 		 382 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  23.79 
 
 		 365 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 367 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 367 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4905  Ricin B lectin  22.93 
 
 		 461 aa  54.3  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.151016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  24.41 
 
 		 433 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  24.32 
 
 		 364 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  25.81 
 
 		 385 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  23.76 
 
 		 410 aa  54.3  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  25 
 
 		 416 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  22.18 
 
 		 364 aa  53.9  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  28.81 
 
 		 450 aa  53.9  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3127  phospholipase/Carboxylesterase  22.19 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  26.16 
 
 		 438 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3626  esterase, PHB depolymerase  24.74 
 
 		 362 aa  53.1  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.155827  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  23.93 
 
 		 419 aa  53.1  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4839  phospholipase/Carboxylesterase  28.83 
 
 		 232 aa  52  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5584  phospholipase/carboxylesterase  28.83 
 
 		 231 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  24.47 
 
 		 466 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  25.41 
 
 		 529 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1290  hypothetical protein  29.01 
 
 		 305 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3891  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  26.32 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.947481  normal  0.780646 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34810  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  30.25 
 
 		 501 aa  50.8  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05267  feruloyl esterase (Eurofung)  24.32 
 
 		 270 aa  50.4  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4362  PHB depolymerase family esterase  25.47 
 
 		 576 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0713  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  25.58 
 
 		 287 aa  50.4  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3730  hypothetical protein  28.05 
 
 		 494 aa  50.1  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.942743 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  25.35 
 
 		 403 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  22.96 
 
 		 343 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>