More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0703 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0703  response regulator receiver protein  100 
 
 		 120 aa  237  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3764  response regulator receiver protein  67.5 
 
 		 121 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.105051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0831  response regulator receiver protein  66.67 
 
 		 122 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2377  response regulator receiver protein  47.5 
 
 		 120 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2399  response regulator receiver protein  39.83 
 
 		 121 aa  96.7  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.732485 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2062  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 217 aa  96.3  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0859  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 338 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3504  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 338 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0836  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 338 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3702  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.02 
 
 		 863 aa  95.9  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.170309 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.98 
 
 		 353 aa  95.5  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0871  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 338 aa  95.5  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 349 aa  94.4  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2262  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.36 
 
 		 853 aa  94.7  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03429  two-component system response regulator (hybrid family) protein  41.12 
 
 		 358 aa  93.6  9e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2855  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.14 
 
 		 348 aa  93.2  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3418  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.33 
 
 		 338 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0975  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 383 aa  91.3  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0716  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.33 
 
 		 338 aa  91.7  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3306  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.33 
 
 		 338 aa  91.7  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3141  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.33 
 
 		 338 aa  91.3  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0860  response regulator  38.33 
 
 		 339 aa  90.9  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 383 aa  91.3  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6015  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.13 
 
 		 333 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 312 aa  89.7  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3199  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.67 
 
 		 339 aa  89.7  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2248  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.29 
 
 		 331 aa  89.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3458  response regulator receiver  38.14 
 
 		 365 aa  89.4  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2370  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.83 
 
 		 370 aa  89.4  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2951  response regulator receiver protein  38.33 
 
 		 340 aa  88.6  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.129077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 324 aa  89  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0356  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 121 aa  88.6  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0780111  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0629  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.5 
 
 		 339 aa  89  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1775  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 		 510 aa  88.2  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2505  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.52 
 
 		 331 aa  88.2  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 310 aa  87.8  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2188  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 		 384 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00677544 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  37.86 
 
 		 204 aa  87.4  6e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 312 aa  87.4  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2864  two-component response regulator  39.17 
 
 		 383 aa  87  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.384945  hitchhiker  0.000000030251 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.5 
 
 		 383 aa  87  7e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 338 aa  87.4  7e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4068  response regulator receiver  33.9 
 
 		 377 aa  86.7  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.706307  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 234 aa  86.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01756  Response regulator CheB (receptor modification enzyme, protein-glutamate methylesterase)  31.67 
 
 		 337 aa  86.7  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.844049  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.34 
 
 		 503 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3071  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 390 aa  86.7  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442652 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3898  response regulator receiver  36.97 
 
 		 121 aa  85.5  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 304 aa  85.5  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  41.9 
 
 		 455 aa  85.9  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3676  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.04 
 
 		 328 aa  85.5  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0481  response regulator receiver protein  36.7 
 
 		 523 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1720  two component LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  85.5  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  0.616267 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0878  response regulator receiver  33.96 
 
 		 302 aa  85.1  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1097  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.5 
 
 		 391 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.151318 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  34.75 
 
 		 300 aa  85.1  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1090  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 846 aa  85.5  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874134  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 315 aa  84.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 204 aa  84.3  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3723  response regulator receiver  33.04 
 
 		 338 aa  84.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 247 aa  84  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 306 aa  84.3  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2452  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.62 
 
 		 377 aa  84  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101758 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 322 aa  84  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 228 aa  84  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4225  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.53 
 
 		 1322 aa  83.6  8e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.68 
 
 		 593 aa  83.6  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 308 aa  83.6  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.68 
 
 		 593 aa  83.6  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2903  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 120 aa  82.8  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.629195  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3005  response regulator receiver  36.67 
 
 		 361 aa  82.8  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0130  response regulator receiver  38.83 
 
 		 121 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1409  two component signal transduction response regulator  36.59 
 
 		 123 aa  83.2  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000120114  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1429  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.275463 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25160  response regulator  34.75 
 
 		 356 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3742  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.32 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.19 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0404  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 121 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1383  response regulator  35.04 
 
 		 409 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  35.25 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0817018 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 		 1160 aa  82  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2393  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 518 aa  82  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.991201  normal  0.0787545 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0205  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 395 aa  81.6  0.000000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0509  twitching motility protein PilH  34.75 
 
 		 121 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05330  twitching motility protein PilH  34.75 
 
 		 121 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2589  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.71 
 
 		 375 aa  81.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0322399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 310 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1988  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.42 
 
 		 435 aa  81.6  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2833  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.14 
 
 		 360 aa  81.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.809465  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.71 
 
 		 247 aa  81.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3689  response regulator receiver protein  37.39 
 
 		 121 aa  81.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.443278  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.29 
 
 		 589 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3018  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 123 aa  81.3  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.454082 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 337 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1737  response regulator receiver domain-containing protein  38.18 
 
 		 277 aa  80.9  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.570794  normal  0.630295 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 310 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0695  response regulator receiver  38.68 
 
 		 170 aa  81.3  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.412637  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 322 aa  81.3  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  41.12 
 
 		 705 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>