257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2059 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  86.78 
 
 		 488 aa  867    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 495 aa  1017    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  91.99 
 
 		 490 aa  936    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  97.37 
 
 		 495 aa  992    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  55.17 
 
 		 511 aa  536  1e-151  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  43.66 
 
 		 522 aa  389  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  42.55 
 
 		 515 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.94 
 
 		 503 aa  371  1e-101  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  42.33 
 
 		 515 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.9 
 
 		 515 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.62 
 
 		 527 aa  365  1e-100  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  44.35 
 
 		 961 aa  368  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.8 
 
 		 507 aa  356  5.999999999999999e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  43.47 
 
 		 967 aa  353  5e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.06 
 
 		 494 aa  352  8.999999999999999e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  40.67 
 
 		 484 aa  351  2e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.04 
 
 		 511 aa  346  6e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.72 
 
 		 530 aa  345  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.81 
 
 		 789 aa  339  5.9999999999999996e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  42.58 
 
 		 963 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  41.67 
 
 		 958 aa  333  5e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.62 
 
 		 529 aa  332  9e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.79 
 
 		 488 aa  332  1e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.03 
 
 		 544 aa  325  9e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.39 
 
 		 505 aa  325  2e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.33 
 
 		 508 aa  318  1e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.77 
 
 		 551 aa  318  2e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  40.2 
 
 		 515 aa  315  9.999999999999999e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.31 
 
 		 530 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.75 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.49 
 
 		 529 aa  300  4e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.27 
 
 		 534 aa  294  3e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.4 
 
 		 484 aa  256  6e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4055  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.47 
 
 		 554 aa  236  5.0000000000000005e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.505018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.78 
 
 		 502 aa  233  8.000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.17 
 
 		 517 aa  227  5.0000000000000005e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.86 
 
 		 490 aa  220  6e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.13 
 
 		 484 aa  218  2e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.67 
 
 		 484 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.67 
 
 		 484 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.67 
 
 		 484 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.58 
 
 		 480 aa  211  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.79 
 
 		 475 aa  211  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.76 
 
 		 479 aa  206  6e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.54 
 
 		 479 aa  204  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.3 
 
 		 529 aa  201  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.71 
 
 		 489 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.86 
 
 		 573 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  29.93 
 
 		 491 aa  194  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  30.18 
 
 		 462 aa  189  7e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.82 
 
 		 517 aa  187  5e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.54 
 
 		 458 aa  187  5e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.07 
 
 		 547 aa  186  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.09 
 
 		 492 aa  186  7e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  31.76 
 
 		 502 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 		 492 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  30.96 
 
 		 552 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  30.68 
 
 		 548 aa  184  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.96 
 
 		 550 aa  184  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.07 
 
 		 567 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.03 
 
 		 538 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.48 
 
 		 466 aa  182  9.000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  27.07 
 
 		 548 aa  182  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  28.87 
 
 		 543 aa  180  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.39 
 
 		 486 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.57 
 
 		 477 aa  179  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.14 
 
 		 551 aa  179  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.68 
 
 		 489 aa  176  7e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 		 497 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.13 
 
 		 548 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.62 
 
 		 549 aa  174  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.48 
 
 		 549 aa  173  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.6 
 
 		 549 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.14 
 
 		 536 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.66 
 
 		 476 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.77 
 
 		 483 aa  171  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.35 
 
 		 510 aa  171  3e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.35 
 
 		 486 aa  170  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  26.67 
 
 		 548 aa  169  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.12 
 
 		 546 aa  169  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.57 
 
 		 574 aa  168  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  27.62 
 
 		 533 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.56 
 
 		 560 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 		 486 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.08 
 
 		 611 aa  167  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.66 
 
 		 474 aa  167  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.41 
 
 		 549 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.83 
 
 		 550 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.17 
 
 		 549 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.86 
 
 		 549 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.53 
 
 		 549 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.53 
 
 		 549 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  30.77 
 
 		 470 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.81 
 
 		 552 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.79 
 
 		 461 aa  161  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.71 
 
 		 552 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1209  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  36.02 
 
 		 469 aa  160  5e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.56 
 
 		 541 aa  160  7e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.43 
 
 		 486 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.42 
 
 		 554 aa  158  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>