297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4339 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
517 aa  1060    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.85 
 
 
529 aa  329  6e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  41.14 
 
 
492 aa  320  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.19 
 
 
466 aa  300  6e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  33.48 
 
 
484 aa  290  6e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.4 
 
 
486 aa  286  7e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.97 
 
 
484 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.97 
 
 
484 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.75 
 
 
484 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.77 
 
 
497 aa  282  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.93 
 
 
486 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.02 
 
 
492 aa  276  7e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  32.91 
 
 
491 aa  273  6e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.72 
 
 
480 aa  270  5e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.54 
 
 
486 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.24 
 
 
489 aa  268  2e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34 
 
 
510 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.92 
 
 
496 aa  265  2e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.7 
 
 
484 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  33.12 
 
 
479 aa  264  2e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  34 
 
 
502 aa  259  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.65 
 
 
483 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.46 
 
 
479 aa  246  4.9999999999999997e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.88 
 
 
480 aa  244  3.9999999999999997e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.75 
 
 
474 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.91 
 
 
477 aa  231  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.19 
 
 
479 aa  231  3e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.42 
 
 
474 aa  231  3e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.82 
 
 
517 aa  227  5.0000000000000005e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.17 
 
 
495 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.59 
 
 
495 aa  223  7e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  32.27 
 
 
522 aa  223  8e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.03 
 
 
486 aa  223  9e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.24 
 
 
486 aa  222  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.47 
 
 
490 aa  220  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.89 
 
 
492 aa  219  7.999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.41 
 
 
486 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.55 
 
 
476 aa  214  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.51 
 
 
579 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  31.43 
 
 
462 aa  213  5.999999999999999e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.44 
 
 
484 aa  212  1e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.15 
 
 
507 aa  210  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.4 
 
 
476 aa  209  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.27 
 
 
478 aa  206  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.55 
 
 
488 aa  205  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  27.62 
 
 
471 aa  203  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.62 
 
 
471 aa  203  6e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.14 
 
 
470 aa  202  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.17 
 
 
529 aa  200  5e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  27.19 
 
 
471 aa  199  7.999999999999999e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  31.07 
 
 
961 aa  197  5.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.99 
 
 
475 aa  196  7e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  29.6 
 
 
967 aa  195  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  30.99 
 
 
515 aa  194  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  30.99 
 
 
515 aa  194  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.32 
 
 
490 aa  194  4e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.84 
 
 
530 aa  193  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.7 
 
 
470 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.75 
 
 
515 aa  192  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  28.72 
 
 
577 aa  191  2e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.14 
 
 
505 aa  191  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.57 
 
 
527 aa  191  2e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.48 
 
 
478 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.57 
 
 
470 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.42 
 
 
458 aa  191  4e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.37 
 
 
489 aa  189  7e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  29.45 
 
 
548 aa  189  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.86 
 
 
515 aa  189  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.49 
 
 
503 aa  189  1e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  29.79 
 
 
548 aa  189  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  31.16 
 
 
543 aa  187  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.15 
 
 
789 aa  186  7e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  29.87 
 
 
963 aa  186  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.05 
 
 
470 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.5 
 
 
460 aa  183  7e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.73 
 
 
466 aa  183  8.000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.78 
 
 
471 aa  182  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.62 
 
 
494 aa  182  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  30.51 
 
 
533 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.21 
 
 
551 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.3 
 
 
459 aa  182  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.14 
 
 
511 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.01 
 
 
508 aa  181  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.04 
 
 
958 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.88 
 
 
549 aa  181  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.88 
 
 
549 aa  181  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.63 
 
 
549 aa  181  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.08 
 
 
546 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.08 
 
 
549 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.72 
 
 
549 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.52 
 
 
549 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.05 
 
 
474 aa  179  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.49 
 
 
471 aa  179  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.52 
 
 
549 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.31 
 
 
549 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.11 
 
 
470 aa  177  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.99 
 
 
511 aa  177  6e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.93 
 
 
530 aa  175  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  30.83 
 
 
507 aa  176  9.999999999999999e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.29 
 
 
480 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>