273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2157 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
479 aa  1006    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  36.36 
 
 
479 aa  328  2.0000000000000001e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.59 
 
 
480 aa  320  3e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  36.82 
 
 
484 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  37.59 
 
 
484 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  37.59 
 
 
484 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  37.59 
 
 
484 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.4 
 
 
466 aa  259  1e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.46 
 
 
517 aa  246  4e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.17 
 
 
529 aa  246  8e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  33.1 
 
 
491 aa  242  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.6 
 
 
510 aa  240  5e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.6 
 
 
489 aa  232  1e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.25 
 
 
496 aa  229  6e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.44 
 
 
497 aa  226  9e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.6 
 
 
486 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.09 
 
 
492 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.85 
 
 
507 aa  219  7e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.05 
 
 
530 aa  218  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.75 
 
 
486 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  31.29 
 
 
502 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  28.93 
 
 
515 aa  215  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.33 
 
 
477 aa  214  2.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.04 
 
 
483 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.7 
 
 
515 aa  213  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  28.7 
 
 
515 aa  213  4.9999999999999996e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.74 
 
 
484 aa  211  3e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.83 
 
 
470 aa  209  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.22 
 
 
486 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.2 
 
 
480 aa  207  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.07 
 
 
511 aa  206  6e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.88 
 
 
551 aa  206  6e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.9 
 
 
479 aa  206  7e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.55 
 
 
515 aa  205  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.33 
 
 
505 aa  204  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.62 
 
 
492 aa  205  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.54 
 
 
495 aa  204  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.25 
 
 
486 aa  203  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.15 
 
 
474 aa  202  8e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.27 
 
 
470 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.27 
 
 
478 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.84 
 
 
488 aa  201  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.6 
 
 
495 aa  199  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.17 
 
 
490 aa  199  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.27 
 
 
470 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.1 
 
 
484 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.25 
 
 
503 aa  196  5.000000000000001e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.62 
 
 
529 aa  196  5.000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.38 
 
 
475 aa  196  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.79 
 
 
511 aa  196  8.000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.27 
 
 
508 aa  196  9e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  28.97 
 
 
462 aa  194  4e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.7 
 
 
486 aa  193  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.7 
 
 
486 aa  192  8e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.87 
 
 
471 aa  192  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.45 
 
 
484 aa  190  5e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
579 aa  188  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.75 
 
 
476 aa  187  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  27.54 
 
 
471 aa  186  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.54 
 
 
471 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.83 
 
 
530 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.15 
 
 
544 aa  183  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.25 
 
 
476 aa  183  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  27.3 
 
 
471 aa  182  8.000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 
480 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  27.72 
 
 
961 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.87 
 
 
470 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.02 
 
 
488 aa  182  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.09 
 
 
529 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.11 
 
 
475 aa  181  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.39 
 
 
534 aa  180  4e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  28.57 
 
 
963 aa  179  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.33 
 
 
458 aa  179  1e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.85 
 
 
527 aa  178  2e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.4 
 
 
958 aa  178  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.62 
 
 
489 aa  177  3e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  25 
 
 
474 aa  170  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.84 
 
 
517 aa  169  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.46 
 
 
470 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.28 
 
 
494 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  24.42 
 
 
522 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10001  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.53 
 
 
460 aa  164  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.450995  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.66 
 
 
554 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.52 
 
 
474 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  24.94 
 
 
967 aa  162  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.53 
 
 
461 aa  162  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  30.07 
 
 
461 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.72 
 
 
546 aa  160  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.46 
 
 
551 aa  160  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.37 
 
 
549 aa  159  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  27.74 
 
 
453 aa  159  1e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.36 
 
 
474 aa  157  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.9 
 
 
549 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.9 
 
 
549 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.7 
 
 
549 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.94 
 
 
549 aa  157  6e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  26.26 
 
 
533 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.41 
 
 
550 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.82 
 
 
549 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.82 
 
 
549 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>