209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3209 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
579 aa  1141    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  52.33 
 
 
479 aa  526  1e-148  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  47.12 
 
 
486 aa  475  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.7 
 
 
486 aa  473  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  60.04 
 
 
462 aa  464  1e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.14 
 
 
478 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.72 
 
 
470 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.19 
 
 
470 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.19 
 
 
474 aa  375  1e-102  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.32 
 
 
470 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.4 
 
 
476 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.05 
 
 
486 aa  362  8e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  45.36 
 
 
471 aa  362  1e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  42.16 
 
 
471 aa  359  6e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  42.07 
 
 
471 aa  359  7e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.07 
 
 
471 aa  358  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  44.32 
 
 
474 aa  355  2e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  44.79 
 
 
476 aa  349  9e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.01 
 
 
475 aa  341  2e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  39.32 
 
 
470 aa  334  3e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND00950  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative  39 
 
 
515 aa  329  1.0000000000000001e-88  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.435109  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  37.82 
 
 
478 aa  296  5e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10299  aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G02240)  35.01 
 
 
526 aa  293  4e-78  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.48 
 
 
464 aa  277  3e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.89 
 
 
484 aa  251  2e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.46 
 
 
484 aa  247  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.46 
 
 
484 aa  247  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.25 
 
 
484 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.78 
 
 
486 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.35 
 
 
529 aa  221  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.93 
 
 
517 aa  220  6e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.61 
 
 
479 aa  218  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.69 
 
 
489 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.26 
 
 
510 aa  212  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  32.21 
 
 
502 aa  210  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.1 
 
 
480 aa  210  7e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.86 
 
 
486 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.48 
 
 
466 aa  204  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
479 aa  201  3e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  31.11 
 
 
491 aa  199  9e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.65 
 
 
497 aa  197  6e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.18 
 
 
486 aa  196  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 
492 aa  195  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.03 
 
 
484 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.59 
 
 
496 aa  192  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.8 
 
 
480 aa  184  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.6 
 
 
477 aa  184  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.88 
 
 
551 aa  182  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.19 
 
 
483 aa  179  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.55 
 
 
492 aa  179  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  31.31 
 
 
470 aa  173  7.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.56 
 
 
534 aa  172  1e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.11 
 
 
484 aa  171  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.89 
 
 
461 aa  170  6e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.89 
 
 
530 aa  169  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.82 
 
 
508 aa  168  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35 
 
 
517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.46 
 
 
511 aa  164  3e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.94 
 
 
515 aa  163  9e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.94 
 
 
515 aa  163  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.36 
 
 
530 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.94 
 
 
515 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.41 
 
 
458 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25 
 
 
461 aa  155  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.72 
 
 
482 aa  153  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.17 
 
 
529 aa  152  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.15 
 
 
507 aa  150  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.69 
 
 
461 aa  147  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.35 
 
 
505 aa  147  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.72 
 
 
490 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.76 
 
 
484 aa  145  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  26.17 
 
 
462 aa  144  5e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29 
 
 
465 aa  144  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  24.6 
 
 
515 aa  143  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.79 
 
 
483 aa  142  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.56 
 
 
474 aa  142  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10231  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  27.57 
 
 
455 aa  141  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.1178 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10001  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.43 
 
 
460 aa  140  6e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.450995  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.88 
 
 
456 aa  138  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  27.64 
 
 
456 aa  139  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.78 
 
 
471 aa  139  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.31 
 
 
483 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.69 
 
 
460 aa  137  5e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0743  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.77 
 
 
489 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.21 
 
 
450 aa  136  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.07 
 
 
489 aa  136  9.999999999999999e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.44 
 
 
450 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.86 
 
 
459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.44 
 
 
450 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.24 
 
 
478 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.44 
 
 
450 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.05 
 
 
544 aa  135  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.5 
 
 
470 aa  134  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.37 
 
 
450 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1209  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  32.29 
 
 
469 aa  131  4.0000000000000003e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.74 
 
 
450 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  24.89 
 
 
522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.68 
 
 
475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.67 
 
 
494 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.43 
 
 
466 aa  127  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>