More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1067 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 320 aa  621  1e-177  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  89.06 
 
 		 320 aa  539  9.999999999999999e-153  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  86.56 
 
 		 324 aa  471  1e-132  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  55.27 
 
 		 318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  53.53 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.68 
 
 		 313 aa  268  1e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  52.81 
 
 		 320 aa  267  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 333 aa  265  5.999999999999999e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.47 
 
 		 327 aa  263  4e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  52.09 
 
 		 317 aa  263  4e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  50.79 
 
 		 324 aa  259  3e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 319 aa  256  3e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  49.37 
 
 		 322 aa  256  5e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  51.1 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.16 
 
 		 318 aa  252  5.000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.77 
 
 		 324 aa  243  3e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 318 aa  241  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.19 
 
 		 317 aa  235  8e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.36 
 
 		 325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.14 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.05 
 
 		 332 aa  231  9e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.4 
 
 		 325 aa  229  7e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  45.79 
 
 		 332 aa  226  3e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.53 
 
 		 327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.16 
 
 		 317 aa  223  2e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 337 aa  223  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 360 aa  222  7e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.75 
 
 		 317 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.56 
 
 		 327 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  43.44 
 
 		 317 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.44 
 
 		 317 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.6 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.11 
 
 		 336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.43 
 
 		 314 aa  211  9e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.93 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.09 
 
 		 339 aa  209  4e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.32 
 
 		 329 aa  209  4e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.88 
 
 		 335 aa  204  1e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.8 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.31 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.29 
 
 		 334 aa  202  4e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.54 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.66 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.91 
 
 		 327 aa  192  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.8 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.5 
 
 		 318 aa  188  9e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  40.48 
 
 		 327 aa  182  6e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.81 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.74 
 
 		 322 aa  169  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.54 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.91 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  45.19 
 
 		 238 aa  157  3e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.21 
 
 		 339 aa  152  8.999999999999999e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.78 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  34.91 
 
 		 323 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.71 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  35.09 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  34.39 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  32.82 
 
 		 323 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.44 
 
 		 319 aa  119  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.27 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.16 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  35.81 
 
 		 228 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.16 
 
 		 324 aa  105  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.11 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.53 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.98 
 
 		 339 aa  102  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.4 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.62 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  34.1 
 
 		 230 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.8 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  34.1 
 
 		 230 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  28.29 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.04 
 
 		 228 aa  97.4  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  38.77 
 
 		 244 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.29 
 
 		 317 aa  96.7  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  29.55 
 
 		 333 aa  96.7  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  28.78 
 
 		 317 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  28.29 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  28.29 
 
 		 317 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  28.29 
 
 		 317 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.63 
 
 		 229 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.2 
 
 		 336 aa  95.1  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  27.8 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  27.8 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  27.8 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  27.8 
 
 		 348 aa  94  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  36.14 
 
 		 237 aa  94.4  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.02 
 
 		 242 aa  92.8  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  32.37 
 
 		 313 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.83 
 
 		 232 aa  90.9  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.42 
 
 		 242 aa  90.9  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  35.44 
 
 		 232 aa  90.1  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  31.25 
 
 		 230 aa  90.1  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.13 
 
 		 237 aa  90.1  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.8 
 
 		 232 aa  89.7  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 316 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  33.33 
 
 		 228 aa  88.6  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.8 
 
 		 232 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>