More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4104 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
242 aa  481  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  59.11 
 
 
250 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  58.47 
 
 
250 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.49 
 
 
257 aa  257  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.88 
 
 
251 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  57.89 
 
 
250 aa  254  7e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.3 
 
 
251 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.15 
 
 
250 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  57.94 
 
 
253 aa  247  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  56.28 
 
 
250 aa  244  6e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  55.65 
 
 
250 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.84 
 
 
251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.54 
 
 
261 aa  241  7.999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.79 
 
 
251 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  53.52 
 
 
265 aa  233  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  55.2 
 
 
267 aa  227  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.72 
 
 
285 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.05 
 
 
248 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.46 
 
 
248 aa  218  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.65 
 
 
245 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.2 
 
 
245 aa  210  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.21 
 
 
247 aa  207  2e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.41 
 
 
257 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 
245 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.85 
 
 
245 aa  202  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.65 
 
 
248 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.64 
 
 
246 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  48.56 
 
 
264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.43 
 
 
249 aa  189  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.52 
 
 
257 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.46 
 
 
239 aa  186  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.69 
 
 
257 aa  181  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.5 
 
 
254 aa  178  5.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.44 
 
 
249 aa  175  6e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.59 
 
 
238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.03 
 
 
245 aa  169  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.53 
 
 
239 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.78 
 
 
241 aa  149  5e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.04 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.98 
 
 
210 aa  146  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.29 
 
 
249 aa  145  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.4 
 
 
228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.19 
 
 
238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.33 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
244 aa  113  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.11 
 
 
244 aa  112  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.11 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  31.02 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.3 
 
 
244 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.43 
 
 
244 aa  109  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  36.17 
 
 
243 aa  108  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 
241 aa  108  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.12 
 
 
239 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  32.9 
 
 
227 aa  106  4e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
239 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  36.55 
 
 
242 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 
241 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
239 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
254 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.17 
 
 
239 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  35.92 
 
 
249 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
240 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.02 
 
 
240 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.5 
 
 
239 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.17 
 
 
255 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.17 
 
 
255 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.75 
 
 
255 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.47 
 
 
251 aa  99  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.75 
 
 
255 aa  98.6  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
244 aa  98.2  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.23 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.89 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.74 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.74 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.74 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  34.03 
 
 
243 aa  97.8  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.74 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.74 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
245 aa  97.1  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
255 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
255 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 
251 aa  97.1  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
255 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.99 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.23 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.87 
 
 
251 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  38.46 
 
 
248 aa  95.5  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  34.69 
 
 
249 aa  95.9  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.96 
 
 
243 aa  95.1  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.02 
 
 
256 aa  94.7  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
247 aa  94.4  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  33.47 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  30.99 
 
 
239 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  32.35 
 
 
245 aa  93.6  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.41 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
244 aa  93.2  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.89 
 
 
242 aa  93.6  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.45 
 
 
240 aa  93.2  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.52 
 
 
242 aa  92.8  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>