More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2643 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  78.39 
 
 
546 aa  892    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  62.59 
 
 
547 aa  714    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  59.81 
 
 
538 aa  673    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  83.15 
 
 
549 aa  947    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  59.39 
 
 
552 aa  667    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  66.91 
 
 
543 aa  754    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  82.64 
 
 
533 aa  918    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  74.17 
 
 
548 aa  842    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  60.59 
 
 
550 aa  689    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  82.78 
 
 
549 aa  950    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  82.42 
 
 
549 aa  943    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  73.71 
 
 
550 aa  834    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  82.42 
 
 
554 aa  936    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  82.97 
 
 
549 aa  944    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  83.15 
 
 
549 aa  944    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  83.33 
 
 
549 aa  955    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  82.97 
 
 
549 aa  949    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
546 aa  1130    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  63.4 
 
 
548 aa  714    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  75.96 
 
 
551 aa  866    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  83.33 
 
 
549 aa  953    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.67 
 
 
567 aa  647    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  71.79 
 
 
560 aa  814    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  60.52 
 
 
548 aa  686    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  63.77 
 
 
548 aa  711    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.96 
 
 
611 aa  673    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  57.97 
 
 
536 aa  627  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03552  Glutamate decarboxylase putative  58.94 
 
 
544 aa  605  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  49.63 
 
 
552 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.78 
 
 
552 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.26 
 
 
541 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.28 
 
 
573 aa  421  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.17 
 
 
574 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.54 
 
 
484 aa  187  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.08 
 
 
517 aa  180  4.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.84 
 
 
529 aa  174  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.16 
 
 
515 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.45 
 
 
490 aa  170  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.75 
 
 
495 aa  169  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.12 
 
 
495 aa  169  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.54 
 
 
789 aa  166  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  28.63 
 
 
522 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.02 
 
 
544 aa  166  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  30 
 
 
488 aa  164  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.67 
 
 
530 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.87 
 
 
527 aa  164  3e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.26 
 
 
515 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.92 
 
 
515 aa  163  7e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.71 
 
 
515 aa  162  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.57 
 
 
510 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.72 
 
 
479 aa  160  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.25 
 
 
505 aa  158  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.59 
 
 
503 aa  158  3e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.62 
 
 
507 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  27 
 
 
511 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.33 
 
 
551 aa  155  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.05 
 
 
529 aa  154  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.62 
 
 
491 aa  151  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.54 
 
 
530 aa  152  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.79 
 
 
508 aa  151  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.08 
 
 
466 aa  150  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  27.02 
 
 
967 aa  149  9e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.17 
 
 
489 aa  149  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.94 
 
 
489 aa  147  6e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.57 
 
 
490 aa  145  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  25.91 
 
 
453 aa  142  9.999999999999999e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.56 
 
 
511 aa  143  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.34 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.93 
 
 
494 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.6 
 
 
488 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.87 
 
 
534 aa  141  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1051  hypothetical protein  25.77 
 
 
636 aa  136  8e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.922424  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.59 
 
 
484 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.3 
 
 
479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.69 
 
 
483 aa  135  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.87 
 
 
484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.87 
 
 
484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.87 
 
 
484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.7 
 
 
477 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  26.68 
 
 
502 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.44 
 
 
484 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.65 
 
 
456 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.35 
 
 
483 aa  130  7.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  25.3 
 
 
961 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.41 
 
 
456 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  26.95 
 
 
462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.57 
 
 
480 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.67 
 
 
466 aa  124  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.41 
 
 
502 aa  123  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  24.58 
 
 
507 aa  122  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.88 
 
 
529 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.04 
 
 
470 aa  121  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  24.35 
 
 
963 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.73 
 
 
460 aa  120  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.25 
 
 
474 aa  120  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  24.43 
 
 
577 aa  119  9.999999999999999e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.67 
 
 
464 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.18 
 
 
958 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.97 
 
 
476 aa  117  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>