More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4553 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4553  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 382 aa  770    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  57.67 
 
 		 315 aa  385  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  57.51 
 
 		 292 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  57.47 
 
 		 286 aa  352  8.999999999999999e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  53.45 
 
 		 295 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  52.56 
 
 		 299 aa  333  4e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  49.01 
 
 		 294 aa  292  6e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  47.67 
 
 		 277 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  43.44 
 
 		 278 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2006  diaminopimelate epimerase  43.7 
 
 		 284 aa  257  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  76.32 
 
 		 292 aa  247  3e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  74.51 
 
 		 291 aa  240  4e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 		 276 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  39.18 
 
 		 293 aa  229  7e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  40.94 
 
 		 275 aa  229  9e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0077  diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 		 276 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0126  diaminopimelate epimerase  39.53 
 
 		 276 aa  225  9e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  38.6 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  39.47 
 
 		 295 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  38.71 
 
 		 274 aa  220  3e-56  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  39.77 
 
 		 275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0040  diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 		 275 aa  212  9e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697529 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1200  diaminopimelate epimerase  40.99 
 
 		 287 aa  212  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0570214  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  38.6 
 
 		 275 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  41.04 
 
 		 308 aa  207  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0445  diaminopimelate epimerase  39.77 
 
 		 275 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  38.71 
 
 		 279 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  35.65 
 
 		 282 aa  192  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  64 
 
 		 296 aa  189  9e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  36.42 
 
 		 279 aa  187  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  34.88 
 
 		 276 aa  186  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  35.24 
 
 		 281 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  39.83 
 
 		 276 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  32.85 
 
 		 278 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  32.75 
 
 		 278 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  66.17 
 
 		 387 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  32.85 
 
 		 282 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  67.67 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  34.3 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  67.42 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  67.42 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  67.42 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  68.42 
 
 		 288 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  64.93 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  69.77 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  32.56 
 
 		 282 aa  176  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  39.53 
 
 		 276 aa  176  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  65.12 
 
 		 286 aa  175  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2994  diaminopimelate epimerase  65.67 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0384566 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  65.67 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  32.46 
 
 		 278 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  68.22 
 
 		 292 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  33.92 
 
 		 280 aa  173  5e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  64.39 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0129  diaminopimelate epimerase  66.41 
 
 		 297 aa  171  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0648318 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  35.07 
 
 		 280 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  32.49 
 
 		 407 aa  170  4e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  61.87 
 
 		 287 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  64.29 
 
 		 281 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  56.29 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  56.29 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  56.29 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  56.29 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  56.29 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  56.29 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  65.32 
 
 		 290 aa  166  8e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2345  diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 		 279 aa  166  9e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  65.12 
 
 		 276 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1107  diaminopimelate epimerase  34.1 
 
 		 355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134817  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  62.69 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  54.74 
 
 		 276 aa  164  3e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  54.74 
 
 		 276 aa  164  3e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  59.09 
 
 		 276 aa  162  7e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  32.28 
 
 		 277 aa  162  7e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  31.2 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2526  diaminopimelate epimerase  52.83 
 
 		 288 aa  161  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4129  diaminopimelate epimerase  55.15 
 
 		 280 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.583012 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3476  diaminopimelate epimerase  36.28 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631348 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1723  Diaminopimelate epimerase  58.39 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.714915  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0137  diaminopimelate epimerase  53.15 
 
 		 292 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  56.39 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  56.39 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  54.96 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  56.39 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  56.39 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3249  diaminopimelate epimerase  55.15 
 
 		 275 aa  155  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0487  diaminopimelate epimerase  54.89 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.111776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  51.8 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  58.22 
 
 		 277 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  55.64 
 
 		 275 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  55.64 
 
 		 275 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_002936  DET0740  diaminopimelate epimerase  31.67 
 
 		 284 aa  153  4e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00112553  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0391  diaminopimelate epimerase  55.15 
 
 		 275 aa  152  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6021  diaminopimelate epimerase  53.33 
 
 		 276 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  53.33 
 
 		 276 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  54.41 
 
 		 278 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0859  diaminopimelate epimerase  54.89 
 
 		 275 aa  150  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5228  diaminopimelate epimerase  52.45 
 
 		 287 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  56.69 
 
 		 276 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5289  diaminopimelate epimerase  53.24 
 
 		 276 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>