More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1038 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  100 
 
 
483 aa  955    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.65 
 
 
517 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.26 
 
 
466 aa  255  1.0000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  36.26 
 
 
491 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.33 
 
 
477 aa  232  9e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.62 
 
 
480 aa  229  8e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.47 
 
 
486 aa  226  6e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.02 
 
 
496 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.02 
 
 
486 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.66 
 
 
489 aa  220  5e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.08 
 
 
510 aa  219  6e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.65 
 
 
551 aa  217  4e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.34 
 
 
492 aa  217  4e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  36.74 
 
 
474 aa  215  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.04 
 
 
479 aa  214  3.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.85 
 
 
484 aa  212  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.19 
 
 
484 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.25 
 
 
484 aa  209  1e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.18 
 
 
529 aa  209  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.76 
 
 
511 aa  208  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  35 
 
 
497 aa  206  7e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.35 
 
 
484 aa  206  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.35 
 
 
484 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.35 
 
 
484 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  40.17 
 
 
492 aa  205  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.52 
 
 
479 aa  204  3e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.38 
 
 
517 aa  204  3e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  31.44 
 
 
484 aa  204  4e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.18 
 
 
486 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  33.94 
 
 
502 aa  202  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  31.59 
 
 
515 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.59 
 
 
515 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.57 
 
 
470 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.98 
 
 
530 aa  201  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.02 
 
 
486 aa  199  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  31.33 
 
 
515 aa  199  7.999999999999999e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.19 
 
 
474 aa  196  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  29 
 
 
462 aa  196  1e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.73 
 
 
476 aa  195  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  37.46 
 
 
471 aa  194  4e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.88 
 
 
478 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.02 
 
 
476 aa  192  8e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.88 
 
 
470 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.03 
 
 
508 aa  192  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.64 
 
 
490 aa  191  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.16 
 
 
470 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.7 
 
 
530 aa  189  1e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.43 
 
 
492 aa  188  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.37 
 
 
482 aa  187  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.07 
 
 
458 aa  186  6e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.85 
 
 
503 aa  184  3e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.46 
 
 
515 aa  183  6e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.82 
 
 
471 aa  183  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.06 
 
 
475 aa  182  9.000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.73 
 
 
480 aa  182  9.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.21 
 
 
505 aa  182  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  29.82 
 
 
471 aa  182  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  29.59 
 
 
471 aa  180  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.4 
 
 
534 aa  180  5.999999999999999e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  35.52 
 
 
442 aa  180  5.999999999999999e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.96 
 
 
529 aa  179  7e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  32.97 
 
 
958 aa  179  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  29.27 
 
 
961 aa  179  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.72 
 
 
474 aa  178  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.79 
 
 
486 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.14 
 
 
479 aa  177  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.48 
 
 
463 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.71 
 
 
490 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.48 
 
 
463 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.57 
 
 
486 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.55 
 
 
507 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.26 
 
 
463 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.57 
 
 
460 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.63 
 
 
475 aa  174  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.94 
 
 
470 aa  174  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.35 
 
 
495 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.03 
 
 
529 aa  172  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.16 
 
 
579 aa  172  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.84 
 
 
544 aa  172  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.77 
 
 
495 aa  171  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.72 
 
 
488 aa  170  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  31.28 
 
 
963 aa  168  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  27.43 
 
 
577 aa  167  5e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.77 
 
 
459 aa  167  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  36.3 
 
 
548 aa  163  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.4 
 
 
488 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  27.49 
 
 
461 aa  162  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.96 
 
 
494 aa  161  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.22 
 
 
466 aa  160  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.91 
 
 
567 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  27.38 
 
 
967 aa  160  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  32.13 
 
 
489 aa  159  7e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.21 
 
 
480 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  31.71 
 
 
483 aa  158  2e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.12 
 
 
466 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.78 
 
 
461 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.73 
 
 
474 aa  157  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4529  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.71 
 
 
350 aa  157  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.76 
 
 
461 aa  157  6e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0279  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.3 
 
 
461 aa  156  7e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>