More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2909 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 320 aa  642    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  69.93 
 
 		 312 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  60.26 
 
 		 305 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 303 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  60.61 
 
 		 300 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  59.6 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  57.1 
 
 		 303 aa  346  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  59.32 
 
 		 305 aa  345  7e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 319 aa  325  7e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5950  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 321 aa  322  6e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  53.92 
 
 		 349 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 349 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 320 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 320 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 320 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  55.41 
 
 		 317 aa  305  5.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  55.41 
 
 		 317 aa  305  6e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 317 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 310 aa  295  5e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 312 aa  295  8e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  51.13 
 
 		 320 aa  293  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 301 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 301 aa  285  9e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  52.2 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 299 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 299 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 296 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 301 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 311 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  269  5.9999999999999995e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  51.03 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0546  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.921789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5139  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.528058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 313 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 298 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  41.84 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 298 aa  203  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 293 aa  202  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.07 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 303 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3430  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 330 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 362 aa  195  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 319 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.64 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1696  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 327 aa  193  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  39.93 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.96 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 298 aa  189  8e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  38.36 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  39.04 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  38.36 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  38.7 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>