149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4362 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4362  PHB depolymerase family esterase  100 
 
 		 576 aa  1192    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34810  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  53.35 
 
 		 501 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0371  esterase, PHB depolymerase  38.32 
 
 		 394 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3857  PHB depolymerase family esterase  27.61 
 
 		 414 aa  94  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2820  esterase, PHB depolymerase family  27.48 
 
 		 352 aa  93.2  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000611867  hitchhiker  0.00921779 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1990  esterase, PHB depolymerase family  28 
 
 		 406 aa  92.8  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000642829  normal  0.085302 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2770  PHB depolymerase family esterase  31.4 
 
 		 544 aa  91.3  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4602  esterase, PHB depolymerase  34.76 
 
 		 317 aa  89  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.462256  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2576  esterase, PHB depolymerase  31.94 
 
 		 396 aa  88.2  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.225739  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0493  esterase, PHB depolymerase family  27.55 
 
 		 378 aa  88.2  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33500  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  24.79 
 
 		 429 aa  87.4  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1940  PHB depolymerase family esterase  27.08 
 
 		 433 aa  87  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3990  Poly (3-hydroxybutyrate ) depolymerase  37.16 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2179  esterase, PHB depolymerase family  31.84 
 
 		 419 aa  85.9  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3290  esterase, PHB depolymerase family  30.85 
 
 		 450 aa  84.7  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0711  esterase, PHB depolymerase  36.84 
 
 		 392 aa  84.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.612274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2204  esterase, PHB depolymerase  36.23 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0137  esterase, PHB depolymerase  36.64 
 
 		 392 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2650  hypothetical protein  27.68 
 
 		 355 aa  83.2  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.376354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4027  PHB depolymerase family esterase  32.92 
 
 		 387 aa  82.4  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391886 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4301  PHB depolymerase family esterase  37.57 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2065  esterase, PHB depolymerase  35.04 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0523522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2846  esterase, PHB depolymerase  24.35 
 
 		 398 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4407  PHB depolymerase family esterase  25.57 
 
 		 398 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.32684  normal  0.707171 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2056  esterase, PHB depolymerase family  27.73 
 
 		 334 aa  79.7  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3270  esterase, PHB depolymerase  33.58 
 
 		 372 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1285  esterase, PHB depolymerase family  33.58 
 
 		 367 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.29485  normal  0.060549 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4883  PHB depolymerase family esterase  25.16 
 
 		 369 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103512  hitchhiker  0.0011428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1211  esterase, PHB depolymerase family  33.74 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0349548 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0568  esterase, PHB depolymerase family  31.4 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2991  PHB depolymerase family esterase  33.09 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0595  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  23.78 
 
 		 364 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4502  esterase, PHB depolymerase  25.16 
 
 		 365 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42248  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3862  PHB depolymerase family esterase  25.16 
 
 		 365 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0810078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4102  hypothetical protein  30.85 
 
 		 385 aa  76.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.943667 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7674  putative polyhydroxy-alkanoate/butyrate(PHA/PHB) depolymerase  34.62 
 
 		 529 aa  75.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3665  PHB depolymerase family esterase  25.16 
 
 		 365 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.131134  normal  0.75521 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0301  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  23.38 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0865  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  23.38 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.208532  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0332  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  23.38 
 
 		 364 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2234  esterase, PHB depolymerase  25.97 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.111052  normal  0.321017 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1480  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  23.38 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1676  polyhydroxybutyrate depolymerase domain-containing protein  23.38 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.254076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2562  depolymerase  23.38 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2425  PHB depolymerase family esterase  23.38 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31730  esterase, PHB depolymerase family  35.97 
 
 		 331 aa  74.3  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1463  esterase, PHB depolymerase family  29.41 
 
 		 363 aa  73.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0308241  normal  0.241375 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3344  PHB depolymerase family esterase  31.11 
 
 		 429 aa  72.4  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335799  normal  0.68562 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6802  esterase, PHB depolymerase family  26.9 
 
 		 398 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419644  decreased coverage  0.000000125026 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1945  esterase, PHB depolymerase family  27.38 
 
