210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_2788 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  66.74 
 
 
470 aa  635    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  66.1 
 
 
470 aa  648    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  99.79 
 
 
471 aa  971    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  100 
 
 
471 aa  974    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  99.36 
 
 
471 aa  969    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  66.31 
 
 
470 aa  634    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  65.88 
 
 
478 aa  647    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  58.28 
 
 
474 aa  572  1.0000000000000001e-162  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  60.34 
 
 
471 aa  566  1e-160  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  58.79 
 
 
475 aa  549  1e-155  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  52.15 
 
 
476 aa  510  1e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  44.33 
 
 
479 aa  404  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.47 
 
 
486 aa  401  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.26 
 
 
486 aa  398  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.54 
 
 
474 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.16 
 
 
579 aa  363  3e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.45 
 
 
486 aa  360  3e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  40.38 
 
 
476 aa  348  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  39.74 
 
 
470 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  43.01 
 
 
462 aa  337  2.9999999999999997e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  38.95 
 
 
478 aa  327  3e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.34 
 
 
464 aa  314  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_006686  CND00950  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative  36.07 
 
 
515 aa  291  2e-77  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.435109  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  31.22 
 
 
491 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.27 
 
 
484 aa  230  4e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10299  aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G02240)  28.98 
 
 
526 aa  226  5.0000000000000005e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.85 
 
 
484 aa  224  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.85 
 
 
484 aa  224  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.85 
 
 
484 aa  224  4e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.28 
 
 
489 aa  220  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.23 
 
 
510 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.62 
 
 
517 aa  211  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.08 
 
 
492 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.54 
 
 
479 aa  207  5e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.7 
 
 
466 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.87 
 
 
480 aa  198  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.54 
 
 
479 aa  195  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.82 
 
 
483 aa  194  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  28.39 
 
 
502 aa  189  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  28.9 
 
 
462 aa  184  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.55 
 
 
497 aa  184  3e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.55 
 
 
486 aa  183  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.41 
 
 
492 aa  182  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.47 
 
 
529 aa  181  2.9999999999999997e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.69 
 
 
486 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.06 
 
 
530 aa  176  9e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.87 
 
 
477 aa  176  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.27 
 
 
496 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.44 
 
 
551 aa  168  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.81 
 
 
515 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.57 
 
 
515 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.1 
 
 
517 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.35 
 
 
515 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.57 
 
 
515 aa  164  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.5 
 
 
484 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.43 
 
 
486 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.65 
 
 
483 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.27 
 
 
480 aa  156  7e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  24.46 
 
 
484 aa  156  8e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.35 
 
 
460 aa  152  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 
474 aa  151  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  26.98 
 
 
577 aa  150  7e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.18 
 
 
466 aa  147  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.53 
 
 
480 aa  147  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.63 
 
 
507 aa  146  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.01 
 
 
488 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.54 
 
 
494 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  27.39 
 
 
442 aa  144  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.45 
 
 
503 aa  144  3e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.49 
 
 
463 aa  143  8e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.49 
 
 
463 aa  143  8e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  27.8 
 
 
470 aa  143  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.71 
 
 
484 aa  142  9e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.42 
 
 
461 aa  142  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.46 
 
 
511 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.73 
 
 
475 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.41 
 
 
465 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.37 
 
 
505 aa  142  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.27 
 
 
463 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10001  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.4 
 
 
460 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.450995  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.13 
 
 
459 aa  139  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.85 
 
 
461 aa  139  2e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.48 
 
 
461 aa  137  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10231  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.91 
 
 
455 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.1178 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  26.54 
 
 
961 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.2 
 
 
544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.16 
 
 
530 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.44 
 
 
488 aa  134  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.43 
 
 
458 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  23.96 
 
 
511 aa  133  7.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.32 
 
 
471 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.48 
 
 
473 aa  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.62 
 
 
489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  23.96 
 
 
963 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.13 
 
 
470 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.52 
 
 
490 aa  130  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.25 
 
 
534 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.4 
 
 
495 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.46 
 
 
482 aa  129  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.99 
 
 
508 aa  129  8.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>