More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_03010 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  100 
 
 
442 aa  882    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  51.14 
 
 
474 aa  385  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  48.4 
 
 
458 aa  377  1e-103  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0279  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.61 
 
 
461 aa  355  1e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.52 
 
 
483 aa  196  7e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.73 
 
 
484 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26 
 
 
484 aa  179  9e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26 
 
 
484 aa  179  9e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26 
 
 
484 aa  179  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.39 
 
 
479 aa  178  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.35 
 
 
517 aa  176  6e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.53 
 
 
480 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.46 
 
 
517 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.67 
 
 
530 aa  172  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.05 
 
 
488 aa  171  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.36 
 
 
466 aa  169  7e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.33 
 
 
484 aa  168  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.86 
 
 
488 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.44 
 
 
490 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.37 
 
 
495 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.25 
 
 
489 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.2 
 
 
491 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.89 
 
 
495 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.7 
 
 
477 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  29.93 
 
 
967 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.18 
 
 
474 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.33 
 
 
496 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  28.57 
 
 
515 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.49 
 
 
479 aa  161  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.95 
 
 
476 aa  161  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.16 
 
 
486 aa  161  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  28.33 
 
 
515 aa  160  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.08 
 
 
515 aa  159  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31 
 
 
464 aa  159  9e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.91 
 
 
471 aa  156  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.44 
 
 
474 aa  156  7e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.3 
 
 
474 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.88 
 
 
478 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.65 
 
 
470 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.76 
 
 
511 aa  154  4e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.83 
 
 
467 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.29 
 
 
534 aa  150  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.6 
 
 
511 aa  151  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.57 
 
 
470 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.57 
 
 
505 aa  150  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.19 
 
 
480 aa  148  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  27.52 
 
 
522 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.27 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.11 
 
 
459 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.48 
 
 
510 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  27.58 
 
 
471 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.65 
 
 
470 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.14 
 
 
530 aa  147  5e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.82 
 
 
515 aa  146  7.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.34 
 
 
465 aa  146  9e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.32 
 
 
471 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.4 
 
 
492 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.98 
 
 
529 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  27.06 
 
 
471 aa  144  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  28.27 
 
 
961 aa  143  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.48 
 
 
476 aa  143  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.29 
 
 
502 aa  143  8e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.13 
 
 
471 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
507 aa  142  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.32 
 
 
527 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.53 
 
 
473 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 
551 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.37 
 
 
490 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.67 
 
 
475 aa  140  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.98 
 
 
486 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  30.95 
 
 
502 aa  140  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.98 
 
 
486 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.56 
 
 
497 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
483 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.62 
 
 
789 aa  139  8.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.39 
 
 
460 aa  139  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.89 
 
 
958 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.4 
 
 
482 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.61 
 
 
486 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.05 
 
 
470 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.36 
 
 
464 aa  136  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.51 
 
 
484 aa  136  9e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.76 
 
 
486 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.33 
 
 
463 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.33 
 
 
463 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.33 
 
 
463 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.56 
 
 
503 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  30.23 
 
 
963 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.86 
 
 
529 aa  134  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.82 
 
 
479 aa  134  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.7 
 
 
471 aa  134  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.57 
 
 
466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.57 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.08 
 
 
529 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.41 
 
 
492 aa  130  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.76 
 
 
467 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.5 
 
 
518 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.68 
 
 
478 aa  127  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.07 
 
 
508 aa  127  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>