More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3410 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3410  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 		 357 aa  730    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0474443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  34.19 
 
 		 355 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1542  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.36 
 
 		 366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0106115  decreased coverage  0.000412121 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  33.52 
 
 		 357 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  35.67 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.36 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  33.24 
 
 		 370 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  32.29 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26080  vanillate demethylase subunit A  32.39 
 
 		 377 aa  166  8e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.819244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  34.07 
 
 		 359 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  32.26 
 
 		 363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  32.75 
 
 		 370 aa  162  8.000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.9 
 
 		 357 aa  162  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  32.65 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  35.82 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  31.44 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  31.65 
 
 		 356 aa  153  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.47 
 
 		 350 aa  151  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  32.67 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5124  vanillate monooxygenase  31.53 
 
 		 359 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  31.9 
 
 		 355 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  29.75 
 
 		 347 aa  149  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1137  vanillate monooxygenase  31.36 
 
 		 350 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684708  hitchhiker  0.000140047 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3413  vanillate monooxygenase  32.95 
 
 		 345 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  31.41 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6483  Rieske (2Fe-2S) region  29.95 
 
 		 358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  31.15 
 
 		 350 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.93 
 
 		 365 aa  146  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.91 
 
 		 359 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2826  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.4 
 
 		 424 aa  146  6e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0328786  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  30.68 
 
 		 373 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.27 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.86 
 
 		 358 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  32.08 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0420  Rieske (2Fe-2S) protein  31.14 
 
 		 373 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4273  vanillate monooxygenase  34 
 
 		 350 aa  143  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.35045 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  41.09 
 
 		 351 aa  142  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  31.36 
 
 		 353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1543  vanillate monooxygenase  31.48 
 
 		 366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111008  hitchhiker  0.00152746 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  31.34 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.34 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  30.95 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.55 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.41 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  31.96 
 
 		 359 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  29.1 
 
 		 358 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  31.16 
 
 		 353 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  31.09 
 
 		 362 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2184  vanillate O-demethylase oxygenase, iron-sulfur subunit  31.49 
 
 		 347 aa  139  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  31.05 
 
 		 352 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1487  Rieske (2Fe-2S) protein  29.97 
 
 		 356 aa  137  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.76 
 
 		 353 aa  136  7.000000000000001e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6309  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.5 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241664  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  29.43 
 
 		 351 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1485  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.83 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.31 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  29.46 
 
 		 349 aa  133  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  32.86 
 
 		 347 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1368  vanillate monooxygenase  30.88 
 
 		 352 aa  132  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1335  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.56 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.819447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5628  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.11 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.834519  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  30.75 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1908  Rieske (2Fe-2S) protein  32.16 
 
 		 347 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.127579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.97 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  28.49 
 
 		 366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  30.08 
 
 		 369 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2708  Rieske [2Fe-2S] region  28.53 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104354  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3264  vanillate monooxygenase  32.88 
 
 		 350 aa  126  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112363 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.11 
 
 		 355 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64800  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.06 
 
 		 351 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0565633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  37.76 
 
 		 348 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  30.6 
 
 		 423 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  27.53 
 
 		 353 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3024  vanillate monooxygenase  27.78 
 
 		 361 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2904  vanillate O-demethylase, oxygenase subunit  28.16 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  38.51 
 
 		 349 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  30.51 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1352  vanillate monooxygenase  32.26 
 
 		 363 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.94 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2027  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.69 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  27.68 
 
 		 350 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3736  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.1 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.554225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.32 
 
 		 353 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  36.36 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.64 
 
 		 354 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  30.85 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2170  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.69 
 
 		 355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.461217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0707  Rieske (2Fe-2S) protein  36.97 
 
 		 341 aa  115  8.999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537419  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.78 
 
 		 367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  42.51 
 
 		 367 aa  113  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  38.69 
 
 		 407 aa  112  9e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.76 
 
 		 364 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4269  vanillate monooxygenase  29.37 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.846398 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.53 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  35.33 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  34.05 
 
 		 380 aa  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7085  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.04 
 
 		 406 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5685  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.56 
 
 		 353 aa  95.5  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0319041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0203  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.19 
 
 		 406 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>