188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3996 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3996  hypothetical protein  100 
 
 		 185 aa  388  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.28 
 
 		 215 aa  54.7  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4896  ATPase-like protein  43.1 
 
 		 957 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0338073  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 207 aa  52.4  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1568  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 		 211 aa  52  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4197  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 248 aa  51.6  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0526  hypothetical protein  46.3 
 
 		 267 aa  51.6  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4329  LuxR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 248 aa  51.6  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4008  LuxR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 248 aa  51.6  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2141  hypothetical protein  46.3 
 
 		 277 aa  50.4  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0962248 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4624  LuxR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 248 aa  50.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.63 
 
 		 218 aa  50.1  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3799  response regulator receiver protein  36.76 
 
 		 248 aa  49.7  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2091  hypothetical protein  41.18 
 
 		 245 aa  49.7  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0353766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0855  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 223 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.082304  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4860  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 		 236 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.142587 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4976  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 218 aa  49.3  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.289575  normal  0.034027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4712  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 		 236 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0851  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 232 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0690  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 252 aa  49.3  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4343  response regulator receiver  36.11 
 
 		 236 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5213  transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 867 aa  48.5  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3578  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  48.5  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.920861  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4205  ATPase-like protein  37.93 
 
 		 963 aa  48.5  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181289  hitchhiker  0.00519851 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1969  hypothetical protein  31.46 
 
 		 233 aa  48.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0357  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  36.36 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1264  two component LuxR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.86401 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2088  LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 77 aa  47  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.33427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1602  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 226 aa  46.6  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3506  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 198 aa  46.6  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3785  ATPase-like protein  37.5 
 
 		 937 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.114558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 220 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2142  hypothetical protein  40.98 
 
 		 253 aa  47  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.532898  normal  0.0656443 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  30.91 
 
 		 254 aa  46.6  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0347  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 222 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 213 aa  45.4  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1985  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 222 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1109  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 218 aa  45.4  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 224 aa  45.4  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0968  transcriptional regulator, LuxR family  38.33 
 
 		 938 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0388  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 916 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0286476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1668  response regulator receiver  34.43 
 
 		 222 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1095  transcriptional regulator, LuxR family  44.23 
 
 		 919 aa  45.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.860504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  32.31 
 
 		 218 aa  45.4  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.51 
 
 		 218 aa  45.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.51 
 
 		 218 aa  45.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2264  LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 91 aa  45.1  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.537119 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 218 aa  45.1  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3621  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 198 aa  45.1  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3818  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 198 aa  45.1  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0347  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 198 aa  45.1  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0345  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 198 aa  45.1  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1981  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 222 aa  45.1  0.0006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0355  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 198 aa  44.7  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.881439  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5676  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 953 aa  44.7  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.228112  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0352  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 198 aa  45.1  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4591  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 198 aa  45.1  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000001788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0351  LuxR family DNA-binding response regulator  36.36 
 
 		 198 aa  44.7  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3533  transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 1064 aa  44.7  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 910 aa  44.7  0.0009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0287  transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 234 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2610  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 144 aa  43.9  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000438854  normal  0.0112001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  36.92 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0322  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 198 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3262  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 222 aa  44.3  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.764026 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2116  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 249 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0394214  normal  0.10898 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0385  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 224 aa  43.5  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1298  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 228 aa  43.5  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.70055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0483  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 87 aa  43.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.299787 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 92 aa  43.1  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2406  LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 92 aa  43.5  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2031  LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 91 aa  43.5  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.263481  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3038  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 950 aa  43.5  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3475  response regulator receiver  34.29 
 
 		 207 aa  43.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0559  transcriptional regulator, LuxR family  30.36 
 
 		 788 aa  43.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2089  transcriptional regulator, LuxR family  43.14 
 
 		 959 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.840433 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35370  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  28.46 
 
 		 881 aa  43.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.705533  normal  0.60935 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0277  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 833 aa  43.5  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 993 aa  43.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 231 aa  43.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17030  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.62 
 
 		 907 aa  43.5  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.758711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2594  transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 920 aa  43.5  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6351  two component LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 244 aa  43.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4531  transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 217 aa  43.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5780  ATPase-like protein  45.83 
 
 		 884 aa  43.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.673084  normal  0.283038 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5224  LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 74 aa  43.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3419  transcriptional regulator, LuxR family  45.1 
 
 		 909 aa  43.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00522021 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1772  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 262 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5531  DNA-binding response regulator  37.7 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 781 aa  42.7  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  40.68 
 
 		 92 aa  42.4  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0925  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 119 aa  42.4  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.592282  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2697  transcriptional regulator, LuxR family  43.1 
 
 		 910 aa  42.7  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.280211 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>