219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1238 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  88.7 
 
 
476 aa  832    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
486 aa  973    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  60.34 
 
 
470 aa  597  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  59.7 
 
 
474 aa  568  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  54.87 
 
 
464 aa  498  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  56.34 
 
 
478 aa  500  1e-140  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  47.79 
 
 
479 aa  434  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.56 
 
 
486 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.14 
 
 
486 aa  404  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  48.29 
 
 
471 aa  393  1e-108  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  44.44 
 
 
470 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  44.73 
 
 
478 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  45.09 
 
 
470 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  44.44 
 
 
470 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.05 
 
 
579 aa  365  1e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.6 
 
 
476 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.64 
 
 
474 aa  362  1e-98  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  41.45 
 
 
471 aa  355  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  41.45 
 
 
471 aa  355  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.42 
 
 
475 aa  354  2e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  41.45 
 
 
471 aa  352  5.9999999999999994e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.68 
 
 
462 aa  322  9.000000000000001e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND00950  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative  40.16 
 
 
515 aa  316  7e-85  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.435109  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.32 
 
 
529 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10299  aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G02240)  34.93 
 
 
526 aa  248  2e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  37.53 
 
 
492 aa  228  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.48 
 
 
480 aa  224  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.53 
 
 
484 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.78 
 
 
484 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.78 
 
 
484 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.78 
 
 
484 aa  221  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.81 
 
 
510 aa  219  7e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.12 
 
 
517 aa  218  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.13 
 
 
491 aa  212  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  34.44 
 
 
502 aa  212  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.85 
 
 
497 aa  208  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.1 
 
 
466 aa  208  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.26 
 
 
492 aa  206  8e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.27 
 
 
479 aa  206  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.19 
 
 
489 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.83 
 
 
486 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.18 
 
 
530 aa  204  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.88 
 
 
496 aa  202  7e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  30.17 
 
 
515 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.55 
 
 
484 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.73 
 
 
483 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.11 
 
 
486 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.48 
 
 
517 aa  200  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  29.69 
 
 
515 aa  199  7.999999999999999e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.69 
 
 
515 aa  199  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.61 
 
 
486 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.56 
 
 
484 aa  195  1e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.49 
 
 
474 aa  192  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.87 
 
 
477 aa  187  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.72 
 
 
507 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.15 
 
 
490 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.86 
 
 
488 aa  181  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.39 
 
 
495 aa  180  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.13 
 
 
483 aa  179  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.66 
 
 
495 aa  177  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.03 
 
 
479 aa  176  9e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.41 
 
 
480 aa  175  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.67 
 
 
463 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.4 
 
 
529 aa  172  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.67 
 
 
463 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  29.67 
 
 
961 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.91 
 
 
502 aa  170  4e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
494 aa  171  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.25 
 
 
505 aa  171  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.34 
 
 
515 aa  169  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.23 
 
 
463 aa  167  5e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.09 
 
 
488 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.88 
 
 
551 aa  164  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  27.27 
 
 
462 aa  163  7e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.11 
 
 
460 aa  162  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.22 
 
 
544 aa  161  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.09 
 
 
534 aa  160  4e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29 
 
 
462 aa  157  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.22 
 
 
458 aa  157  4e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.46 
 
 
511 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.29 
 
 
503 aa  157  6e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.7 
 
 
508 aa  156  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.3 
 
 
480 aa  156  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.13 
 
 
482 aa  156  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.91 
 
 
466 aa  155  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.46 
 
 
471 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.84 
 
 
530 aa  154  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.45 
 
 
466 aa  153  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.28 
 
 
511 aa  152  8.999999999999999e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.72 
 
 
492 aa  152  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  31.16 
 
 
442 aa  151  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.95 
 
 
475 aa  150  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.59 
 
 
474 aa  149  8e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  27.17 
 
 
522 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.92 
 
 
489 aa  148  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  27.4 
 
 
963 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.66 
 
 
958 aa  148  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0743  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.08 
 
 
489 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.75 
 
 
474 aa  147  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.13 
 
 
529 aa  147  6e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>