240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2288 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
494 aa  1022    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  58.37 
 
 
961 aa  578  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  57.73 
 
 
967 aa  566  1e-160  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  58.16 
 
 
963 aa  558  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  57.03 
 
 
958 aa  558  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.82 
 
 
488 aa  511  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  44.19 
 
 
522 aa  392  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  41.19 
 
 
484 aa  394  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.25 
 
 
530 aa  377  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.94 
 
 
503 aa  375  1e-103  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.83 
 
 
527 aa  376  1e-103  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  42.11 
 
 
515 aa  366  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  41.89 
 
 
515 aa  363  3e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.67 
 
 
515 aa  362  6e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.19 
 
 
490 aa  361  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.83 
 
 
495 aa  360  4e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.77 
 
 
488 aa  360  4e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.63 
 
 
495 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  41.24 
 
 
515 aa  353  2.9999999999999997e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.28 
 
 
529 aa  352  1e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  42.2 
 
 
511 aa  348  1e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.73 
 
 
507 aa  342  5.999999999999999e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.83 
 
 
505 aa  341  2e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.65 
 
 
511 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.54 
 
 
789 aa  328  2.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.47 
 
 
544 aa  325  9e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.62 
 
 
508 aa  324  3e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.46 
 
 
551 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.34 
 
 
530 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.34 
 
 
534 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.93 
 
 
484 aa  277  3e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.11 
 
 
529 aa  263  6e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.12 
 
 
484 aa  231  3e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.32 
 
 
502 aa  224  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4055  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.26 
 
 
554 aa  202  9.999999999999999e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.505018  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.12 
 
 
479 aa  200  6e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.01 
 
 
490 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.05 
 
 
517 aa  189  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  29.76 
 
 
502 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.59 
 
 
529 aa  186  8e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.45 
 
 
489 aa  184  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.57 
 
 
466 aa  183  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.08 
 
 
486 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.96 
 
 
492 aa  179  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  27.02 
 
 
491 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.18 
 
 
477 aa  178  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.75 
 
 
510 aa  176  7e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.71 
 
 
486 aa  176  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.43 
 
 
475 aa  176  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.54 
 
 
486 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.28 
 
 
479 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.01 
 
 
484 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.45 
 
 
480 aa  174  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.34 
 
 
489 aa  173  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.52 
 
 
484 aa  171  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.52 
 
 
484 aa  170  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.52 
 
 
484 aa  170  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.91 
 
 
486 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  30.05 
 
 
462 aa  168  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.2 
 
 
497 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.2 
 
 
573 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.58 
 
 
484 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.23 
 
 
483 aa  164  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.8 
 
 
458 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.22 
 
 
552 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.03 
 
 
552 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.29 
 
 
474 aa  160  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.04 
 
 
474 aa  160  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  27.29 
 
 
548 aa  159  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  28.41 
 
 
548 aa  156  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.93 
 
 
470 aa  156  7e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  27.72 
 
 
461 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1177  hypothetical protein  27.5 
 
 
474 aa  153  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.56 
 
 
550 aa  152  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.08 
 
 
480 aa  151  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.15 
 
 
461 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  25.78 
 
 
543 aa  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.49 
 
 
567 aa  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  26.08 
 
 
552 aa  150  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.89 
 
 
476 aa  149  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.75 
 
 
538 aa  149  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.59 
 
 
456 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.19 
 
 
470 aa  147  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.07 
 
 
541 aa  146  6e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  30.02 
 
 
456 aa  146  9e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.3 
 
 
478 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  30.37 
 
 
483 aa  145  2e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.44 
 
 
536 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.05 
 
 
611 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.64 
 
 
461 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  26.16 
 
 
548 aa  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.63 
 
 
496 aa  144  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.64 
 
 
492 aa  144  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.5 
 
 
546 aa  144  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.83 
 
 
470 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.81 
 
 
470 aa  143  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.69 
 
 
550 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.91 
 
 
551 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.03 
 
 
549 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0743  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.09 
 
 
489 aa  139  7.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>