More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2744 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3352  glycogen debranching enzyme GlgX  63.24 
 
 		 659 aa  832    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3764  glycogen debranching enzyme GlgX  62.48 
 
 		 649 aa  811    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2744  glycogen debranching enzyme GlgX  100 
 
 		 654 aa  1327    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  63.4 
 
 		 658 aa  833    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.328672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1654  isoamylase  55.69 
 
 		 588 aa  600  1e-170  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0211  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  47.78 
 
 		 1410 aa  570  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1136  glycogen debranching enzyme GlgX  46.1 
 
 		 704 aa  518  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1189  glycogen debranching protein GlgX  42.97 
 
 		 688 aa  513  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.50354  normal  0.29921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2884  glycogen debranching enzyme  45.51 
 
 		 704 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.499516  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1169  glycogen debranching enzyme GlgX  42.22 
 
 		 733 aa  501  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.161033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5289  glycogen debranching enzyme GlgX  42.48 
 
 		 738 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1530  glycogen debranching enzyme GlgX  45.51 
 
 		 704 aa  501  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376415  normal  0.0851861 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5335  glycogen debranching enzyme GlgX  41.84 
 
 		 723 aa  500  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1322  glycogen operon protein GlgX  42.18 
 
 		 738 aa  498  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4425  glycogen debranching enzyme GlgX  46.13 
 
 		 697 aa  495  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6707  glycogen debranching protein GlgX  43.02 
 
 		 706 aa  492  9.999999999999999e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.171756  normal  0.694443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1322  glycogen debranching enzyme GlgX  42.59 
 
 		 733 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.831141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  45.45 
 
 		 745 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1332  glycogen debranching enzyme GlgX  42.59 
 
 		 733 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1358  glycogen debranching enzyme GlgX  42.44 
 
 		 733 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.173381 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2820  glycogen debranching enzyme GlgX  43.97 
 
 		 720 aa  491  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.888887 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3027  glycogen debranching enzyme GlgX  42.59 
 
 		 733 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6824  glycogen debranching enzyme GlgX  45.56 
 
 		 739 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4646  glycogen debranching enzyme  45.02 
 
 		 661 aa  491  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.298898 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4055  glycogen debranching protein GlgX  40.96 
 
 		 717 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1788  glycogen debranching enzyme GlgX  40.81 
 
 		 717 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3130  glycogen operon protein GlgX  41.98 
 
 		 727 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167727  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2997  glycoside hydrolase, family alpha amylase catalytic subunit  42.29 
 
 		 727 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1819  glycogen debranching enzyme GlgX  40.81 
 
 		 717 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11344  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1740  glycogen debranching protein GlgX  42.53 
 
 		 706 aa  488  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  41.62 
 
 		 719 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  41.76 
 
 		 716 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4409  glycogen debranching enzyme GlgX  42.08 
 
 		 695 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.374964 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  40.96 
 
 		 717 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348768 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2757  glycogen debranching enzyme GlgX  41.91 
 
 		 752 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2933  glycogen debranching enzyme GlgX  41.74 
 
 		 752 aa  486  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0906  glycogen debranching enzyme GlgX  43.55 
 
 		 721 aa  486  1e-136  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00297293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1249  glycogen debranching enzyme GlgX  42.97 
 
 		 735 aa  484  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2544  glycogen debranching protein GlgX  41.58 
 
 		 719 aa  482  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1088  glycogen debranching enzyme GlgX  44.04 
 
 		 718 aa  484  1e-135  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.231339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  43.45 
 
 		 757 aa  485  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  43.92 
 
 		 758 aa  484  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1606  glycogen debranching protein GlgX  41.64 
 
 		 729 aa  484  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5488  glycogen debranching enzyme GlgX  44.65 
 
 		 708 aa  482  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168137  decreased coverage  0.0000616357 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3335  glycogen debranching enzyme GlgX  43.27 
 
 		 755 aa  483  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.242143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3752  glycogen debranching enzyme GlgX  42.73 
 
 		 720 aa  484  1e-135  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.742598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2864  putative glycogen operon protein GlgX  45.56 
 
 		 739 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3459  glycogen debranching enzyme GlgX  43.92 
 
 		 758 aa  484  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.0095234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2676  glycogen debranching enzyme GlgX  43.27 
 
 		 691 aa  485  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  42.11 
 
 		 721 aa  485  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2282  glycogen debranching enzyme GlgX  41.68 
 
 		 704 aa  484  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0218366  hitchhiker  0.000957469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24860  glycogen debranching enzyme  42.84 
 
