293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2434 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  74.27 
 
 		 548 aa  853    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  60.15 
 
 		 538 aa  679    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  75.32 
 
 		 551 aa  869    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  61.1 
 
 		 552 aa  686    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  64.09 
 
 		 543 aa  728    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  83.65 
 
 		 533 aa  924    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  61.41 
 
 		 548 aa  691    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  61.52 
 
 		 550 aa  701    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  84.85 
 
 		 549 aa  967    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  62.81 
 
 		 548 aa  716    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  74.68 
 
 		 550 aa  860    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 554 aa  1150    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.75 
 
 		 536 aa  637    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  75.82 
 
 		 546 aa  867    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  84.12 
 
 		 549 aa  956    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  83.76 
 
 		 549 aa  949    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  82.42 
 
 		 546 aa  936    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  84.67 
 
 		 549 aa  967    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  61.33 
 
 		 547 aa  711    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  84.49 
 
 		 549 aa  957    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.54 
 
 		 567 aa  653    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  84.67 
 
 		 549 aa  968    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  72.89 
 
 		 560 aa  825    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  83.58 
 
 		 549 aa  957    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.21 
 
 		 611 aa  675    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  84.85 
 
 		 549 aa  969    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  62.24 
 
 		 548 aa  710    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03552  Glutamate decarboxylase putative  57.58 
 
 		 544 aa  594  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.39 
 
 		 552 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.53 
 
 		 552 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.99 
 
 		 541 aa  449  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.85 
 
 		 573 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.12 
 
 		 574 aa  393  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.58 
 
 		 484 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.74 
 
 		 515 aa  176  9.999999999999999e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.51 
 
 		 529 aa  174  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.93 
 
 		 530 aa  173  7.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.22 
 
 		 517 aa  171  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.1 
 
 		 515 aa  169  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.6 
 
 		 490 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.17 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.73 
 
 		 515 aa  169  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.24 
 
 		 507 aa  167  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.53 
 
 		 515 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.75 
 
 		 505 aa  166  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.75 
 
 		 488 aa  165  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.66 
 
 		 479 aa  163  9e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  27.05 
 
 		 522 aa  162  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.07 
 
 		 511 aa  161  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30 
 
 		 489 aa  159  9e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.03 
 
 		 544 aa  159  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.02 
 
 		 551 aa  158  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.42 
 
 		 495 aa  158  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.98 
 
 		 789 aa  157  5.0000000000000005e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29 
 
 		 495 aa  156  9e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.7 
 
 		 530 aa  155  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.08 
 
 		 527 aa  155  2e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.96 
 
 		 488 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.51 
 
 		 490 aa  154  4e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.04 
 
 		 503 aa  153  7e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.55 
 
 		 529 aa  152  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.49 
 
 		 508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  26.65 
 
 		 967 aa  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.89 
 
 		 489 aa  147  5e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.57 
 
 		 534 aa  146  8.000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.5 
 
 		 475 aa  146  8.000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.53 
 
 		 484 aa  146  9e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.3 
 
 		 511 aa  145  1e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 		 466 aa  144  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.88 
 
 		 484 aa  143  7e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.88 
 
 		 484 aa  143  7e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.88 
 
 		 484 aa  143  7e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.45 
 
 		 483 aa  143  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.16 
 
 		 491 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.2 
 
 		 479 aa  140  4.999999999999999e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.65 
 
 		 484 aa  139  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  27.84 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.11 
 
 		 480 aa  137  7.000000000000001e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  25.45 
 
 		 453 aa  136  9.999999999999999e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.3 
 
 		 494 aa  136  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.32 
 
 		 477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  28.25 
 
 		 502 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.25 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  25 
 
 		 507 aa  130  8.000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  26.2 
 
 		 961 aa  129  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.33 
 
 		 486 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.11 
 
 		 529 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  24.87 
 
 		 963 aa  126  9e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1051  hypothetical protein  25.82 
 
 		 636 aa  125  2e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.922424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.8 
 
 		 470 aa  124  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.24 
 
 		 958 aa  124  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.38 
 
 		 492 aa  124  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.09 
 
 		 502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  25.76 
 
 		 577 aa  121  3e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.88 
 
 		 476 aa  120  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.69 
 
 		 517 aa  120  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.3 
 
 		 475 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.71 
 
 		 456 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.71 
 
 		 456 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.95 
 
 		 460 aa  117  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>