More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0137 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0137  histidine kinase  100 
 
 
391 aa  804    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00141334  normal  0.983928 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3954  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.72 
 
 
792 aa  166  5.9999999999999996e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  34.4 
 
 
776 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1028  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  36.14 
 
 
1248 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.507304 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.97 
 
 
409 aa  166  5.9999999999999996e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 
817 aa  162  7e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1007  sensory box histidine kinase  36.25 
 
 
812 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572876  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 
960 aa  161  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0908  sensory box histidine kinase  35.8 
 
 
723 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0382  sensory box histidine kinase  35.8 
 
 
723 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1934  two-component sensor kinase protein  35.8 
 
 
723 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0830  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.71 
 
 
394 aa  160  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00410023  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1434  sensory box histidine kinase  35.8 
 
 
821 aa  160  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0474  sensory box histidine kinase  35.8 
 
 
821 aa  160  5e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0174  sensory box histidine kinase  35.8 
 
 
821 aa  160  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1844  sensory box histidine kinase  35.8 
 
 
723 aa  160  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
502 aa  160  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4329  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 
683 aa  159  1e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.213628  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1725  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 
407 aa  158  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2606  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
664 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383776  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
789 aa  157  4e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 
821 aa  156  6e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
793 aa  155  8e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
775 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
779 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
642 aa  154  2e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3297  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 
838 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
775 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 
681 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 
628 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.117845  decreased coverage  0.00612296 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 
626 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3150  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 
758 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 
786 aa  152  8e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1178  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 
1172 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
361 aa  151  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1663  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  34.55 
 
 
1093 aa  151  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.749752  normal  0.503363 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 
758 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2827  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
1064 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
575 aa  150  5e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4114  histidine kinase  35.27 
 
 
268 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0596823  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4119  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
380 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3133  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
543 aa  149  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.863254  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2774  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
535 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
767 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2684  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 
506 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.546822  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1875  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
501 aa  147  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0991  histidine kinase  33.47 
 
 
462 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  35.25 
 
 
515 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
828 aa  146  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.725659  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  33.33 
 
 
762 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1355  two component sensor histidine kinase  36.36 
 
 
391 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.649509  normal  0.244031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 
828 aa  145  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.419482 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
769 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2998  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
391 aa  145  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0970  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.55 
 
 
729 aa  145  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0331  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
929 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.590564 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 
515 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183815  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2907  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
520 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 
1195 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
698 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
551 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
368 aa  144  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2179  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
710 aa  144  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.312055 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
639 aa  144  4e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 
1807 aa  144  4e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 
883 aa  144  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0255  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.59 
 
 
525 aa  143  5e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1083  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
973 aa  143  7e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
1359 aa  142  9e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
1532 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
1140 aa  142  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
677 aa  142  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3546  sensor protein (histidine protein kinase), acting on arcA  33.6 
 
 
586 aa  142  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00933538  normal  0.0548176 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1748  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 
550 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2049  histidine kinase  31.56 
 
 
494 aa  142  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
799 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
643 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
1118 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 
1144 aa  140  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3188  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
810 aa  140  4.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
765 aa  140  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34 
 
 
532 aa  140  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.030472 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0994  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 
640 aa  139  7e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.620121  normal  0.0418978 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 
769 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1371  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
516 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.768214  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2062  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
951 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.275424  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 
760 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 
760 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1125  histidine kinase  32.38 
 
 
564 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2154  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 
572 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.32555 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5112  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 
1252 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.758591 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0908  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
1267 aa  137  4e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.142245  normal  0.539943 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2176  histidine kinase  31.4 
 
 
520 aa  136  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.955283 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 
566 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 
380 aa  136  7.000000000000001e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2254  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 
829 aa  136  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.254263  normal  0.520462 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1296  histidine kinase  33.47 
 
 
378 aa  135  9.999999999999999e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.572141  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3356  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  normal  0.288098 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>