280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2547 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
515 aa  1070    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  99.03 
 
 
515 aa  1063    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  99.42 
 
 
515 aa  1065    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.93 
 
 
530 aa  529  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  51.8 
 
 
484 aa  501  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  49.38 
 
 
508 aa  496  1e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  49 
 
 
529 aa  491  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.65 
 
 
507 aa  485  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.64 
 
 
511 aa  479  1e-134  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  49.58 
 
 
551 aa  476  1e-133  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.45 
 
 
530 aa  468  1.0000000000000001e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.93 
 
 
505 aa  467  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.65 
 
 
534 aa  465  9.999999999999999e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.22 
 
 
544 aa  461  9.999999999999999e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  46.32 
 
 
515 aa  452  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  43.71 
 
 
961 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  44.09 
 
 
522 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  43.57 
 
 
963 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.9 
 
 
495 aa  368  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  40.25 
 
 
967 aa  365  1e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  40.98 
 
 
958 aa  362  7.0000000000000005e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.36 
 
 
488 aa  362  8e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.74 
 
 
503 aa  361  2e-98  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.25 
 
 
495 aa  360  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.67 
 
 
494 aa  356  3.9999999999999996e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.59 
 
 
490 aa  356  5e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.63 
 
 
484 aa  352  1e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.91 
 
 
527 aa  340  2.9999999999999998e-92  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.45 
 
 
488 aa  340  5e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.36 
 
 
529 aa  338  1.9999999999999998e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  38.05 
 
 
511 aa  330  3e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.42 
 
 
789 aa  273  4.0000000000000004e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.62 
 
 
502 aa  231  3e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.96 
 
 
484 aa  224  4e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.7 
 
 
479 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.63 
 
 
490 aa  211  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 
480 aa  207  5e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.59 
 
 
483 aa  202  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  30.93 
 
 
462 aa  202  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.69 
 
 
486 aa  199  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.21 
 
 
484 aa  196  6e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4055  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.19 
 
 
554 aa  196  9e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.505018  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.25 
 
 
479 aa  193  8e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.75 
 
 
517 aa  192  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.23 
 
 
484 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.46 
 
 
484 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.46 
 
 
484 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.51 
 
 
573 aa  189  9e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  27.1 
 
 
491 aa  186  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  30 
 
 
477 aa  186  6e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.97 
 
 
489 aa  186  1.0000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.49 
 
 
466 aa  186  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.79 
 
 
476 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.76 
 
 
489 aa  182  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.49 
 
 
475 aa  182  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  27.64 
 
 
502 aa  179  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.86 
 
 
458 aa  178  2e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.25 
 
 
510 aa  173  5e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.36 
 
 
546 aa  172  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.05 
 
 
470 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  25.87 
 
 
533 aa  171  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.3 
 
 
470 aa  171  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  27.03 
 
 
543 aa  170  7e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.7 
 
 
529 aa  169  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.03 
 
 
492 aa  169  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.82 
 
 
486 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.97 
 
 
549 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.54 
 
 
486 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.58 
 
 
549 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.97 
 
 
549 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.53 
 
 
554 aa  167  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.29 
 
 
560 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.05 
 
 
470 aa  167  5e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 
497 aa  166  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.15 
 
 
549 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.84 
 
 
474 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.18 
 
 
549 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.93 
 
 
471 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.15 
 
 
549 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.74 
 
 
549 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.01 
 
 
478 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.77 
 
 
549 aa  164  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.01 
 
 
470 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.64 
 
 
550 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1177  hypothetical protein  27.36 
 
 
474 aa  162  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.58 
 
 
547 aa  162  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.71 
 
 
546 aa  162  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28 
 
 
474 aa  162  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.23 
 
 
496 aa  161  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  24.64 
 
 
548 aa  161  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  25.26 
 
 
548 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.87 
 
 
552 aa  160  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.25 
 
 
538 aa  160  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.25 
 
 
479 aa  160  5e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.5 
 
 
541 aa  160  6e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.2 
 
 
464 aa  159  9e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.76 
 
 
486 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  25 
 
 
550 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.2 
 
 
551 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.36 
 
 
470 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>