More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1847 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3848  TonB-dependent siderophore receptor  49.48 
 
 
743 aa  647    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.617009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1847  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
729 aa  1489    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.343723  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  91.55 
 
 
710 aa  1315    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1610  TonB-dependent siderophore receptor, putative  65.38 
 
 
724 aa  943    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317263  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3769  TonB-dependent siderophore receptor  65.65 
 
 
724 aa  942    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.503702  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3864  TonB-dependent siderophore receptor  98.03 
 
 
710 aa  1428    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0182976  normal  0.0196444 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2436  TonB-dependent siderophore receptor  47.65 
 
 
743 aa  639    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849974  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3674  TonB-dependent siderophore receptor  49.48 
 
 
743 aa  646    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450242  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4689  TonB-dependent siderophore receptor  49.48 
 
 
743 aa  646    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141202  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5036  TonB-dependent siderophore receptor  49.56 
 
 
751 aa  658    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.549683 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1460  TonB-dependent siderophore receptor  86.52 
 
 
712 aa  1241    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0192209  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  49.12 
 
 
743 aa  652    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02690  TonB-dependent outer membrane Receptor  53.84 
 
 
704 aa  724    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3576  TonB-dependent siderophore receptor  48.67 
 
 
743 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0391438 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0150  TonB-dependent siderophore receptor  48.38 
 
 
729 aa  624  1e-177  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1993  TonB-dependent siderophore receptor  40.19 
 
 
719 aa  475  1e-132  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.811377  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2394  TonB-dependent siderophore receptor  34.53 
 
 
729 aa  339  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0800  putative ferrisiderophore receptor signal peptide protein  34.5 
 
 
705 aa  309  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1495  TonB-dependent siderophore receptor, putative  32.1 
 
 
711 aa  297  6e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.454643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3864  TonB-dependent siderophore receptor  33.1 
 
 
811 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.952597 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0715  TonB-dependent siderophore receptor  32.56 
 
 
698 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4128  TonB-dependent siderophore receptor  31.15 
 
 
811 aa  276  8e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0747  TonB-dependent siderophore receptor  31.68 
 
 
702 aa  276  9e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.429786 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0817  TonB-dependent siderophore receptor  31.37 
 
 
702 aa  267  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.682704 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5029  TonB-dependent siderophore receptor  30.22 
 
 
708 aa  264  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0859  TonB-dependent siderophore receptor  28.34 
 
 
716 aa  262  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308459  normal  0.654986 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0746  TonB-dependent siderophore receptor  28.77 
 
 
774 aa  258  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612883  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3029  TonB-dependent siderophore receptor  27.95 
 
 
718 aa  257  6e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39890  TonB-dependent siderophore receptor  29.96 
 
 
708 aa  256  9e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1104  TonB-dependent siderophore receptor  28.73 
 
 
728 aa  254  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413225  normal  0.151659 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0531  TonB-dependent siderophore receptor  28.81 
 
 
727 aa  253  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.45334 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0225  TonB-dependent siderophore receptor  30.04 
 
 
707 aa  253  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2864  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 
707 aa  250  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4079  TonB-dependent siderophore receptor  28.84 
 
 
727 aa  250  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3345  TonB-dependent siderophore receptor  30.76 
 
 
738 aa  249  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0243  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 
707 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6693  TonB-dependent siderophore receptor  28.77 
 
 
726 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907714  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1819  TonB-dependent siderophore receptor  31.19 
 
 
742 aa  244  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258829  decreased coverage  0.00296293 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3544  TonB-dependent siderophore receptor  26.94 
 
 
727 aa  231  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3225  TonB-dependent siderophore receptor  30.91 
 
 
715 aa  231  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.251172  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2582  TonB-dependent siderophore receptor  29.31 
 
 
802 aa  230  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.431715  normal  0.0101305 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3007  TonB-dependent siderophore receptor  30.61 
 
 
730 aa  228  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.796938 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3385  TonB-dependent siderophore receptor  26.01 
 
 
730 aa  229  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1110  TonB-dependent siderophore receptor  29.26 
 
 
768 aa  226  9e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30860  TonB-dependent siderophore receptor  28.73 
 
 
710 aa  226  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.950998  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4499  TonB-dependent siderophore receptor  29.58 
 
 
706 aa  225  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.883355  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1878  TonB-dependent siderophore receptor  30.29 
 
 
722 aa  225  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3686  TonB-dependent siderophore receptor  29.99 
 
 
754 aa  223  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5451  TonB-dependent siderophore receptor  29.35 
 