 		 344 aa  70.1  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198099  normal  0.0353299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4281  PHB depolymerase family esterase  27.3 
 
 		 403 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2268  esterase, PHB depolymerase family  27.38 
 
 		 344 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.493113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4958  esterase, PHB depolymerase family  28.89 
 
 		 451 aa  69.3  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.348858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4749  esterase, PHB depolymerase family  30.53 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3660  PHB depolymerase family esterase  32.82 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.741995  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3819  PHB depolymerase family esterase  27.06 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4127  esterase, PHB depolymerase family  27.06 
 
 		 419 aa  67.4  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1984  esterase, PHB depolymerase family  25.23 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000502853  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0179  PHB depolymerase family esterase  28.57 
 
 		 656 aa  67.4  0.0000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.18087  normal  0.428012 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0082  esterase, PHB depolymerase  29.11 
 
 		 414 aa  67  0.0000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2633  PHB depolymerase family esterase  31.82 
 
 		 422 aa  67  0.0000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.655829 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2149  hypothetical protein  29.22 
 
 		 343 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000536767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5085  polyhydroxybutyrate depolymerase  23.4 
 
 		 313 aa  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474117  normal  0.355318 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2245  esterase, PHB depolymerase family  33.08 
 
 		 432 aa  65.1  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.386893 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9052  polyhydroxybutyrate depolymerase  35.25 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0048  esterase, PHB depolymerase family  25.52 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00616843 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3591  esterase, PHB depolymerase family  30.08 
 
 		 518 aa  64.3  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.229813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4615  PHB depolymerase family esterase  35.29 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4018  hypothetical protein  24.83 
 
 		 355 aa  63.5  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0824  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  22.38 
 
 		 492 aa  62  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0168099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1740  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  22.38 
 
 		 492 aa  62  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.548806  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7065  esterase, PHB depolymerase family  25.97 
 
 		 426 aa  62  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.185362  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1342  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  22.38 
 
 		 492 aa  62  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.968046  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0529  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  22.38 
 
 		 492 aa  62  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1570  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  22.38 
 
 		 492 aa  62  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0624  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase precursor  22.38 
 
 		 492 aa  62  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.520528  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6025  PHB depolymerase family esterase  29.3 
 
 		 416 aa  62  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.103792 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0935  putative polyhydroxyalkanoate depolymerase  31.93 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1547  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  22.38 
 
 		 492 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3867  esterase, PHB depolymerase  25.64 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.10201  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1969  esterase, PHB depolymerase  28.8 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127109  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2040  esterase-like protein  28.24 
 
 		 1002 aa  60.5  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.400928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0209  esterase, PHB depolymerase family  28.03 
 
 		 342 aa  59.7  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3759  PHB depolymerase family esterase  24.84 
 
 		 369 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209534 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2713  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  24 
 
 		 492 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.381426  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3823  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  25.55 
 
 		 374 aa  59.7  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3289  PHB depolymerase family esterase  28.5 
 
 		 683 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0658  PHB depolymerase family esterase  28.5 
 
 		 683 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.726264 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3106  putative lipoprotein  31.43 
 
 		 341 aa  59.3  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1969  Poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase-like protein  32.28 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0935555 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24870  predicted xylanase/chitin deacetylase  40 
 
 		 503 aa  59.3  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1173  esterase, PHB depolymerase family  26.64 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3230  PHB depolymerase family esterase  24.51 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.891696  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3360  esterase, PHB depolymerase family  32.64 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.995755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6240  PHB depolymerase family esterase  29.47 
 
 		 466 aa  57.4  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.721378 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2059  phospholipase/carboxylesterase  22.95 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3626  esterase, PHB depolymerase  26.63 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.155827  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5113  esterase, PHB depolymerase  28.06 
 
 		 370 aa  57.4  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5706  PHB depolymerase family esterase  34.33 
 
 		 438 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.137114  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1658  esterase, PHB depolymerase family  29.85 
 
 		 363 aa  56.2  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.044626  normal  0.200304 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>