214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3163 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  99.15 
 
 
470 aa  945    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  65.88 
 
 
471 aa  643    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  65.88 
 
 
471 aa  642    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  65.67 
 
 
471 aa  640    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  96.17 
 
 
470 aa  879    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  91.28 
 
 
470 aa  850    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  100 
 
 
478 aa  969    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  66.67 
 
 
471 aa  631  1e-180  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  63.01 
 
 
474 aa  608  1e-173  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  63.95 
 
 
475 aa  588  1e-167  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  58.03 
 
 
476 aa  543  1e-153  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  45.15 
 
 
479 aa  421  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.44 
 
 
486 aa  413  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.44 
 
 
486 aa  411  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.14 
 
 
579 aa  399  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  43.81 
 
 
474 aa  385  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.73 
 
 
486 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  40.77 
 
 
470 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  43.23 
 
 
476 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  46.27 
 
 
462 aa  353  4e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  41.41 
 
 
478 aa  343  4e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.47 
 
 
464 aa  319  7.999999999999999e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_006686  CND00950  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative  36.67 
 
 
515 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.435109  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  32.62 
 
 
491 aa  243  6e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.05 
 
 
510 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.7 
 
 
489 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.04 
 
 
484 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10299  aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G02240)  30.84 
 
 
526 aa  234  4.0000000000000004e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.07 
 
 
479 aa  234  4.0000000000000004e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.76 
 
 
484 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.76 
 
 
484 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.76 
 
 
484 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  34.41 
 
 
502 aa  231  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.62 
 
 
492 aa  220  5e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.05 
 
 
466 aa  216  7e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.17 
 
 
486 aa  213  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
479 aa  211  3e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.74 
 
 
486 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.69 
 
 
480 aa  208  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.32 
 
 
497 aa  207  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.43 
 
 
492 aa  205  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.92 
 
 
486 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.88 
 
 
483 aa  204  3e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.17 
 
 
529 aa  203  7e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.48 
 
 
517 aa  199  9e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.41 
 
 
484 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.82 
 
 
496 aa  193  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 
480 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  28.6 
 
 
462 aa  185  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.98 
 
 
477 aa  181  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.99 
 
 
530 aa  180  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.33 
 
 
551 aa  176  7e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  31.18 
 
 
515 aa  176  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.01 
 
 
515 aa  175  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  30.9 
 
 
515 aa  174  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.89 
 
 
474 aa  174  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.03 
 
 
460 aa  172  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.39 
 
 
484 aa  170  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.85 
 
 
466 aa  163  8.000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.11 
 
 
511 aa  160  5e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.92 
 
 
517 aa  160  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.69 
 
 
511 aa  159  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.72 
 
 
475 aa  158  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  33.61 
 
 
470 aa  157  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.84 
 
 
503 aa  156  9e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.32 
 
 
466 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.36 
 
 
484 aa  155  1e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.22 
 
 
488 aa  156  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
483 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.27 
 
 
507 aa  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.3 
 
 
494 aa  153  8e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  29.88 
 
 
442 aa  152  8.999999999999999e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.35 
 
 
508 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.46 
 
 
495 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.44 
 
 
529 aa  151  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.22 
 
 
482 aa  151  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.19 
 
 
495 aa  151  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.61 
 
 
471 aa  150  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.51 
 
 
515 aa  150  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.84 
 
 
544 aa  150  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.85 
 
 
465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.13 
 
 
470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.78 
 
 
530 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.11 
 
 
490 aa  148  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.62 
 
 
534 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.08 
 
 
459 aa  147  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.09 
 
 
480 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
488 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.42 
 
 
461 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.76 
 
 
505 aa  143  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.2 
 
 
478 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.12 
 
 
461 aa  140  6e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.6 
 
 
461 aa  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.62 
 
 
489 aa  137  3.0000000000000003e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.26 
 
 
458 aa  137  4e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.41 
 
 
462 aa  137  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  26.14 
 
 
961 aa  137  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.2 
 
 
518 aa  136  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.98 
 
 
492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  27.47 
 
 
967 aa  134  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>