200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3871 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
480 aa  994    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.42 
 
 
463 aa  364  2e-99  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.2 
 
 
463 aa  363  3e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.2 
 
 
463 aa  363  3e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.22 
 
 
482 aa  345  8e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.14 
 
 
463 aa  322  9.999999999999999e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.32 
 
 
462 aa  313  4.999999999999999e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.19 
 
 
455 aa  308  2.0000000000000002e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.42 
 
 
483 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.96 
 
 
467 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.52 
 
 
518 aa  299  7e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.71 
 
 
474 aa  296  6e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.42 
 
 
473 aa  290  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.82 
 
 
471 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.45 
 
 
529 aa  288  2e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.51 
 
 
450 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.84 
 
 
450 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.29 
 
 
450 aa  276  7e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.29 
 
 
450 aa  276  7e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.29 
 
 
450 aa  276  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.84 
 
 
450 aa  265  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.59 
 
 
451 aa  250  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.99 
 
 
474 aa  249  7e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  35.31 
 
 
450 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.21 
 
 
517 aa  243  7.999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.84 
 
 
450 aa  229  6e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.84 
 
 
450 aa  225  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.83 
 
 
471 aa  198  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.64 
 
 
529 aa  197  5.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.61 
 
 
459 aa  188  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.81 
 
 
467 aa  185  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.47 
 
 
466 aa  185  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 
479 aa  182  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.8 
 
 
460 aa  180  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.11 
 
 
466 aa  180  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.73 
 
 
465 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.29 
 
 
517 aa  176  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.07 
 
 
484 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.41 
 
 
489 aa  173  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.48 
 
 
466 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.42 
 
 
484 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.42 
 
 
484 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.42 
 
 
484 aa  170  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.68 
 
 
480 aa  168  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.81 
 
 
464 aa  167  5e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.6 
 
 
510 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.88 
 
 
470 aa  164  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  28.27 
 
 
491 aa  163  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.14 
 
 
503 aa  159  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.21 
 
 
483 aa  159  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.09 
 
 
486 aa  153  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.13 
 
 
480 aa  149  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.78 
 
 
527 aa  147  4.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.93 
 
 
479 aa  145  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.29 
 
 
492 aa  144  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.31 
 
 
476 aa  143  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  26.34 
 
 
522 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.54 
 
 
486 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  28.61 
 
 
577 aa  141  3e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.74 
 
 
477 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.09 
 
 
478 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.67 
 
 
474 aa  140  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  26.53 
 
 
471 aa  140  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.53 
 
 
471 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.91 
 
 
470 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.09 
 
 
484 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.45 
 
 
478 aa  137  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  25.83 
 
 
502 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  26.06 
 
 
471 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  28.54 
 
 
548 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.65 
 
 
511 aa  134  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.42 
 
 
470 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.76 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.44 
 
 
495 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.05 
 
 
475 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.7 
 
 
458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.05 
 
 
490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.8 
 
 
511 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.08 
 
 
474 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  28.88 
 
 
543 aa  131  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  22.39 
 
 
470 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.18 
 
 
495 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.27 
 
 
471 aa  130  6e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.02 
 
 
551 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.38 
 
 
505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.44 
 
 
488 aa  128  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.61 
 
 
551 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.01 
 
 
486 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  25.87 
 
 
548 aa  127  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.01 
 
 
486 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  27.08 
 
 
508 aa  126  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.73 
 
 
486 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.42 
 
 
470 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.15 
 
 
550 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  24.63 
 
 
462 aa  125  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25 
 
 
486 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.2 
 
 
492 aa  124  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  31.27 
 
 
453 aa  124  4e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.21 
 
 
497 aa  123  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.55 
 
 
550 aa  123  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>