More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4593 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  57.6 
 
 		 626 aa  763    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 633 aa  1294    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  61.04 
 
 		 635 aa  833    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  61.04 
 
 		 635 aa  837    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  47.24 
 
 		 639 aa  580  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  47.55 
 
 		 664 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  47.6 
 
 		 643 aa  557  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  45.72 
 
 		 655 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  34.79 
 
 		 638 aa  330  4e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 664 aa  320  5e-86  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 655 aa  318  2e-85  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 		 655 aa  306  1.0000000000000001e-81  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  33.61 
 
 		 640 aa  301  3e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.94 
 
 		 633 aa  287  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 658 aa  267  4e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 658 aa  266  1e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 		 682 aa  265  2e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 		 657 aa  264  3e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 657 aa  264  3e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 643 aa  264  4e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  29.82 
 
 		 645 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  29.39 
 
 		 645 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.24 
 
 		 638 aa  234  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  31.02 
 
 		 686 aa  229  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30 
 
 		 671 aa  226  1e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  30.03 
 
 		 651 aa  225  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 		 642 aa  213  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 659 aa  210  5e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 727 aa  207  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  27.66 
 
 		 765 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 		 728 aa  201  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  27.13 
 
 		 656 aa  200  7.999999999999999e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  28.28 
 
 		 735 aa  194  6e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 641 aa  191  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 735 aa  191  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 757 aa  188  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  26.31 
 
 		 729 aa  186  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  29.85 
 
 		 645 aa  181  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  26.4 
 
 		 679 aa  173  7.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 693 aa  151  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  24.07 
 
 		 695 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  23.82 
 
 		 695 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  23.21 
 
 		 696 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  25.51 
 
 		 573 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  24.65 
 
 		 578 aa  118  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 594 aa  109  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  26.8 
 
 		 589 aa  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 587 aa  106  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  21.79 
 
 		 584 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  23.18 
 
 		 580 aa  105  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 578 aa  104  6e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 578 aa  100  6e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 597 aa  100  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  25.66 
 
 		 589 aa  99.8  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  26.94 
 
 		 587 aa  99  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 		 579 aa  93.6  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0570  extracellular solute-binding protein  21.17 
 
 		 591 aa  91.3  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 579 aa  90.9  7e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0567  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.65 
 
 		 592 aa  90.9  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  21.81 
 
 		 591 aa  90.5  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  24.53 
 
 		 607 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  22.86 
 
 		 588 aa  89.4  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 595 aa  89.4  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  24.53 
 
 		 607 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  23.62 
 
 		 587 aa  88.6  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 544 aa  88.6  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  24.69 
 
 		 545 aa  87.8  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 593 aa  86.7  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  23.56 
 
 		 577 aa  85.5  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 539 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.49 
 
 		 531 aa  85.5  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  24.57 
 
 		 533 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  24.87 
 
 		 584 aa  85.5  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  22.16 
 
 		 577 aa  85.5  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  23.04 
 
 		 575 aa  85.1  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  22.65 
 
 		 591 aa  84.7  0.000000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 551 aa  84.3  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.04 
 
 		 559 aa  84.3  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.04 
 
 		 555 aa  84.3  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.8 
 
 		 575 aa  84  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.98 
 
 		 540 aa  83.2  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.04 
 
 		 575 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  22.52 
 
 		 627 aa  82.8  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0566  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.56 
 
 		 593 aa  82  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0785  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.5 
 
 		 593 aa  82  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0623  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  21.5 
 
 		 593 aa  81.6  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0656  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  21.5 
 
 		 593 aa  81.6  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0713  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.5 
 
 		 593 aa  81.6  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00303874 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  24.35 
 
 		 546 aa  81.3  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  21.13 
 
 		 593 aa  81.3  0.00000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0724  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.36 
 
 		 593 aa  80.9  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.14 
 
 		 534 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 638 aa  77.8  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1182  extracellular solute-binding protein family 5  22.09 
 
 		 581 aa  77  0.0000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 551 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 596 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.06 
 
 		 585 aa  75.5  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.37 
 
 		 538 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  21.78 
 
 		 535 aa  76.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 534 aa  76.3  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>