More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3225 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3225  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 715 aa  1455    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.251172  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1819  TonB-dependent siderophore receptor  39.36 
 
 		 742 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258829  decreased coverage  0.00296293 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4499  TonB-dependent siderophore receptor  35.39 
 
 		 706 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.883355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3692  TonB-dependent siderophore receptor  35.08 
 
 		 685 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.235893  normal  0.294422 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3345  TonB-dependent siderophore receptor  35.61 
 
 		 738 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0225  TonB-dependent siderophore receptor  35 
 
 		 707 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2864  TonB-dependent siderophore receptor  35 
 
 		 707 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0243  TonB-dependent siderophore receptor  35 
 
 		 707 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1104  TonB-dependent siderophore receptor  35.91 
 
 		 728 aa  360  6e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413225  normal  0.151659 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0531  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 		 727 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.45334 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6693  TonB-dependent siderophore receptor  31.36 
 
 		 726 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4079  TonB-dependent siderophore receptor  32.32 
 
 		 727 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0715  TonB-dependent siderophore receptor  29.69 
 
 		 698 aa  238  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0747  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 		 702 aa  237  7e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.429786 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0800  putative ferrisiderophore receptor signal peptide protein  29.71 
 
 		 705 aa  236  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1847  TonB-dependent siderophore receptor  30.91 
 
 		 729 aa  231  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.343723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3864  TonB-dependent siderophore receptor  30.79 
 
 		 710 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0182976  normal  0.0196444 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0817  TonB-dependent siderophore receptor  28.49 
 
 		 702 aa  226  9e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.682704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5029  TonB-dependent siderophore receptor  28.53 
 
 		 708 aa  223  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  30.34 
 
 		 710 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5036  TonB-dependent siderophore receptor  28.47 
 
 		 751 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.549683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3358  TonB-dependent siderophore receptor  27.29 
 
 		 808 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260724  normal  0.726447 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3576  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 		 743 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0391438 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  28.41 
 
 		 743 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3848  TonB-dependent siderophore receptor  28.15 
 
 		 743 aa  214  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.617009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1460  TonB-dependent siderophore receptor  29.91 
 
 		 712 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0192209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4497  ferric siderophore receptor protein (TonB-dependent siderophore receptor)  27.03 
 
 		 744 aa  211  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504252  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4689  TonB-dependent siderophore receptor  28.45 
 
 		 743 aa  211  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141202  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3674  TonB-dependent siderophore receptor  28.45 
 
 		 743 aa  211  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450242  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00871  ferric siderophore receptor protein  27.83 
 
 		 746 aa  211  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.619675  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3769  TonB-dependent siderophore receptor  29.66 
 
 		 724 aa  210  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.503702  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2436  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 		 743 aa  210  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849974  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1610  TonB-dependent siderophore receptor, putative  28.73 
 
 		 724 aa  206  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317263  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  28.59 
 
 		 697 aa  204  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1110  TonB-dependent siderophore receptor  27.7 
 
 		 768 aa  204  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3029  TonB-dependent siderophore receptor  27.41 
 
 		 718 aa  203  9e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3864  TonB-dependent siderophore receptor  26.87 
 
 		 811 aa  202  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.952597 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3686  TonB-dependent siderophore receptor  26.73 
 
 		 754 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02690  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.57 
 
 		 704 aa  197  5.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0859  TonB-dependent siderophore receptor  26.3 
 
 		 716 aa  197  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308459  normal  0.654986 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0746  TonB-dependent siderophore receptor  27.6 
 
 		 774 aa  197  7e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612883  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0150  TonB-dependent siderophore receptor  26.2 
 
 		 729 aa  197  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2858  TonB-dependent siderophore receptor  27.54 
 
 		 756 aa  194  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.578501  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4128  TonB-dependent siderophore receptor  24.97 
 
 		 811 aa  192  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2064  TonB-dependent siderophore receptor  27.3 
 
 		 734 aa  192  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000430928 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30860  TonB-dependent siderophore receptor  29.33 
 
 		 710 aa  189  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.950998  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2129  TonB-dependent siderophore receptor  25.31 
 
 		 722 aa  189  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.759874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1993  TonB-dependent siderophore receptor  25.17 
 
 		 719 aa  187  5e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.811377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3385  TonB-dependent siderophore receptor  26.4 
 
 		 730 aa  187  6e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1003  TonB-dependent siderophore receptor  27.82 
 
 		 758 aa  187  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  27.46 
 
 		 714 aa  187  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39890  TonB-dependent siderophore receptor  26.6 
 
