More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1887 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2207  alpha amylase catalytic region  56.68 
 
 		 631 aa  768    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.247913  hitchhiker  0.0000287119 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2083  alpha amylase catalytic region  53.88 
 
 		 778 aa  770    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2031  alpha amylase, catalytic region  57.23 
 
 		 641 aa  748    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  54.73 
 
 		 786 aa  762    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 654 aa  1360    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  55.96 
 
 		 665 aa  768    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2211  alpha amylase, catalytic region  56.48 
 
 		 665 aa  780    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  58.73 
 
 		 639 aa  746    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2036  cyclomaltodextrinase  54.34 
 
 		 774 aa  773    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.47115  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2313  alpha amylase, catalytic region  57.36 
 
 		 686 aa  786    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.638219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  51.04 
 
 		 683 aa  644    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  54.48 
 
 		 765 aa  763    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  47.56 
 
 		 644 aa  592  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05090  putative alpha-amylase  42.11 
 
 		 609 aa  518  1.0000000000000001e-145  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1399  alpha amylase, catalytic region  40.19 
 
 		 620 aa  507  9.999999999999999e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0362  alpha amylase catalytic region  43.25 
 
 		 623 aa  503  1e-141  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000617875  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  41.49 
 
 		 619 aa  481  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  38.66 
 
 		 630 aa  442  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  32.73 
 
 		 610 aa  333  6e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  27.09 
 
 		 510 aa  196  9e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  27.92 
 
 		 511 aa  192  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  31.19 
 
 		 1021 aa  156  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  26.47 
 
 		 588 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  26.26 
 
 		 574 aa  144  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  26.3 
 
 		 533 aa  144  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4288  alpha amylase catalytic region  28.8 
 
 		 588 aa  141  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.240212  normal  0.162413 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  26.85 
 
 		 528 aa  140  7e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  29.58 
 
 		 609 aa  140  8.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  28.73 
 
 		 589 aa  138  3.0000000000000003e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  28.64 
 
 		 593 aa  138  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2350  alpha amylase catalytic region  30.11 
 
 		 583 aa  137  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0693  alpha amylase catalytic region  27 
 
 		 589 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.544256  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  26.09 
 
 		 836 aa  136  9.999999999999999e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  26.39 
 
 		 528 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  29.75 
 
 		 620 aa  136  9.999999999999999e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  27.51 
 
 		 599 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2715  alpha amylase catalytic region  27.37 
 
 		 586 aa  134  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.783965  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0347  alpha amylase catalytic region  24.6 
 
 		 522 aa  133  9e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  28.23 
 
 		 838 aa  133  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  29.51 
 
 		 1855 aa  132  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  28.07 
 
 		 814 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03388  alpha-amylase (Eurofung)  28.65 
 
 		 462 aa  130  5.0000000000000004e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.792359 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  27.72 
 
 		 610 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0209  alpha amylase catalytic region  31.32 
 
 		 587 aa  130  7.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.214929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  27.45 
 
 		 610 aa  130  8.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3205  alpha amylase catalytic region  27.59 
 
 		 583 aa  130  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00323479  normal  0.589076 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  26.13 
 
 		 752 aa  127  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  28.34 
 
 		 490 aa  126  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  26.17 
 
 		 2638 aa  126  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  26.87 
 
 		 582 aa  125  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  26.57 
 
 		 477 aa  125  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  26.24 
 
 		 472 aa  125  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.72 
 
 		 1891 aa  125  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0215  neopullulanase  27.96 
 
 		 574 aa  125  3e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0425343  hitchhiker  0.000179088 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  25.54 
 
 		 481 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3842  alpha amylase catalytic region  27.82 
 
 		 586 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000752132  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14740  alpha amylase  25.92 
 
 		 515 aa  121  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0597647  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  25.93 
 
 		 2068 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  24.86 
 
 		 600 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0794  alpha amylase catalytic region  27.62 
 
 		 562 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  25.78 
 
 		 499 aa  118  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  30.3 
 
 		 524 aa  118  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1856  Alpha amylase, catalytic region  26.25 
 
 		 586 aa  118  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2907  alpha amylase catalytic subunit  27.89 
 
 		 715 aa  118  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.245602 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1119  alpha-amylase  25.17 
 
 		 586 aa  118  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0181074  normal  0.698294 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4120  alpha-amylase  27.05 
 
 		 586 aa  118  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000171258  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  25.79 
 
 		 885 aa  117  8.999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4065  alpha-amylase  27 
 
 		 586 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00857502  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1852  neopullulanase  25.93 
 
 		 584 aa  116  1.0000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.496782  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1318  alpha amylase catalytic region  23.21 
 
 		 486 aa  116  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.844059  normal  0.130735 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  25.22 
 
 		 622 aa  115  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  25.58 
 
 		 614 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1046  4-alpha-glucanotransferase  25.65 
 
 		 1145 aa  115  3e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0014  alpha amylase, catalytic region  25.56 
 
 		 595 aa  115  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  26.22 
 
 		 484 aa  114  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2344  alpha amylase catalytic region  26.82 
 
 		 575 aa  114  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.520603  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  25.98 
 
 		 604 aa  114  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4127  Alpha amylase, catalytic region  26 
 
 		 545 aa  114  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1849  alpha-amylase  28.69 
 
 		 524 aa  114  8.000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  27.66 
 
 		 649 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3923  alpha-amylase  27.07 
 
 		 586 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.077221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3771  neopullulanase  27 
 
 		 586 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00823842  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3146  alpha amylase catalytic region  27.82 
 
 		 622 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.476414 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4230  alpha-amylase  27.07 
 
 		 586 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.300485  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4246  alpha amylase catalytic region  25.5 
 
 		 593 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.286976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4033  alpha-amylase  27.07 
 
 		 586 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3755  neopullulanase  26.8 
 
 		 586 aa  111  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000420185  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  26.87 
 
 		 541 aa  112  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0867  alpha amylase catalytic region  25.89 
 
 		 558 aa  112  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4139  alpha-amylase  26.72 
 
 		 586 aa  112  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00110847  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1342  alpha amylase catalytic region  27.7 
 
 		 493 aa  111  4.0000000000000004e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001107  periplasmic alpha-amylase  24.21 
 
 		 686 aa  110  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0600503  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  26.29 
 
 		 541 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  26.53 
 
 		 526 aa  110  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3416  alpha amylase catalytic region  27.93 
 
 		 703 aa  110  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  25.05 
 
 		 1942 aa  110  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2869  alpha amylase catalytic region  27.27 
 
 		 578 aa  109  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  25.47 
 
 		 549 aa  109  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01890  cyclomaltodextrin glucanotransferase  25.31 
 
 		 564 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.773956  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0084  pullulanase  24.76 
 
 		 606 aa  108  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>