 		 720 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.624836  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  41.55 
 
 		 716 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0543  glycogen debranching enzyme GlgX  44.57 
 
 		 704 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0247855  normal  0.604467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  42.42 
 
 		 755 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0396  glycogen debranching enzyme GlgX  41.28 
 
 		 726 aa  481  1e-134  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.153348  normal  0.926984 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4049  glycogen debranching enzyme GlgX  44.26 
 
 		 766 aa  480  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.928409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2226  glycosidase  45.56 
 
 		 694 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3936  glycogen debranching enzyme GlgX  44.26 
 
 		 766 aa  480  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659462  normal  0.365741 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2254  glycogen debranching protein GlgX  43.08 
 
 		 733 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0902  glycogen debranching enzyme GlgX  45.56 
 
 		 694 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.934485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1692  glycogen debranching enzyme GlgX  43.88 
 
 		 697 aa  481  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2835  glycogen debranching enzyme GlgX  41.62 
 
 		 752 aa  482  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2164  glycogen debranching enzyme GlgX  41.63 
 
 		 708 aa  481  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1514  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  42.27 
 
 		 1464 aa  481  1e-134  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117562  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2265  glycogen debranching enzyme GlgX  41.39 
 
 		 708 aa  482  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202669 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4135  glycogen debranching enzyme  47.3 
 
 		 658 aa  479  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1782  glycogen debranching enzyme GlgX  43.13 
 
 		 688 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5729  glycogen debranching enzyme GlgX  43.71 
 
 		 723 aa  479  1e-134  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0567  glycogen debranching enzyme GlgX  43.3 
 
 		 722 aa  476  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0238  glycogen operon protein GlgX  45.63 
 
 		 754 aa  475  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137822  normal  0.662509 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1891  glycogen debranching enzyme GlgX  44.66 
 
 		 707 aa  477  1e-133  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5495  glycogen debranching enzyme GlgX  42.02 
 
 		 714 aa  478  1e-133  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3839  glycogen debranching enzyme  44.57 
 
 		 657 aa  476  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.90909 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3936  glycogen debranching enzyme  47.13 
 
 		 658 aa  478  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0505  glycogen debranching protein GlgX  41.85 
 
 		 714 aa  478  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299874  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6085  glycogen debranching enzyme GlgX  44.5 
 
 		 705 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0291933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3626  glycogen debranching protein GlgX  42.45 
 
 		 701 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0135941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3213  glycogen debranching protein GlgX  43.08 
 
 		 728 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03371  glycogen debranching enzyme GlgX  42.01 
 
 		 720 aa  476  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13804  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1463  glycogen debranching enzyme GlgX  45.7 
 
 		 708 aa  475  1e-133  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.66197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1333  glycogen debranching protein GlgX  44.18 
 
 		 705 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0242466  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5115  glycogen debranching protein GlgX  42.02 
 
 		 714 aa  478  1e-133  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1103  glycogen debranching enzyme GlgX  43.19 
 
 		 695 aa  478  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.512458 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1112  glycogen debranching enzyme GlgX  42.63 
 
 		 688 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758297  normal  0.439261 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6496  glycogen debranching enzyme GlgX  44.18 
 
 		 705 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0828061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5204  glycogen debranching enzyme GlgX  42.02 
 
 		 714 aa  478  1e-133  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.779499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1495  glycogen operon protein  44.77 
 
 		 750 aa  475  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2267  glycogen debranching enzyme GlgX  44.74 
 
 		 691 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.138313  normal  0.255699 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1958  glycogen debranching enzyme GlgX  41.22 
 
 		 704 aa  472  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.182778  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4230  glycogen debranching protein GlgX  43.12 
 
 		 743 aa  474  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535158  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2449  putative glycosyl hydrolase  42.39 
 
 		 688 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01859  glycogen debranching enzyme GlgX  40.41 
 
 		 710 aa  474  1e-132  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0317  glycogen debranching protein GlgX  43.37 
 
 		 715 aa  473  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1850  glycogen debranching enzyme GlgX  42.4 
 
 		 779 aa  474  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2909  glycogen debranching enzyme GlgX  41.82 
 
 		 751 aa  475  1e-132  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.506693  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2452  glycogen operon protein  44.77 
 
 		 689 aa  475  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1565  glycogen debranching enzyme GlgX  43.88 
 
 		 702 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.122779  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0819  glycogen operon protein GlgX, putative  43.88 
 
 		 702 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0962499  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7031  glycogen debranching protein GlgX  44.16 
 
 		 708 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.261677  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>