245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2916 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  100 
 
 
510 aa  1032    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  69.92 
 
 
489 aa  667    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  64.68 
 
 
491 aa  617  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.94 
 
 
466 aa  287  2.9999999999999996e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.35 
 
 
484 aa  278  2e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.62 
 
 
479 aa  278  2e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.75 
 
 
484 aa  272  1e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.75 
 
 
484 aa  272  1e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.75 
 
 
484 aa  271  2e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.31 
 
 
529 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34 
 
 
517 aa  266  5.999999999999999e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.45 
 
 
492 aa  259  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  35.7 
 
 
502 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  39.05 
 
 
492 aa  257  3e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.17 
 
 
480 aa  253  5.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.45 
 
 
497 aa  250  4e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.97 
 
 
486 aa  247  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.75 
 
 
474 aa  244  3.9999999999999997e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.91 
 
 
480 aa  243  7e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.6 
 
 
479 aa  240  5e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.73 
 
 
486 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.87 
 
 
486 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.38 
 
 
471 aa  234  3e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.05 
 
 
478 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.33 
 
 
470 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.54 
 
 
484 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.18 
 
 
477 aa  226  9e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.4 
 
 
475 aa  223  9e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.76 
 
 
470 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.08 
 
 
483 aa  219  6e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.9 
 
 
470 aa  216  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.77 
 
 
470 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.67 
 
 
459 aa  213  5.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.81 
 
 
486 aa  212  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.9 
 
 
474 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  30.31 
 
 
462 aa  211  2e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  29.23 
 
 
471 aa  207  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.58 
 
 
479 aa  207  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.23 
 
 
471 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  29.23 
 
 
471 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.02 
 
 
476 aa  207  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.56 
 
 
474 aa  207  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.74 
 
 
530 aa  203  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.18 
 
 
503 aa  202  9.999999999999999e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.07 
 
 
476 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.57 
 
 
517 aa  201  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.56 
 
 
460 aa  201  3e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.26 
 
 
579 aa  201  3e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.32 
 
 
496 aa  197  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.53 
 
 
486 aa  196  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.33 
 
 
486 aa  193  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  29.53 
 
 
522 aa  192  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.36 
 
 
475 aa  191  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.96 
 
 
527 aa  189  8e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.26 
 
 
458 aa  189  8e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  32.94 
 
 
489 aa  186  8e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.31 
 
 
552 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.07 
 
 
508 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.21 
 
 
465 aa  184  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.09 
 
 
515 aa  184  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.96 
 
 
466 aa  183  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.93 
 
 
511 aa  183  6e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.51 
 
 
529 aa  182  8.000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.28 
 
 
466 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.73 
 
 
471 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.31 
 
 
467 aa  182  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  31.01 
 
 
453 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.51 
 
 
490 aa  179  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  29.8 
 
 
963 aa  179  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  31 
 
 
548 aa  179  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.21 
 
 
507 aa  178  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.48 
 
 
490 aa  178  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  29.36 
 
 
548 aa  178  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.34 
 
 
958 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.1 
 
 
546 aa  178  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.92 
 
 
551 aa  176  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.18 
 
 
484 aa  176  8e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.04 
 
 
483 aa  176  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  33.92 
 
 
552 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.48 
 
 
515 aa  175  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.48 
 
 
515 aa  175  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  28.51 
 
 
967 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.05 
 
 
530 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.25 
 
 
515 aa  173  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.29 
 
 
478 aa  174  5e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.08 
 
 
484 aa  173  6.999999999999999e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.26 
 
 
552 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.35 
 
 
549 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.15 
 
 
462 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.34 
 
 
550 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.35 
 
 
549 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.75 
 
 
505 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.35 
 
 
495 aa  171  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.08 
 
 
549 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.23 
 
 
488 aa  171  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  27.81 
 
 
961 aa  171  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.22 
 
 
478 aa  171  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.52 
 
 
482 aa  171  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.77 
 
 
551 aa  170  6e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.84 
 
 
464 aa  170  7e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>