214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2223 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  91.7 
 
 
470 aa  860    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  92.34 
 
 
470 aa  836    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  66.52 
 
 
471 aa  638    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  100 
 
 
470 aa  956    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  66.74 
 
 
471 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  66.74 
 
 
471 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  91.28 
 
 
478 aa  860    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  66.17 
 
 
471 aa  622  1e-177  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  63.23 
 
 
474 aa  607  9.999999999999999e-173  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  64.09 
 
 
475 aa  585  1e-166  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  57.08 
 
 
476 aa  530  1e-149  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  45.22 
 
 
479 aa  421  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.11 
 
 
486 aa  409  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.11 
 
 
486 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.19 
 
 
579 aa  395  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.44 
 
 
486 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.86 
 
 
474 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.74 
 
 
476 aa  368  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.19 
 
 
462 aa  357  1.9999999999999998e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  41.06 
 
 
470 aa  355  1e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  41.21 
 
 
478 aa  339  7e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.22 
 
 
464 aa  316  5e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_006686  CND00950  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative  36.47 
 
 
515 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.435109  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  32.84 
 
 
491 aa  241  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10299  aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G02240)  31.07 
 
 
526 aa  237  4e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.48 
 
 
484 aa  229  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.77 
 
 
510 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.89 
 
 
489 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.06 
 
 
484 aa  224  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.06 
 
 
484 aa  224  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.06 
 
 
484 aa  224  3e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.94 
 
 
479 aa  215  9.999999999999999e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.04 
 
 
466 aa  213  4.9999999999999996e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.55 
 
 
492 aa  210  4e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  31.53 
 
 
502 aa  209  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.05 
 
 
517 aa  200  5e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.72 
 
 
480 aa  200  6e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.54 
 
 
486 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.87 
 
 
479 aa  197  5.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.94 
 
 
483 aa  193  6e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.52 
 
 
486 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.66 
 
 
529 aa  192  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.35 
 
 
497 aa  189  8e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.35 
 
 
492 aa  188  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.53 
 
 
486 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.43 
 
 
484 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.95 
 
 
496 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.9 
 
 
477 aa  185  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  29.16 
 
 
462 aa  184  4.0000000000000006e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.26 
 
 
551 aa  177  3e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.36 
 
 
515 aa  176  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.68 
 
 
530 aa  176  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  29.26 
 
 
515 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  29.26 
 
 
515 aa  175  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.49 
 
 
480 aa  173  5.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.52 
 
 
474 aa  172  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.42 
 
 
460 aa  169  9e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.48 
 
 
484 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.29 
 
 
511 aa  162  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.57 
 
 
483 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.14 
 
 
517 aa  160  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.54 
 
 
466 aa  155  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.9 
 
 
507 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.55 
 
 
475 aa  154  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.85 
 
 
511 aa  154  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.6 
 
 
466 aa  153  5.9999999999999996e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.33 
 
 
461 aa  152  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.87 
 
 
461 aa  151  3e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.68 
 
 
518 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.76 
 
 
494 aa  150  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.93 
 
 
488 aa  150  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  30.19 
 
 
470 aa  150  7e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.76 
 
 
515 aa  149  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.51 
 
 
461 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.97 
 
 
505 aa  149  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.18 
 
 
471 aa  148  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.14 
 
 
484 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.57 
 
 
488 aa  147  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.86 
 
 
462 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.15 
 
 
470 aa  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.2 
 
 
495 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.92 
 
 
495 aa  143  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.42 
 
 
480 aa  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.56 
 
 
490 aa  143  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.99 
 
 
503 aa  142  9e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.21 
 
 
465 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10001  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.54 
 
 
460 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.450995  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.75 
 
 
529 aa  141  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.65 
 
 
478 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.17 
 
 
482 aa  140  7e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.3 
 
 
459 aa  139  8.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  30.1 
 
 
442 aa  139  1e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.25 
 
 
489 aa  138  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.19 
 
 
508 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.82 
 
 
492 aa  136  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.61 
 
 
458 aa  136  9e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.29 
 
 
530 aa  136  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.58 
 
 
544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.47 
 
 
534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  27.81 
 
 
456 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>