 
823 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3471  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 
728 aa  221  3.9999999999999997e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39820  putative tonB-dependent receptor protein  29.33 
 
 
804 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3575  TonB-dependent siderophore receptor  29.48 
 
 
801 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26410  TonB-dependent siderophore receptor  27.66 
 
 
742 aa  218  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2196  TonB-dependent siderophore receptor  30.01 
 
 
801 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.614035  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2339  TonB-dependent siderophore receptor  29.83 
 
 
800 aa  217  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00871  ferric siderophore receptor protein  29.51 
 
 
746 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.619675  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2781  TonB-dependent siderophore receptor  29.14 
 
 
805 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150566  normal  0.217763 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3374  putative tonB-dependent receptor protein  29.03 
 
 
804 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128787  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4497  ferric siderophore receptor protein (TonB-dependent siderophore receptor)  27.31 
 
 
744 aa  214  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504252  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2590  outer membrane ferric siderophore receptor  28.3 
 
 
771 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0174  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 
772 aa  211  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.191382 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3358  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 
808 aa  211  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260724  normal  0.726447 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2129  TonB-dependent siderophore receptor  30.27 
 
 
722 aa  207  6e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.759874  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0434  TonB-dependent siderophore receptor  28.59 
 
 
753 aa  207  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2186  TonB-dependent siderophore receptor  29.13 
 
 
772 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5891  TonB-dependent siderophore receptor  29.13 
 
 
772 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3084  TonB-dependent siderophore receptor  28.28 
 
 
819 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2123  TonB-dependent siderophore receptor  28.89 
 
 
725 aa  205  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2064  TonB-dependent siderophore receptor  29.63 
 
 
734 aa  204  4e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000430928 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  28.17 
 
 
714 aa  204  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5515  TonB-dependent siderophore receptor  28.63 
 
 
726 aa  204  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3798  TonB-dependent siderophore receptor  28.48 
 
 
809 aa  203  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1736  TonB-dependent receptor protein  30.59 
 
 
737 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00567556  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02105  hypothetical protein  29.05 
 
 
730 aa  202  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1500  TonB-dependent siderophore receptor  26.41 
 
 
755 aa  201  3.9999999999999996e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356406  normal  0.318798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2237  TonB-dependent siderophore receptor  27.81 
 
 
777 aa  200  7e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2068  TonB-dependent siderophore receptor  28.14 
 
 
729 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.839532  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0366  TonB-dependent siderophore receptor  26.79 
 
 
750 aa  198  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167728  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4406  TonB-dependent siderophore receptor  29.46 
 
 
709 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.684267  normal  0.0387925 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1183  TonB-dependent siderophore receptor  26.29 
 
 
757 aa  196  9e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3692  TonB-dependent siderophore receptor  28.12 
 
 
685 aa  195  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.235893  normal  0.294422 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1714  TonB-dependent siderophore receptor  26.23 
 
 
729 aa  196  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666149  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4236  TonB-dependent siderophore receptor  28.48 
 
 
710 aa  194  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000695536  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0972  TonB-dependent siderophore receptor  27.03 
 
 
762 aa  194  6e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.804591  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3462  TonB-dependent siderophore receptor  27.65 
 
 
728 aa  193  7e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3327  TonB-dependent siderophore receptor  27.82 
 
 
804 aa  193  9e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.218834 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3719  TonB-dependent siderophore receptor  27.67 
 
 
753 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525992  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3243  TonB-dependent siderophore receptor  27.27 
 
 
728 aa  191  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.181533  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  29.17 
 
 
804 aa  190  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3841  TonB-dependent siderophore receptor  28.31 
 
 
712 aa  189  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000249714  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1003  TonB-dependent siderophore receptor  27.35 
 
 
758 aa  189  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1625  TonB-dependent siderophore receptor  26.54 
 
 
746 aa  187  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.930758  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1108  TonB-dependent siderophore receptor  28.25 
 
 
761 aa  187  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.441045 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2049  TonB-dependent siderophore receptor  29.21 
 
 
764 aa  186  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379645  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3527  TonB-dependent siderophore receptor  28.2 
 
 
761 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0110  TonB dependent receptor  27.29 
 
 
693 aa  186  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2266  TonB-dependent siderophore receptor  28.59 
 
 
724 aa  184  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238084  normal  0.145177 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4483  TonB-dependent siderophore receptor  27.63 
 
 
712 aa  182  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000188322  hitchhiker  0.0000171512 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0629  putative ferric siderophore receptor protein  28.78 
 
 
700 aa  182  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4127  TonB-dependent siderophore receptor  27.05 
 
 
702 aa  182  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00050238  normal  0.542591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>