278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0134 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  100 
 
 
515 aa  1067    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.17 
 
 
530 aa  514  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.16 
 
 
511 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.1 
 
 
508 aa  459  9.999999999999999e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  46.72 
 
 
515 aa  456  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.32 
 
 
515 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  46.32 
 
 
515 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.5 
 
 
530 aa  448  1e-125  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.57 
 
 
529 aa  440  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.4 
 
 
534 aa  436  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.57 
 
 
551 aa  437  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  43.97 
 
 
484 aa  426  1e-118  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.55 
 
 
544 aa  422  1e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.28 
 
 
505 aa  412  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.04 
 
 
507 aa  392  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.46 
 
 
484 aa  355  7.999999999999999e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  39.58 
 
 
963 aa  355  1e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.11 
 
 
529 aa  353  5e-96  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  39.25 
 
 
961 aa  350  4e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  38.38 
 
 
967 aa  348  1e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.98 
 
 
494 aa  348  1e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  38.91 
 
 
958 aa  344  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.94 
 
 
488 aa  339  8e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  38.99 
 
 
522 aa  335  9e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  38.5 
 
 
511 aa  327  3e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.42 
 
 
503 aa  326  8.000000000000001e-88  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.36 
 
 
488 aa  323  5e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.2 
 
 
495 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.45 
 
 
490 aa  311  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.77 
 
 
495 aa  311  2e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.36 
 
 
527 aa  305  1.0000000000000001e-81  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.82 
 
 
789 aa  264  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.28 
 
 
484 aa  226  8e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.29 
 
 
502 aa  213  7e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.13 
 
 
529 aa  206  9e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.55 
 
 
479 aa  205  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  30.43 
 
 
462 aa  194  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.06 
 
 
484 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.06 
 
 
484 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.11 
 
 
484 aa  191  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.07 
 
 
479 aa  192  2e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.06 
 
 
484 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.86 
 
 
517 aa  189  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.09 
 
 
510 aa  184  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.46 
 
 
483 aa  183  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.6 
 
 
490 aa  182  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.53 
 
 
480 aa  182  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
477 aa  182  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.58 
 
 
551 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.16 
 
 
549 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.16 
 
 
549 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  28.83 
 
 
548 aa  179  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.14 
 
 
549 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  25.95 
 
 
533 aa  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.22 
 
 
560 aa  178  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.83 
 
 
549 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 
502 aa  179  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  29.05 
 
 
548 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.62 
 
 
549 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.13 
 
 
549 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.75 
 
 
466 aa  177  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.83 
 
 
549 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.77 
 
 
475 aa  176  9e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.74 
 
 
554 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  27.17 
 
 
543 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.74 
 
 
489 aa  174  3.9999999999999995e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.83 
 
 
549 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.74 
 
 
550 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  32.81 
 
 
453 aa  173  6.999999999999999e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  28 
 
 
546 aa  172  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.56 
 
 
496 aa  172  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.16 
 
 
546 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  27.49 
 
 
491 aa  171  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  27.43 
 
 
548 aa  170  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.76 
 
 
492 aa  169  8e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.1 
 
 
550 aa  169  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  30.29 
 
 
470 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.78 
 
 
486 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.46 
 
 
489 aa  167  5e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  34.49 
 
 
483 aa  166  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.13 
 
 
548 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.47 
 
 
573 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  26.78 
 
 
552 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.7 
 
 
552 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.68 
 
 
461 aa  160  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 
458 aa  159  8e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.76 
 
 
476 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  27.95 
 
 
461 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.75 
 
 
474 aa  158  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  30.6 
 
 
577 aa  158  3e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.75 
 
 
547 aa  157  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.48 
 
 
470 aa  157  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.55 
 
 
538 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.57 
 
 
552 aa  157  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.4 
 
 
492 aa  156  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.55 
 
 
486 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1209  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  34.88 
 
 
469 aa  154  2.9999999999999998e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  26.35 
 
 
471 aa  154  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.35 
 
 
471 aa  153  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4055  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.72 
 
 
554 aa  153  7e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.505018  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>