 		 708 aa  186  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596471  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26410  TonB-dependent siderophore receptor  27.08 
 
 		 742 aa  186  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3374  putative tonB-dependent receptor protein  25.07 
 
 		 804 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128787  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3800  TonB-dependent siderophore receptor  27.33 
 
 		 712 aa  184  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4236  TonB-dependent siderophore receptor  26.91 
 
 		 710 aa  184  7e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000695536  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39820  putative tonB-dependent receptor protein  25.07 
 
 		 804 aa  184  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3462  TonB-dependent siderophore receptor  24.83 
 
 		 728 aa  182  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3527  TonB-dependent siderophore receptor  27.34 
 
 		 761 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3544  TonB-dependent siderophore receptor  26.07 
 
 		 727 aa  182  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2582  TonB-dependent siderophore receptor  24.49 
 
 		 802 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.431715  normal  0.0101305 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3243  TonB-dependent siderophore receptor  24.9 
 
 		 728 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.181533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4079  TonB-dependent siderophore receptor  26.99 
 
 		 729 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.502501  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1500  TonB-dependent siderophore receptor  26.39 
 
 		 755 aa  178  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356406  normal  0.318798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4959  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 706 aa  179  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4743  TonB-dependent receptor, putative  26.42 
 
 		 690 aa  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3327  TonB-dependent siderophore receptor  24.96 
 
 		 804 aa  178  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218834 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1714  TonB-dependent siderophore receptor  23.84 
 
 		 729 aa  178  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4363  TonB-dependent siderophore receptor  26.78 
 
 		 706 aa  177  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  26.42 
 
 		 804 aa  177  8e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3905  TonB-dependent siderophore receptor  26.48 
 
 		 731 aa  176  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4307  TonB-dependent siderophore receptor  26.78 
 
 		 706 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000234699  hitchhiker  0.000000000225287 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3953  TonB-dependent siderophore receptor  26.61 
 
 		 701 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000731032  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3798  TonB-dependent siderophore receptor  24.64 
 
 		 809 aa  174  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2781  TonB-dependent siderophore receptor  25.04 
 
 		 805 aa  173  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150566  normal  0.217763 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0972  TonB-dependent siderophore receptor  26.31 
 
 		 762 aa  172  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.804591  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4042  TonB-dependent siderophore receptor  27.48 
 
 		 697 aa  172  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.296308  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4504  TonB-dependent siderophore receptor  27.03 
 
 		 703 aa  172  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000141313  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2049  TonB-dependent siderophore receptor  26.47 
 
 		 764 aa  172  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1625  TonB-dependent siderophore receptor  26.2 
 
 		 746 aa  171  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.930758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1878  TonB-dependent siderophore receptor  24.78 
 
 		 722 aa  171  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4483  TonB-dependent siderophore receptor  26.99 
 
 		 712 aa  170  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000188322  hitchhiker  0.0000171512 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3084  TonB-dependent siderophore receptor  25.33 
 
 		 819 aa  170  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4362  TonB-dependent siderophore receptor  26.22 
 
 		 706 aa  170  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000023504  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3471  TonB-dependent siderophore receptor  25.38 
 
 		 728 aa  170  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4127  TonB-dependent siderophore receptor  26.5 
 
 		 702 aa  169  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00050238  normal  0.542591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2339  TonB-dependent siderophore receptor  23.78 
 
 		 800 aa  169  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0434  TonB-dependent siderophore receptor  25.74 
 
 		 753 aa  168  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1814  putative putative ferrichrome-iron receptor  27.73 
 
 		 693 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3719  TonB-dependent siderophore receptor  26.02 
 
 		 753 aa  168  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525992  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1736  TonB-dependent receptor protein  25.91 
 
 		 737 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00567556  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2590  outer membrane ferric siderophore receptor  24.86 
 
 		 771 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3922  TonB-dependent siderophore receptor  26.5 
 
 		 709 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  0.0397715 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1656  ferrichrome receptor FcuA  25.51 
 
 		 720 aa  167  9e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000210688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4014  TonB-dependent siderophore receptor  26.36 
 
 		 709 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00017833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3007  TonB-dependent siderophore receptor  25.54 
 
 		 730 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796938 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2373  ferrichrome receptor FcuA  25.68 
 
 		 763 aa  165  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000216306  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2469  TonB-dependent siderophore receptor  25.68 
 
 		 768 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000279609  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4406  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 709 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.684267  normal  0.0387925 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02105  hypothetical protein  25.77 
 
 		 730 aa  163  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>