234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1334 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  85.15 
 
 
492 aa  847    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  72.81 
 
 
502 aa  696    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  72.4 
 
 
486 aa  689    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  76.28 
 
 
486 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  72.36 
 
 
484 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
497 aa  998    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  71.43 
 
 
486 aa  684    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  55.97 
 
 
480 aa  527  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  54.66 
 
 
478 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.7 
 
 
529 aa  286  8e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.77 
 
 
517 aa  282  9e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.47 
 
 
484 aa  260  3e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  36.67 
 
 
489 aa  259  6e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.69 
 
 
484 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.69 
 
 
484 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.69 
 
 
484 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  35.6 
 
 
491 aa  250  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.45 
 
 
510 aa  250  4e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  38.62 
 
 
492 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.43 
 
 
460 aa  242  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.02 
 
 
466 aa  233  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.94 
 
 
479 aa  232  1e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.52 
 
 
470 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.74 
 
 
480 aa  228  3e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.76 
 
 
466 aa  226  9e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.44 
 
 
479 aa  226  9e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.13 
 
 
474 aa  225  1e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.19 
 
 
471 aa  211  3e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.48 
 
 
471 aa  210  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.9 
 
 
459 aa  209  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.69 
 
 
466 aa  208  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35 
 
 
483 aa  206  7e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.63 
 
 
503 aa  205  2e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.62 
 
 
477 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.85 
 
 
486 aa  202  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.19 
 
 
476 aa  201  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.32 
 
 
478 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.1 
 
 
470 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32 
 
 
474 aa  199  9e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.36 
 
 
496 aa  196  7e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.9 
 
 
470 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.68 
 
 
479 aa  196  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.39 
 
 
475 aa  195  2e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.18 
 
 
486 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.39 
 
 
517 aa  193  6e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.97 
 
 
486 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.81 
 
 
530 aa  189  8e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.03 
 
 
476 aa  189  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.04 
 
 
527 aa  188  2e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.13 
 
 
579 aa  187  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
465 aa  187  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.89 
 
 
464 aa  186  7e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.63 
 
 
488 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.63 
 
 
474 aa  182  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.31 
 
 
470 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
467 aa  180  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.35 
 
 
470 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.76 
 
 
529 aa  178  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.59 
 
 
467 aa  178  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  27.55 
 
 
471 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.55 
 
 
471 aa  177  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  27.55 
 
 
471 aa  177  5e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 
495 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  28.38 
 
 
522 aa  174  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 
495 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 
471 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.48 
 
 
489 aa  170  4e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.93 
 
 
490 aa  170  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  28.12 
 
 
515 aa  170  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  29.7 
 
 
961 aa  169  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.5 
 
 
551 aa  169  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  28.31 
 
 
967 aa  168  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.87 
 
 
515 aa  168  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 
515 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.34 
 
 
483 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.03 
 
 
507 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.34 
 
 
488 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.43 
 
 
484 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.11 
 
 
473 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.23 
 
 
494 aa  164  4.0000000000000004e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.69 
 
 
484 aa  162  9e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.26 
 
 
511 aa  161  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.43 
 
 
482 aa  161  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.45 
 
 
505 aa  161  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.81 
 
 
492 aa  160  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  27.22 
 
 
462 aa  159  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.17 
 
 
534 aa  157  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.13 
 
 
529 aa  156  9e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.16 
 
 
490 aa  156  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  29.44 
 
 
963 aa  155  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.33 
 
 
511 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.78 
 
 
508 aa  153  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.56 
 
 
515 aa  153  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.02 
 
 
958 aa  153  5.9999999999999996e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.64 
 
 
464 aa  153  8e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.17 
 
 
530 aa  152  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.13 
 
 
518 aa  151  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.69 
 
 
502 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.87 
 
 
484 aa  147  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4529  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.92 
 
 
350 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>