More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4065 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
529 aa  1084    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  49.69 
 
 
492 aa  425  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.85 
 
 
517 aa  329  6e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.59 
 
 
486 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  37.89 
 
 
502 aa  296  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.7 
 
 
492 aa  291  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.95 
 
 
480 aa  291  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.64 
 
 
484 aa  290  4e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.18 
 
 
486 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.7 
 
 
497 aa  286  9e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.81 
 
 
484 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.81 
 
 
484 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.81 
 
 
484 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.19 
 
 
486 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.38 
 
 
479 aa  281  2e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.74 
 
 
466 aa  278  3e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  34.71 
 
 
491 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.7 
 
 
484 aa  273  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.31 
 
 
510 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.68 
 
 
480 aa  268  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.79 
 
 
489 aa  259  9e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.12 
 
 
486 aa  248  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.17 
 
 
479 aa  246  9e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.91 
 
 
476 aa  236  9e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.3 
 
 
477 aa  221  1.9999999999999999e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.71 
 
 
478 aa  219  7.999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.36 
 
 
479 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.35 
 
 
579 aa  213  7.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.5 
 
 
470 aa  213  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.18 
 
 
483 aa  209  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.38 
 
 
530 aa  206  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.13 
 
 
515 aa  206  9e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.04 
 
 
496 aa  205  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.33 
 
 
474 aa  206  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.49 
 
 
511 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.23 
 
 
490 aa  202  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.3 
 
 
495 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  29.62 
 
 
961 aa  200  5e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  30.3 
 
 
522 aa  200  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.77 
 
 
517 aa  199  7.999999999999999e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.67 
 
 
495 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.77 
 
 
486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.59 
 
 
483 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.77 
 
 
486 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.64 
 
 
480 aa  197  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  29.28 
 
 
462 aa  196  8.000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.13 
 
 
484 aa  196  1e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.29 
 
 
529 aa  196  1e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.88 
 
 
503 aa  195  2e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.18 
 
 
507 aa  194  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.54 
 
 
508 aa  193  6e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.25 
 
 
527 aa  192  1e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.36 
 
 
474 aa  192  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.44 
 
 
530 aa  192  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.72 
 
 
478 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.19 
 
 
488 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.96 
 
 
490 aa  191  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.86 
 
 
474 aa  191  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.27 
 
 
458 aa  189  1e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29 
 
 
488 aa  189  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.42 
 
 
470 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.86 
 
 
505 aa  188  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  27.1 
 
 
967 aa  186  8e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.75 
 
 
478 aa  185  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.64 
 
 
476 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.06 
 
 
471 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.56 
 
 
551 aa  182  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 
482 aa  181  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.61 
 
 
534 aa  181  4e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.59 
 
 
492 aa  179  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  27.29 
 
 
963 aa  179  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.36 
 
 
470 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.59 
 
 
494 aa  179  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.93 
 
 
475 aa  178  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.72 
 
 
518 aa  176  8e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.66 
 
 
470 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.83 
 
 
463 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.42 
 
 
511 aa  175  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.61 
 
 
463 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.61 
 
 
460 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.61 
 
 
463 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  32.45 
 
 
489 aa  172  1e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.33 
 
 
789 aa  172  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.18 
 
 
461 aa  172  1e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.17 
 
 
515 aa  172  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.01 
 
 
529 aa  171  3e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  25.47 
 
 
471 aa  171  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.93 
 
 
515 aa  171  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.47 
 
 
471 aa  170  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.42 
 
 
475 aa  169  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.7 
 
 
515 aa  169  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.39 
 
 
544 aa  169  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  25.26 
 
 
471 aa  168  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.56 
 
 
484 aa  167  4e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  28.72 
 
 
548 aa  167  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.36 
 
 
958 aa  167  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.62 
 
 
462 aa  166  6.9999999999999995e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.89 
 
 
461 aa  166  9e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND00950  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative  28.23 
 
 
515 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.435109  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.29 
 
 
467 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>