292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2520 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  78.21 
 
 		 546 aa  896    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  64.15 
 
 		 548 aa  722    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  77.96 
 
 		 551 aa  892    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  91.26 
 
 		 549 aa  1046    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  59.33 
 
 		 552 aa  674    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  62.73 
 
 		 547 aa  724    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  65.8 
 
 		 543 aa  742    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  95.12 
 
 		 533 aa  1061    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  91.22 
 
 		 549 aa  1042    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  76.75 
 
 		 548 aa  874    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  91.26 
 
 		 549 aa  1048    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  61.18 
 
 		 550 aa  693    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  92.53 
 
 		 549 aa  1061    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  60.04 
 
 		 538 aa  673    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  63.55 
 
 		 548 aa  735    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  84.12 
 
 		 554 aa  956    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.54 
 
 		 536 aa  637    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 549 aa  1138    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  98.91 
 
 		 549 aa  1125    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  83.33 
 
 		 546 aa  955    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  76.1 
 
 		 550 aa  864    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  98.18 
 
 		 549 aa  1120    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.43 
 
 		 567 aa  654    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  91.07 
 
 		 549 aa  1045    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  74.95 
 
 		 560 aa  843    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.06 
 
 		 611 aa  675    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  64.33 
 
 		 548 aa  714    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03552  Glutamate decarboxylase putative  57.98 
 
 		 544 aa  592  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.72 
 
 		 552 aa  529  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.19 
 
 		 552 aa  529  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.51 
 
 		 541 aa  468  9.999999999999999e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.16 
 
 		 573 aa  431  1e-119  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.53 
 
 		 574 aa  400  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.47 
 
 		 484 aa  183  8.000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.05 
 
 		 490 aa  181  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.88 
 
 		 517 aa  181  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.16 
 
 		 515 aa  180  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  28.6 
 
 		 522 aa  178  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.85 
 
 		 488 aa  174  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.77 
 
 		 505 aa  174  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.62 
 
 		 495 aa  174  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.89 
 
 		 495 aa  173  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.14 
 
 		 529 aa  170  8e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.89 
 
 		 530 aa  169  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.36 
 
 		 515 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.61 
 
 		 527 aa  167  5e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.36 
 
 		 515 aa  167  5e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.15 
 
 		 515 aa  166  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.6 
 
 		 507 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.54 
 
 		 544 aa  164  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.11 
 
 		 503 aa  163  8.000000000000001e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.19 
 
 		 510 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.38 
 
 		 789 aa  159  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.9 
 
 		 479 aa  157  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.25 
 
 		 490 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.02 
 
 		 551 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.98 
 
 		 530 aa  153  7e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.18 
 
 		 511 aa  153  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.81 
 
 		 508 aa  152  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.14 
 
 		 475 aa  151  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.92 
 
 		 489 aa  150  6e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.73 
 
 		 529 aa  150  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.87 
 
 		 511 aa  150  7e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  26.4 
 
 		 967 aa  148  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.83 
 
 		 466 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.59 
 
 		 489 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.19 
 
 		 491 aa  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  27.82 
 
 		 462 aa  143  7e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.13 
 
 		 484 aa  143  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.45 
 
 		 534 aa  143  9e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.34 
 
 		 488 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.05 
 
 		 480 aa  140  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  25.11 
 
 		 453 aa  140  8.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.37 
 
 		 484 aa  139  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.37 
 
 		 484 aa  139  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.37 
 
 		 484 aa  139  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.52 
 
 		 494 aa  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.04 
 
 		 483 aa  136  9e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1051  hypothetical protein  26.74 
 
 		 636 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.922424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.47 
 
 		 529 aa  135  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.81 
 
 		 502 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.2 
 
 		 477 aa  134  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.21 
 
 		 479 aa  131  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  28.18 
 
 		 502 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.1 
 
 		 484 aa  131  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.77 
 
 		 460 aa  131  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  27.57 
 
 		 961 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  25.06 
 
 		 963 aa  127  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.23 
 
 		 492 aa  127  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 		 486 aa  127  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.35 
 
 		 483 aa  125  2e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  23.94 
 
 		 507 aa  124  3e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  24.43 
 
 		 577 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.45 
 
 		 492 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.57 
 
 		 958 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.58 
 
 		 461 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.05 
 
 		 476 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.14 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.53 
 
 		 456 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.53 
 
 		 456 aa  117  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>